Complex microbial ecosystems multiscale modelling: mechanistic and data driven approaches integration.

Informacje na temat projektu

E-MUSE

Identyfikator umowy o grant: 956126

DOI

10.3030/956126

Projekt został zamknięty

Data podpisania przez KE 28 Sierpnia 2020

Data rozpoczęcia 1 Stycznia 2021

Data zakończenia 30 Czerwca 2025

Finansowanie w ramach

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Koszt całkowity

€ 3 901 305,60

Wkład UE

€ 3 901 305,60

Koordynowany przez

INSTITUT NATIONAL DE RECHERCHE POUR L'AGRICULTURE, L'ALIMENTATION ET L'ENVIRONNEMENT
France

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Rezultaty

Documents, reports (2)

Vacancies advertising

Vacancies advertizing

Dissemination of project results

Websites, patent fillings, videos etc. (1)

Social networks

Website LinkedIn and social media accounts implemented

Publikacje

Peer reviewed articles (18)

Levels and types of microbial contaminants in different plant-based ingredients used in dairy alternatives

Autorzy: Alina Kyrylenko, Robyn T. Eijlander, Giovanni Alliney, Elly Lucas-van de Bos, Marjon H.J. Wells-Bennik
Opublikowane w: International Journal of Food Microbiology, Numer Volume 407, 2023, ISSN 0168-1605
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ijfoodmicro.2023.110392

MINN: A metabolic-informed neural network for integrating omics data into genome-scale metabolic modeling

Autorzy: Gabriele Tazza, Francesco Moro, Dario Ruggeri, Bas Teusink, László Vidács
Opublikowane w: Computational and Structural Biotechnology Journal, Numer 27, 2025, Strona(/y) 3609-3617, ISSN 2001-0370
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.csbj.2025.08.004

Bacterial and fungal profiling of Maltese sheep cheese with amplicon metabarcoding

Autorzy: Muhammad Ahmed Ihsan, Vasilis P. Valdramidis, Sholeem Griffin
Opublikowane w: International Dairy Journal, Numer 170, 2025, Strona(/y) 106362, ISSN 0958-6946
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.idairyj.2025.106362

Introducing MLOps to Facilitate the Development of Machine Learning Models in Agronomy: A Case Study

Autorzy: Dario Ruggeri, Gabriele Tazza, László Vidács
Opublikowane w: IEEE Access, 2025, Strona(/y) 1-1, ISSN 2169-3536
Wydawca: Institute of Electrical and Electronics Engineers Inc.
DOI: 10.1109/access.2025.3586691

Signaling dynamics in microbial communities: A reduced-complexity mathematical analysis

Autorzy: Jian Wang, Ihab Hashem, Satyajeet Bhonsale, Jan F.M. Van Impe
Opublikowane w: Chemical Engineering Science, Numer 319, 2025, Strona(/y) 121962, ISSN 0009-2509
Wydawca: Pergamon Press Ltd.
DOI: 10.1016/j.ces.2025.121962

Improvement of variables interpretability in kernel PCA

Autorzy: Mitja Briscik, Marie-Agnès Dillies, Sébastien Déjean
Opublikowane w: BMC Bioinformatics, 2023, ISSN 1471-2105
Wydawca: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-023-05404-y

Demystifying food flavor: Flavor data interpretation through machine learning

Autorzy: Huabin Luo, Simen Akkermans, Jan F.M. Van Impe
Opublikowane w: Food Chemistry, Numer 483, 2025, Strona(/y) 144000, ISSN 0308-8146
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.foodchem.2025.144000

Tuning and modeling cheese flavor

Autorzy: Huabin Luo,Simen Akkermans,Davy Verheyen,Jian Wang,Monika Polanska,Jan F. M. Van Impe
Opublikowane w: Comprehensive Reviews in Food Science and Food Safety, Numer Volume 23, Numer 5, 2024, ISSN 1541-4337
Wydawca: International Life Sciences Institute
DOI: 10.1111/1541-4337.13420

Iron fortification modifies the microbial community structure and metabolome of a model surface-ripened cheese

Autorzy: Mahtab Shoukat,Vincent Hervé,Anne-Sophie Sarthou,Anne-Claire Peron,Alice Danel,Dominique Swennen,Pascal Bonnarme,Eric Dugat-Bony
Opublikowane w: International Journal of Food Microbiology, Numer Volulme 427, 2024, ISSN 0168-1605
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ijfoodmicro.2024.110971

Mechanistic modeling of the dynamics of phage attack during milk acidification in the cheese-making process

Autorzy: Michèle Bou Habib, Emmanuel Bernuau, Benjamín José Sánchez, Dominique Swennen, Ahmad A. Zeidan, Ioan-Cristian Trelea, Jannik Vindeloev
Opublikowane w: Journal of Food Engineering, Numer 387, 2024, Strona(/y) 112329, ISSN 0260-8774
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.jfoodeng.2024.112329

A Discretized Overlap Resolution Algorithm (DORA) for resolving spatial overlaps in individual-based models of microbes

Autorzy: Ihab Hashem, Jian Wang, Jan F.M. Van Impe
Opublikowane w: PLOS Computational Biology, Numer 21, 2025, Strona(/y) e1012974, ISSN 1553-7358
Wydawca: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1012974

