Complex microbial ecosystems multiscale modelling: mechanistic and data driven approaches integration.

Informazioni relative al progetto

E-MUSE

ID dell’accordo di sovvenzione: 956126

DOI

10.3030/956126

Progetto chiuso

Data della firma CE 28 Agosto 2020

Data di avvio 1 Gennaio 2021

Data di completamento 30 Giugno 2025

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Costo totale

€ 3 901 305,60

Contributo UE

€ 3 901 305,60

Coordinato da

INSTITUT NATIONAL DE RECHERCHE POUR L'AGRICULTURE, L'ALIMENTATION ET L'ENVIRONNEMENT
France

CORDIS fornisce collegamenti ai risultati finali pubblici e alle pubblicazioni dei progetti ORIZZONTE.

I link ai risultati e alle pubblicazioni dei progetti del 7° PQ, così come i link ad alcuni tipi di risultati specifici come dataset e software, sono recuperati dinamicamente da .OpenAIRE .

Risultati finali

Documents, reports (2)

Vacancies advertising

Vacancies advertizing

Dissemination of project results

Websites, patent fillings, videos etc. (1)

Social networks

Website LinkedIn and social media accounts implemented

Pubblicazioni

Peer reviewed articles (18)

Levels and types of microbial contaminants in different plant-based ingredients used in dairy alternatives

Autori: Alina Kyrylenko, Robyn T. Eijlander, Giovanni Alliney, Elly Lucas-van de Bos, Marjon H.J. Wells-Bennik
Pubblicato in: International Journal of Food Microbiology, Numero Volume 407, 2023, ISSN 0168-1605
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ijfoodmicro.2023.110392

MINN: A metabolic-informed neural network for integrating omics data into genome-scale metabolic modeling

Autori: Gabriele Tazza, Francesco Moro, Dario Ruggeri, Bas Teusink, László Vidács
Pubblicato in: Computational and Structural Biotechnology Journal, Numero 27, 2025, Pagina/e 3609-3617, ISSN 2001-0370
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.csbj.2025.08.004

Bacterial and fungal profiling of Maltese sheep cheese with amplicon metabarcoding

Autori: Muhammad Ahmed Ihsan, Vasilis P. Valdramidis, Sholeem Griffin
Pubblicato in: International Dairy Journal, Numero 170, 2025, Pagina/e 106362, ISSN 0958-6946
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.idairyj.2025.106362

Introducing MLOps to Facilitate the Development of Machine Learning Models in Agronomy: A Case Study

Autori: Dario Ruggeri, Gabriele Tazza, László Vidács
Pubblicato in: IEEE Access, 2025, Pagina/e 1-1, ISSN 2169-3536
Editore: Institute of Electrical and Electronics Engineers Inc.
DOI: 10.1109/access.2025.3586691

Signaling dynamics in microbial communities: A reduced-complexity mathematical analysis

Autori: Jian Wang, Ihab Hashem, Satyajeet Bhonsale, Jan F.M. Van Impe
Pubblicato in: Chemical Engineering Science, Numero 319, 2025, Pagina/e 121962, ISSN 0009-2509
Editore: Pergamon Press Ltd.
DOI: 10.1016/j.ces.2025.121962

Improvement of variables interpretability in kernel PCA

Autori: Mitja Briscik, Marie-Agnès Dillies, Sébastien Déjean
Pubblicato in: BMC Bioinformatics, 2023, ISSN 1471-2105
Editore: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-023-05404-y

Demystifying food flavor: Flavor data interpretation through machine learning

Autori: Huabin Luo, Simen Akkermans, Jan F.M. Van Impe
Pubblicato in: Food Chemistry, Numero 483, 2025, Pagina/e 144000, ISSN 0308-8146
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.foodchem.2025.144000

Tuning and modeling cheese flavor

Autori: Huabin Luo,Simen Akkermans,Davy Verheyen,Jian Wang,Monika Polanska,Jan F. M. Van Impe
Pubblicato in: Comprehensive Reviews in Food Science and Food Safety, Numero Volume 23, Numero 5, 2024, ISSN 1541-4337
Editore: International Life Sciences Institute
DOI: 10.1111/1541-4337.13420

Iron fortification modifies the microbial community structure and metabolome of a model surface-ripened cheese

Autori: Mahtab Shoukat,Vincent Hervé,Anne-Sophie Sarthou,Anne-Claire Peron,Alice Danel,Dominique Swennen,Pascal Bonnarme,Eric Dugat-Bony
Pubblicato in: International Journal of Food Microbiology, Numero Volulme 427, 2024, ISSN 0168-1605
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ijfoodmicro.2024.110971

Mechanistic modeling of the dynamics of phage attack during milk acidification in the cheese-making process

Autori: Michèle Bou Habib, Emmanuel Bernuau, Benjamín José Sánchez, Dominique Swennen, Ahmad A. Zeidan, Ioan-Cristian Trelea, Jannik Vindeloev
Pubblicato in: Journal of Food Engineering, Numero 387, 2024, Pagina/e 112329, ISSN 0260-8774
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.jfoodeng.2024.112329

A Discretized Overlap Resolution Algorithm (DORA) for resolving spatial overlaps in individual-based models of microbes

Autori: Ihab Hashem, Jian Wang, Jan F.M. Van Impe
Pubblicato in: PLOS Computational Biology, Numero 21, 2025, Pagina/e e1012974, ISSN 1553-7358
Editore: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1012974

