Complex microbial ecosystems multiscale modelling: mechanistic and data driven approaches integration.

Informations projet

E-MUSE

N° de convention de subvention: 956126

DOI

10.3030/956126

Projet clôturé

Date de signature de la CE 28 Août 2020

Date de début 1 Janvier 2021

Date de fin 30 Juin 2025

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Coût total

€ 3 901 305,60

Contribution de l’UE

€ 3 901 305,60

Coordonné par

INSTITUT NATIONAL DE RECHERCHE POUR L'AGRICULTURE, L'ALIMENTATION ET L'ENVIRONNEMENT
France

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Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Livrables

Documents, reports (2)

Vacancies advertising

Vacancies advertizing

Dissemination of project results

Websites, patent fillings, videos etc. (1)

Social networks

Website LinkedIn and social media accounts implemented

Publications

Peer reviewed articles (20)

Levels and types of microbial contaminants in different plant-based ingredients used in dairy alternatives

Auteurs: Alina Kyrylenko, Robyn T. Eijlander, Giovanni Alliney, Elly Lucas-van de Bos, Marjon H.J. Wells-Bennik
Publié dans: International Journal of Food Microbiology, Numéro Volume 407, 2023, ISSN 0168-1605
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ijfoodmicro.2023.110392

MINN: A metabolic-informed neural network for integrating omics data into genome-scale metabolic modeling

Auteurs: Gabriele Tazza, Francesco Moro, Dario Ruggeri, Bas Teusink, László Vidács
Publié dans: Computational and Structural Biotechnology Journal, Numéro 27, 2025, Page(s) 3609-3617, ISSN 2001-0370
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.csbj.2025.08.004

Bacterial and fungal profiling of Maltese sheep cheese with amplicon metabarcoding

Auteurs: Muhammad Ahmed Ihsan, Vasilis P. Valdramidis, Sholeem Griffin
Publié dans: International Dairy Journal, Numéro 170, 2025, Page(s) 106362, ISSN 0958-6946
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.idairyj.2025.106362

Introducing MLOps to Facilitate the Development of Machine Learning Models in Agronomy: A Case Study

Auteurs: Dario Ruggeri, Gabriele Tazza, László Vidács
Publié dans: IEEE Access, 2025, Page(s) 1-1, ISSN 2169-3536
Éditeur: Institute of Electrical and Electronics Engineers Inc.
DOI: 10.1109/access.2025.3586691

Hybrid plant-dairy cheese: Effects of lactic acid bacteria and plant proteins on composition, proteolysis, and flavor profile

Auteurs: Huabin Luo, Simen Akkermans, Wim Engels, Simon Jacobs, Herwig Bachmann, Jan F.M. Van Impe, Marjon H.J. Wells-Bennik
Publié dans: Food Chemistry, 2025, Page(s) 146804, ISSN 0308-8146
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.foodchem.2025.146804

Signaling dynamics in microbial communities: A reduced-complexity mathematical analysis

Auteurs: Jian Wang, Ihab Hashem, Satyajeet Bhonsale, Jan F.M. Van Impe
Publié dans: Chemical Engineering Science, Numéro 319, 2025, Page(s) 121962, ISSN 0009-2509
Éditeur: Pergamon Press Ltd.
DOI: 10.1016/j.ces.2025.121962

Improvement of variables interpretability in kernel PCA

Auteurs: Mitja Briscik, Marie-Agnès Dillies, Sébastien Déjean
Publié dans: BMC Bioinformatics, 2023, ISSN 1471-2105
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-023-05404-y

Demystifying food flavor: Flavor data interpretation through machine learning

Auteurs: Huabin Luo, Simen Akkermans, Jan F.M. Van Impe
Publié dans: Food Chemistry, Numéro 483, 2025, Page(s) 144000, ISSN 0308-8146
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.foodchem.2025.144000

Tuning and modeling cheese flavor

Auteurs: Huabin Luo,Simen Akkermans,Davy Verheyen,Jian Wang,Monika Polanska,Jan F. M. Van Impe
Publié dans: Comprehensive Reviews in Food Science and Food Safety, Numéro Volume 23, Numéro 5, 2024, ISSN 1541-4337
Éditeur: International Life Sciences Institute
DOI: 10.1111/1541-4337.13420

Identification of antimicrobial resistance genes in <i>Escherichia coli</i> through network diffusion

Auteurs: Anis Mansouri, Francesco Durazzi, Muhammad Ahmed Ihsan, Sholeem Griffin, Gerardo Manfreda, Vasilis P Valdramidis, Frédérique Pasquali, Daniel Remondini
Publié dans: Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 2025, ISSN 0305-7453
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/jac/dkaf404

Iron fortification modifies the microbial community structure and metabolome of a model surface-ripened cheese

Auteurs: Mahtab Shoukat,Vincent Hervé,Anne-Sophie Sarthou,Anne-Claire Peron,Alice Danel,Dominique Swennen,Pascal Bonnarme,Eric Dugat-Bony
Publié dans: International Journal of Food Microbiology, Numéro Volulme 427, 2024, ISSN 0168-1605
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ijfoodmicro.2024.110971

Mechanistic modeling of the dynamics of phage attack during milk acidification in the cheese-making process

Auteurs: Michèle Bou Habib, Emmanuel Bernuau, Benjamín José Sánchez, Dominique Swennen, Ahmad A. Zeidan, Ioan-Cristian Trelea, Jannik Vindeloev
Publié dans: Journal of Food Engineering, Numéro 387, 2024, Page(s) 112329, ISSN 0260-8774
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.jfoodeng.2024.112329

A Discretized Overlap Resolution Algorithm (DORA) for resolving spatial overlaps in individual-based models of microbes