Supervised multiple kernel learning approaches for multi-omics data integration

Autorzy: Mitja Briscik, Gabriele Tazza, László Vidács, Marie-Agnès Dillies, Sébastien Déjean
Opublikowane w: BioData Mining, Numer 17, 2024, ISSN 1756-0381
Wydawca: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13040-024-00406-9

Iron-based microbial interactions: the role of iron metabolism in the cheese ecosystem

Autorzy: Rina Mekuli, Mahtab Shoukat, Eric Dugat-Bony, Pascal Bonnarme, Sophie Landaud, Dominique Swennen, Vincent Hervé
Opublikowane w: Journal of Bacteriology, 2025, ISSN 0021-9193
Wydawca: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/jb.00539-24

Use and limitations of genome-scale metabolic models in food microbiology

Autorzy: Vincent Somerville, Pranas Grigaitis, Julius Battjes, Francesco Moro, BasTeusink
Opublikowane w: Current Opinion in Food Science, Numer Volume 43, 2022, Strona(/y) 225-231, ISSN 2214-7993
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.cofs.2021.12.010

Individual-based modeling (IbM) unravels spatial and social interactions in bacterial communities

Autorzy: Jian Wang, Ihab Hashem, Satyajeet Bhonsale, Jan F M Van Impe
Opublikowane w: The ISME Journal, 2025, ISSN 1751-7362
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1093/ismejo/wraf116

Individual-based modelling (IbM) in food microbiology: A comprehensive guideline

Autorzy: Jian Wang, Ihab Hashem, Satyajeet Bhonsale, Davy Verheyen, Huabin Luo, Jan F.M. Van Impe
Opublikowane w: Food Research International, Numer 213, 2025, Strona(/y) 116408, ISSN 0963-9969
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.foodres.2025.116408

A computational framework for Optimal and Model Predictive Control of stochastic gene regulatory networks

Autorzy: Hamza Faquir, Manuel Pájaro, Irene Otero-Muras
Opublikowane w: IEEE Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2025, Strona(/y) 1-13, ISSN 2998-4165
Wydawca: Institute of Electrical and Electronics Engineers (IEEE)
DOI: 10.1109/tcbbio.2025.3598449

Improving Microbiome-Based Disease Prediction With SuperTML and Data Augmentation

Autorzy: Gabriele Tazza, Dario Ruggeri, László Vidács
Opublikowane w: IEEE Access, Numer 13, 2025, Strona(/y) 144505-144515, ISSN 2169-3536
Wydawca: Institute of Electrical and Electronics Engineers Inc.
DOI: 10.1109/access.2025.3598868

Conference proceedings (2)

Feedback control of stochastic gene switches using PIDE models

Autorzy: Christian Fernández, Hamza Faquir, Manuel Pájaro, Irene Otero-Muras
Opublikowane w: IFAC-PapersOnLine, Numer Volume 55, 2022, Strona(/y) Numer 18, 2022, Pages 62-67, ISSN 2405-8963
Wydawca: Elsevier
DOI: 10.1016/j.ifacol.2022.08.031

Vulnerability of Microbial Communities to Dishonest Signals: A biology driven complexity reduced model.

Autorzy: Jian Wang, Ihab Hashem, Satyajeet S. Bhonsale, Jan F.M. Van Impe
Opublikowane w: Computer Aided Chemical Engineering, 34th European Symposium on Computer Aided Process Engineering / 15th International Symposium on Process Systems Engineering, 2025, Strona(/y) 769-774
Wydawca: Elsevier
DOI: 10.1016/b978-0-443-28824-1.50129-0

Thesis and dissertations (4)

Development of kernel approaches for the integration of biological data from heterogeneous sources.

Autorzy: Mitja Briscik
Opublikowane w: 2025
Wydawca: Université de Toulouse

Development and analysis of a dynamic model of phage attack in milk acidification for cheese-making.

Autorzy: Michèle Bou Habib
Opublikowane w: 2025
Wydawca: Université Paris-Saclay

Integrative analysis of iron availability on metabolism and interaction dynamics of Hafnia alvei and Brevibacterium aurantiacum.

Autorzy: Rina Mekuli
Opublikowane w: 2025
Wydawca: Université Paris-Saclay

Iron as a modulator of the cheese microbial ecosystem.

Autorzy: Mahtab Shoukat
Opublikowane w: 2025
Wydawca: Université Paris-Saclay

Book chapters (1)

Systems Biology

Autorzy: Bas Teusink
Opublikowane w: Applied food science, Numer 01/11/2022, 2022, Strona(/y) 141-155, ISBN 9789086869336
Wydawca: Wageningen Academic Publishers
DOI: 10.3920/978-90-8686-933-6_8

Other (1)

E-MUSE - Data management plan

Autorzy: Balsa-Canto Eva, Bou Habib Michèle, Briscik Mitja, Déjean Sébastien, Dugat-Bony Eric, Faquir Hamza, Hervé Vincent, Ihsan Muhammad Ahmed, Koduru Lokamand, Kyrylenko Alina, Luo Huabin, Mansouri Anis, Mekuli Rina, Moro Francesco, Osset Ojea Teresa, Otero-Muras Irene, Remondini Daniel, Roudaut Geoffrey, Ruggeri Dario, Shoukat Mahtab, Tazza Gabriele, Teusink Bas, Trelea Cristian, Valdramidis Vasili
Opublikowane w: 2025
Wydawca: INRAE