Complex microbial ecosystems multiscale modelling: mechanistic and data driven approaches integration.

Projektinformationen

E-MUSE

ID Finanzhilfevereinbarung: 956126

DOI

10.3030/956126

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 28 August 2020

Startdatum 1 Januar 2021

Enddatum 30 Juni 2025

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Gesamtkosten

€ 3 901 305,60

EU-Beitrag

€ 3 901 305,60

Koordiniert durch

INSTITUT NATIONAL DE RECHERCHE POUR L'AGRICULTURE, L'ALIMENTATION ET L'ENVIRONNEMENT
France

CORDIS bietet Links zu öffentlichen Ergebnissen und Veröffentlichungen von HORIZONT-Projekten.

Links zu Ergebnissen und Veröffentlichungen von RP7-Projekten sowie Links zu einigen Typen spezifischer Ergebnisse wie Datensätzen und Software werden dynamisch von OpenAIRE abgerufen.

Leistungen

Documents, reports (2)

Vacancies advertising

Vacancies advertizing

Dissemination of project results

Websites, patent fillings, videos etc. (1)

Social networks

Website LinkedIn and social media accounts implemented

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (18)

Levels and types of microbial contaminants in different plant-based ingredients used in dairy alternatives

Autoren: Alina Kyrylenko, Robyn T. Eijlander, Giovanni Alliney, Elly Lucas-van de Bos, Marjon H.J. Wells-Bennik
Veröffentlicht in: International Journal of Food Microbiology, Ausgabe Volume 407, 2023, ISSN 0168-1605
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ijfoodmicro.2023.110392

MINN: A metabolic-informed neural network for integrating omics data into genome-scale metabolic modeling

Autoren: Gabriele Tazza, Francesco Moro, Dario Ruggeri, Bas Teusink, László Vidács
Veröffentlicht in: Computational and Structural Biotechnology Journal, Ausgabe 27, 2025, Seite(n) 3609-3617, ISSN 2001-0370
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.csbj.2025.08.004

Bacterial and fungal profiling of Maltese sheep cheese with amplicon metabarcoding

Autoren: Muhammad Ahmed Ihsan, Vasilis P. Valdramidis, Sholeem Griffin
Veröffentlicht in: International Dairy Journal, Ausgabe 170, 2025, Seite(n) 106362, ISSN 0958-6946
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.idairyj.2025.106362

Introducing MLOps to Facilitate the Development of Machine Learning Models in Agronomy: A Case Study

Autoren: Dario Ruggeri, Gabriele Tazza, László Vidács
Veröffentlicht in: IEEE Access, 2025, Seite(n) 1-1, ISSN 2169-3536
Herausgeber: Institute of Electrical and Electronics Engineers Inc.
DOI: 10.1109/access.2025.3586691

Signaling dynamics in microbial communities: A reduced-complexity mathematical analysis

Autoren: Jian Wang, Ihab Hashem, Satyajeet Bhonsale, Jan F.M. Van Impe
Veröffentlicht in: Chemical Engineering Science, Ausgabe 319, 2025, Seite(n) 121962, ISSN 0009-2509
Herausgeber: Pergamon Press Ltd.
DOI: 10.1016/j.ces.2025.121962

Improvement of variables interpretability in kernel PCA

Autoren: Mitja Briscik, Marie-Agnès Dillies, Sébastien Déjean
Veröffentlicht in: BMC Bioinformatics, 2023, ISSN 1471-2105
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-023-05404-y

Demystifying food flavor: Flavor data interpretation through machine learning

Autoren: Huabin Luo, Simen Akkermans, Jan F.M. Van Impe
Veröffentlicht in: Food Chemistry, Ausgabe 483, 2025, Seite(n) 144000, ISSN 0308-8146
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.foodchem.2025.144000

Tuning and modeling cheese flavor

Autoren: Huabin Luo,Simen Akkermans,Davy Verheyen,Jian Wang,Monika Polanska,Jan F. M. Van Impe
Veröffentlicht in: Comprehensive Reviews in Food Science and Food Safety, Ausgabe Volume 23, Ausgabe 5, 2024, ISSN 1541-4337
Herausgeber: International Life Sciences Institute
DOI: 10.1111/1541-4337.13420

Iron fortification modifies the microbial community structure and metabolome of a model surface-ripened cheese

Autoren: Mahtab Shoukat,Vincent Hervé,Anne-Sophie Sarthou,Anne-Claire Peron,Alice Danel,Dominique Swennen,Pascal Bonnarme,Eric Dugat-Bony
Veröffentlicht in: International Journal of Food Microbiology, Ausgabe Volulme 427, 2024, ISSN 0168-1605
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ijfoodmicro.2024.110971

Mechanistic modeling of the dynamics of phage attack during milk acidification in the cheese-making process

Autoren: Michèle Bou Habib, Emmanuel Bernuau, Benjamín José Sánchez, Dominique Swennen, Ahmad A. Zeidan, Ioan-Cristian Trelea, Jannik Vindeloev
Veröffentlicht in: Journal of Food Engineering, Ausgabe 387, 2024, Seite(n) 112329, ISSN 0260-8774
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.jfoodeng.2024.112329

A Discretized Overlap Resolution Algorithm (DORA) for resolving spatial overlaps in individual-based models of microbes

Autoren: Ihab Hashem, Jian Wang, Jan F.M. Van Impe
Veröffentlicht in: PLOS Computational Biology, Ausgabe 21, 2025, Seite(n) e1012974, ISSN 1553-7358
Herausgeber: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1012974