Supervised multiple kernel learning approaches for multi-omics data integration

Autori: Mitja Briscik, Gabriele Tazza, László Vidács, Marie-Agnès Dillies, Sébastien Déjean
Pubblicato in: BioData Mining, Numero 17, 2024, ISSN 1756-0381
Editore: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13040-024-00406-9

Iron-based microbial interactions: the role of iron metabolism in the cheese ecosystem

Autori: Rina Mekuli, Mahtab Shoukat, Eric Dugat-Bony, Pascal Bonnarme, Sophie Landaud, Dominique Swennen, Vincent Hervé
Pubblicato in: Journal of Bacteriology, 2025, ISSN 0021-9193
Editore: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/jb.00539-24

Use and limitations of genome-scale metabolic models in food microbiology

Autori: Vincent Somerville, Pranas Grigaitis, Julius Battjes, Francesco Moro, BasTeusink
Pubblicato in: Current Opinion in Food Science, Numero Volume 43, 2022, Pagina/e 225-231, ISSN 2214-7993
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.cofs.2021.12.010

Individual-based modeling (IbM) unravels spatial and social interactions in bacterial communities

Autori: Jian Wang, Ihab Hashem, Satyajeet Bhonsale, Jan F M Van Impe
Pubblicato in: The ISME Journal, 2025, ISSN 1751-7362
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1093/ismejo/wraf116

Individual-based modelling (IbM) in food microbiology: A comprehensive guideline

Autori: Jian Wang, Ihab Hashem, Satyajeet Bhonsale, Davy Verheyen, Huabin Luo, Jan F.M. Van Impe
Pubblicato in: Food Research International, Numero 213, 2025, Pagina/e 116408, ISSN 0963-9969
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.foodres.2025.116408

A computational framework for Optimal and Model Predictive Control of stochastic gene regulatory networks

Autori: Hamza Faquir, Manuel Pájaro, Irene Otero-Muras
Pubblicato in: IEEE Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2025, Pagina/e 1-13, ISSN 2998-4165
Editore: Institute of Electrical and Electronics Engineers (IEEE)
DOI: 10.1109/tcbbio.2025.3598449

Improving Microbiome-Based Disease Prediction With SuperTML and Data Augmentation

Autori: Gabriele Tazza, Dario Ruggeri, László Vidács
Pubblicato in: IEEE Access, Numero 13, 2025, Pagina/e 144505-144515, ISSN 2169-3536
Editore: Institute of Electrical and Electronics Engineers Inc.
DOI: 10.1109/access.2025.3598868

Conference proceedings (2)

Feedback control of stochastic gene switches using PIDE models

Autori: Christian Fernández, Hamza Faquir, Manuel Pájaro, Irene Otero-Muras
Pubblicato in: IFAC-PapersOnLine, Numero Volume 55, 2022, Pagina/e Numero 18, 2022, Pages 62-67, ISSN 2405-8963
Editore: Elsevier
DOI: 10.1016/j.ifacol.2022.08.031

Vulnerability of Microbial Communities to Dishonest Signals: A biology driven complexity reduced model.

Autori: Jian Wang, Ihab Hashem, Satyajeet S. Bhonsale, Jan F.M. Van Impe
Pubblicato in: Computer Aided Chemical Engineering, 34th European Symposium on Computer Aided Process Engineering / 15th International Symposium on Process Systems Engineering, 2025, Pagina/e 769-774
Editore: Elsevier
DOI: 10.1016/b978-0-443-28824-1.50129-0

Thesis and dissertations (4)

Development of kernel approaches for the integration of biological data from heterogeneous sources.

Autori: Mitja Briscik
Pubblicato in: 2025
Editore: Université de Toulouse

Development and analysis of a dynamic model of phage attack in milk acidification for cheese-making.

Autori: Michèle Bou Habib
Pubblicato in: 2025
Editore: Université Paris-Saclay

Integrative analysis of iron availability on metabolism and interaction dynamics of Hafnia alvei and Brevibacterium aurantiacum.

Autori: Rina Mekuli
Pubblicato in: 2025
Editore: Université Paris-Saclay

Iron as a modulator of the cheese microbial ecosystem.

Autori: Mahtab Shoukat
Pubblicato in: 2025
Editore: Université Paris-Saclay

Book chapters (1)

Systems Biology

Autori: Bas Teusink
Pubblicato in: Applied food science, Numero 01/11/2022, 2022, Pagina/e 141-155, ISBN 9789086869336
Editore: Wageningen Academic Publishers
DOI: 10.3920/978-90-8686-933-6_8

Other (1)

E-MUSE - Data management plan

Autori: Balsa-Canto Eva, Bou Habib Michèle, Briscik Mitja, Déjean Sébastien, Dugat-Bony Eric, Faquir Hamza, Hervé Vincent, Ihsan Muhammad Ahmed, Koduru Lokamand, Kyrylenko Alina, Luo Huabin, Mansouri Anis, Mekuli Rina, Moro Francesco, Osset Ojea Teresa, Otero-Muras Irene, Remondini Daniel, Roudaut Geoffrey, Ruggeri Dario, Shoukat Mahtab, Tazza Gabriele, Teusink Bas, Trelea Cristian, Valdramidis Vasili
Pubblicato in: 2025
Editore: INRAE