Auteurs: Ihab Hashem, Jian Wang, Jan F.M. Van Impe
Publié dans: PLOS Computational Biology, Numéro 21, 2025, Page(s) e1012974, ISSN 1553-7358
Éditeur: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1012974

Supervised multiple kernel learning approaches for multi-omics data integration

Auteurs: Mitja Briscik, Gabriele Tazza, László Vidács, Marie-Agnès Dillies, Sébastien Déjean
Publié dans: BioData Mining, Numéro 17, 2024, ISSN 1756-0381
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13040-024-00406-9

Iron-based microbial interactions: the role of iron metabolism in the cheese ecosystem

Auteurs: Rina Mekuli, Mahtab Shoukat, Eric Dugat-Bony, Pascal Bonnarme, Sophie Landaud, Dominique Swennen, Vincent Hervé
Publié dans: Journal of Bacteriology, 2025, ISSN 0021-9193
Éditeur: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/jb.00539-24

Use and limitations of genome-scale metabolic models in food microbiology

Auteurs: Vincent Somerville, Pranas Grigaitis, Julius Battjes, Francesco Moro, BasTeusink
Publié dans: Current Opinion in Food Science, Numéro Volume 43, 2022, Page(s) 225-231, ISSN 2214-7993
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.cofs.2021.12.010

Individual-based modeling (IbM) unravels spatial and social interactions in bacterial communities

Auteurs: Jian Wang, Ihab Hashem, Satyajeet Bhonsale, Jan F M Van Impe
Publié dans: The ISME Journal, 2025, ISSN 1751-7362
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1093/ismejo/wraf116

Individual-based modelling (IbM) in food microbiology: A comprehensive guideline

Auteurs: Jian Wang, Ihab Hashem, Satyajeet Bhonsale, Davy Verheyen, Huabin Luo, Jan F.M. Van Impe
Publié dans: Food Research International, Numéro 213, 2025, Page(s) 116408, ISSN 0963-9969
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.foodres.2025.116408

A computational framework for Optimal and Model Predictive Control of stochastic gene regulatory networks

Auteurs: Hamza Faquir, Manuel Pájaro, Irene Otero-Muras
Publié dans: IEEE Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2025, Page(s) 1-13, ISSN 2998-4165
Éditeur: Institute of Electrical and Electronics Engineers (IEEE)
DOI: 10.1109/tcbbio.2025.3598449

Improving Microbiome-Based Disease Prediction With SuperTML and Data Augmentation

Auteurs: Gabriele Tazza, Dario Ruggeri, László Vidács
Publié dans: IEEE Access, Numéro 13, 2025, Page(s) 144505-144515, ISSN 2169-3536
Éditeur: Institute of Electrical and Electronics Engineers Inc.
DOI: 10.1109/access.2025.3598868

Conference proceedings (2)

Feedback control of stochastic gene switches using PIDE models

Auteurs: Christian Fernández, Hamza Faquir, Manuel Pájaro, Irene Otero-Muras
Publié dans: IFAC-PapersOnLine, Numéro Volume 55, 2022, Page(s) Numéro 18, 2022, Pages 62-67, ISSN 2405-8963
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.ifacol.2022.08.031

Vulnerability of Microbial Communities to Dishonest Signals: A biology driven complexity reduced model.

Auteurs: Jian Wang, Ihab Hashem, Satyajeet S. Bhonsale, Jan F.M. Van Impe
Publié dans: Computer Aided Chemical Engineering, 34th European Symposium on Computer Aided Process Engineering / 15th International Symposium on Process Systems Engineering, 2025, Page(s) 769-774
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/b978-0-443-28824-1.50129-0

Thesis and dissertations (5)

Development of kernel approaches for the integration of biological data from heterogeneous sources.

Auteurs: Mitja Briscik
Publié dans: 2025
Éditeur: Université de Toulouse

Development and analysis of a dynamic model of phage attack in milk acidification for cheese-making.

Auteurs: Michèle Bou Habib
Publié dans: 2025
Éditeur: Université Paris-Saclay

Machine Learning and network-based methods for the analysis of biological systems involved in food processing.

Auteurs: Anis Mansouri
Publié dans: 2025
Éditeur: UNIBO

Integrative analysis of iron availability on metabolism and interaction dynamics of Hafnia alvei and Brevibacterium aurantiacum.

Auteurs: Rina Mekuli
Publié dans: 2025
Éditeur: Université Paris-Saclay

Iron as a modulator of the cheese microbial ecosystem.

Auteurs: Mahtab Shoukat
Publié dans: 2025
Éditeur: Université Paris-Saclay

Book chapters (1)

Systems Biology

Auteurs: Bas Teusink
Publié dans: Applied food science, Numéro 01/11/2022, 2022, Page(s) 141-155, ISBN 9789086869336
Éditeur: Wageningen Academic Publishers
DOI: 10.3920/978-90-8686-933-6_8

Other (1)

E-MUSE - Data management plan

Auteurs: Balsa-Canto Eva, Bou Habib Michèle, Briscik Mitja, Déjean Sébastien, Dugat-Bony Eric, Faquir Hamza, Hervé Vincent, Ihsan Muhammad Ahmed, Koduru Lokamand, Kyrylenko Alina, Luo Huabin, Mansouri Anis, Mekuli Rina, Moro Francesco, Osset Ojea Teresa, Otero-Muras Irene, Remondini Daniel, Roudaut Geoffrey, Ruggeri Dario, Shoukat Mahtab, Tazza Gabriele, Teusink Bas, Trelea Cristian, Valdramidis Vasili
Publié dans: 2025
Éditeur: INRAE