Supervised multiple kernel learning approaches for multi-omics data integration

Autoren: Mitja Briscik, Gabriele Tazza, László Vidács, Marie-Agnès Dillies, Sébastien Déjean
Veröffentlicht in: BioData Mining, Ausgabe 17, 2024, ISSN 1756-0381
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13040-024-00406-9

Iron-based microbial interactions: the role of iron metabolism in the cheese ecosystem

Autoren: Rina Mekuli, Mahtab Shoukat, Eric Dugat-Bony, Pascal Bonnarme, Sophie Landaud, Dominique Swennen, Vincent Hervé
Veröffentlicht in: Journal of Bacteriology, 2025, ISSN 0021-9193
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/jb.00539-24

Use and limitations of genome-scale metabolic models in food microbiology

Autoren: Vincent Somerville, Pranas Grigaitis, Julius Battjes, Francesco Moro, BasTeusink
Veröffentlicht in: Current Opinion in Food Science, Ausgabe Volume 43, 2022, Seite(n) 225-231, ISSN 2214-7993
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.cofs.2021.12.010

Individual-based modeling (IbM) unravels spatial and social interactions in bacterial communities

Autoren: Jian Wang, Ihab Hashem, Satyajeet Bhonsale, Jan F M Van Impe
Veröffentlicht in: The ISME Journal, 2025, ISSN 1751-7362
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1093/ismejo/wraf116

Individual-based modelling (IbM) in food microbiology: A comprehensive guideline

Autoren: Jian Wang, Ihab Hashem, Satyajeet Bhonsale, Davy Verheyen, Huabin Luo, Jan F.M. Van Impe
Veröffentlicht in: Food Research International, Ausgabe 213, 2025, Seite(n) 116408, ISSN 0963-9969
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.foodres.2025.116408

A computational framework for Optimal and Model Predictive Control of stochastic gene regulatory networks

Autoren: Hamza Faquir, Manuel Pájaro, Irene Otero-Muras
Veröffentlicht in: IEEE Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2025, Seite(n) 1-13, ISSN 2998-4165
Herausgeber: Institute of Electrical and Electronics Engineers (IEEE)
DOI: 10.1109/tcbbio.2025.3598449

Improving Microbiome-Based Disease Prediction With SuperTML and Data Augmentation

Autoren: Gabriele Tazza, Dario Ruggeri, László Vidács
Veröffentlicht in: IEEE Access, Ausgabe 13, 2025, Seite(n) 144505-144515, ISSN 2169-3536
Herausgeber: Institute of Electrical and Electronics Engineers Inc.
DOI: 10.1109/access.2025.3598868

Conference proceedings (2)

Feedback control of stochastic gene switches using PIDE models

Autoren: Christian Fernández, Hamza Faquir, Manuel Pájaro, Irene Otero-Muras
Veröffentlicht in: IFAC-PapersOnLine, Ausgabe Volume 55, 2022, Seite(n) Ausgabe 18, 2022, Pages 62-67, ISSN 2405-8963
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.ifacol.2022.08.031

Vulnerability of Microbial Communities to Dishonest Signals: A biology driven complexity reduced model.

Autoren: Jian Wang, Ihab Hashem, Satyajeet S. Bhonsale, Jan F.M. Van Impe
Veröffentlicht in: Computer Aided Chemical Engineering, 34th European Symposium on Computer Aided Process Engineering / 15th International Symposium on Process Systems Engineering, 2025, Seite(n) 769-774
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/b978-0-443-28824-1.50129-0

Thesis and dissertations (4)

Development of kernel approaches for the integration of biological data from heterogeneous sources.

Autoren: Mitja Briscik
Veröffentlicht in: 2025
Herausgeber: Université de Toulouse

Development and analysis of a dynamic model of phage attack in milk acidification for cheese-making.

Autoren: Michèle Bou Habib
Veröffentlicht in: 2025
Herausgeber: Université Paris-Saclay

Integrative analysis of iron availability on metabolism and interaction dynamics of Hafnia alvei and Brevibacterium aurantiacum.

Autoren: Rina Mekuli
Veröffentlicht in: 2025
Herausgeber: Université Paris-Saclay

Iron as a modulator of the cheese microbial ecosystem.

Autoren: Mahtab Shoukat
Veröffentlicht in: 2025
Herausgeber: Université Paris-Saclay

Book chapters (1)

Systems Biology

Autoren: Bas Teusink
Veröffentlicht in: Applied food science, Ausgabe 01/11/2022, 2022, Seite(n) 141-155, ISBN 9789086869336
Herausgeber: Wageningen Academic Publishers
DOI: 10.3920/978-90-8686-933-6_8

Other (1)

E-MUSE - Data management plan

Autoren: Balsa-Canto Eva, Bou Habib Michèle, Briscik Mitja, Déjean Sébastien, Dugat-Bony Eric, Faquir Hamza, Hervé Vincent, Ihsan Muhammad Ahmed, Koduru Lokamand, Kyrylenko Alina, Luo Huabin, Mansouri Anis, Mekuli Rina, Moro Francesco, Osset Ojea Teresa, Otero-Muras Irene, Remondini Daniel, Roudaut Geoffrey, Ruggeri Dario, Shoukat Mahtab, Tazza Gabriele, Teusink Bas, Trelea Cristian, Valdramidis Vasili
Veröffentlicht in: 2025
Herausgeber: INRAE