Allostery in Drug Discovery

Informations projet

ALLODD

N° de convention de subvention: 956314

DOI

10.3030/956314

Projet clôturé

Date de signature de la CE 28 Mai 2021

Date de début 1 Septembre 2021

Date de fin 31 Août 2025

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Coût total

€ 3 627 680,76

Contribution de l’UE

€ 3 627 680,76

Coordonné par

IDRYMA IATROVIOLOGIKON EREUNON AKADEMIAS ATHINON
Greece

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Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Livrables

Other (1)

Supervisory Board and Governing Bodies of ALLODD

Websites, patent fillings, videos etc. (1)

Project Web presence (Website and Social Media)

Web presence Website and Social Media m3

Publications

Peer reviewed articles (40)

Computational advances in discovering cryptic pockets for drug discovery

Auteurs: Martijn P. Bemelmans, Zoe Cournia, Kelly L. Damm-Ganamet, Francesco L. Gervasio, Vineet Pande
Publié dans: Current Opinion in Structural Biology, Numéro 90, 2025, Page(s) 102975, ISSN 0959-440X
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.sbi.2024.102975

Towards design of drugs and delivery systems with the Martini coarse-grained model

Auteurs: Lisbeth R. Kjølbye, Gilberto P. Pereira, Alessio Bartocci, Martina Pannuzzo, Simone Albani, Alessandro Marchetto, Brian Jiménez-García, Juliette Martin, Giulia Rossetti, Marco Cecchini, Sangwook Wu, Luca Monticelli, Paulo C. T. Souza
Publié dans: QRB Discovery, Numéro 3, 2022, Page(s) e19, ISSN 2633-2892
Éditeur: Cambridge University Press
DOI: 10.1017/qrd.2022.16

Comparative Study of Allosteric GPCR Binding Sites and Their Ligandability Potential

Auteurs: Sonja Peter, Lydia Siragusa, Morgan Thomas, Tommaso Palomba, Simon Cross, Noel M. O’Boyle, Dávid Bajusz, György G. Ferenczy, György M. Keserű, Giovanni Bottegoni, Brian Bender, Ijen Chen, Chris De Graaf
Publié dans: Journal of Chemical Information and Modeling, Numéro 64, 2024, Page(s) 8176-8192, ISSN 1549-9596
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jcim.4c00819

Functional modulation of PTH1R activation and signalling by RAMP2

Auteurs: Katarina Nemec, Hannes Schihada, Gunnar Kleinau, Ulrike Zabel, Eugene O. Grushevskyi, Patrick Scheerer, Martin J. Lohse, Isabella Maiellaro
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, Numéro Volume 119; Numéro 32, 2022, Page(s) e2122037119, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2122037119

Syntheses of differentially fluorinated triazole-based 1-deoxysphingosine analogues <i>en route</i> to SphK inhibitors

Auteurs: Adrià Cardona, Varbina Ivanova, Raúl Beltrán-Debón, Xavier Barril, Sergio Castillón, Yolanda Díaz, M. Isabel Matheu
Publié dans: Organic &amp; Biomolecular Chemistry, 2024, ISSN 1477-0520
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d4ob01656d

Alchemical Free Energy Calculations on Membrane-Associated Proteins

Auteurs: Michail Papadourakis, Hryhory Sinenka, Pierre Matricon, Jérôme Hénin, Grace Brannigan, Laura Pérez-Benito, Vineet Pande, Herman van Vlijmen, Chris de Graaf, Francesca Deflorian, Gary Tresadern, Marco Cecchini, Zoe Cournia
Publié dans: Journal of Chemical Theory and Computation, Numéro Volume 19; Numéro 21, 2023, Page(s) 7437–7458, ISSN 1549-9618
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.3c00365

Mechanisms of thyrotropin receptor–mediated phenotype variability deciphered by gene mutations and M453T-knockin model

Auteurs: Kristiina Makkonen, Meeri Jännäri, Luís Crisóstomo, Matilda Kuusi, Konrad Patyra, Vladyslav Melnyk, Veli Linnossuo, Johanna Ojala, Rowmika Ravi, Christoffer Löf, Juho-Antti Mäkelä, Päivi Miettinen, Saila Laakso, Marja Ojaniemi, Jarmo Jääskeläinen, Markku Laakso, Filip Bossowski, Beata Sawicka, Karolina Stożek, Artur Bossowski, Gunnar Kleinau, Patrick Scheerer, null FinnGen, Mary Pat Re
Publié dans: JCI Insight, Numéro 9, 2024, Page(s) e167092, ISSN 2379-3708
Éditeur: American Society for Clinical of Investigation
DOI: 10.1172/jci.insight.167092

Machine learning approaches in predicting allosteric sites

Auteurs: Francho Nerín-Fonz, Zoe Cournia
Publié dans: Current Opinion in Structural Biology, Numéro Volume 85, 2024, Page(s) 102774, ISSN 0959-440X
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.sbi.2024.102774

Mechanistic insights into G-protein coupling with an agonist-bound G-protein-coupled receptor

Auteurs: Hossein Batebi, Guillermo Pérez-Hernández, Sabrina N. Rahman, Baoliang Lan, Antje Kamprad, Mingyu Shi, David Speck, Johanna K. S. Tiemann, Ramon Guixà-González, Franziska Reinhardt, Peter F. Stadler, Makaía M. Papasergi-Scott, Georgios Skiniotis, Patrick Scheerer, Brian K. Kobilka, Jesper M. Mathiesen, Xiangyu Liu, Peter W. Hildebrand
Publié dans: Nature Structural &amp; Molecular Biology, Numéro 31, 2024, Page(s) 1692-1701, ISSN 1545-9993
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-024-01334-2

ChemFlow_py: a flexible toolkit for docking and rescoring

Auteurs: Luca Monari, Katia Galentino, Marco Cecchini
Publié dans: Journal of Computer-Aided Molecular Design, Numéro 37, 2023, Page(s) 565-572, ISSN 0920-654X
Éditeur: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s10822-023-00527-z

Is the Neuropeptide PEN a Ligand of GPR83?

Auteurs: Yvonne Giesecke, Vahid Asimi, Valentina Stulberg, Gunnar Kleinau, Patrick Scheerer, Beate Koksch, Carsten Grötzinger
Publié dans: International Journal of Molecular Sciences, Numéro Volume 24; Numéro 20, 2023, Page(s) 15117, ISSN 1422-0067
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms242015117

A millisecond coarse-grained simulation approach to decipher allosteric cannabinoid binding at the glycine receptor α1

Auteurs: Alessio Bartocci, Andrea Grazzi, Nour Awad, Pierre-Jean Corringer, Paulo C. T. Souza, Marco Cecchini
Publié dans: Nature Communications, Numéro 15, 2024, Page(s) 9040, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-53098-4

Allosteric antibodies: a novel paradigm in drug discovery

Auteurs: Léxane Fournier, Enrico Guarnera, Harald Kolmar, Stefan Becker
Publié dans: Trends in Pharmacological Sciences, 2024, ISSN 0165-6147
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tips.2024.10.007

The role of G protein‐coupled receptors and their ligands in animal domestication

Auteurs: Gunnar Kleinau, Bice Chini, Leif Andersson, Patrick Scheerer
Publié dans: Animal Genetics, Numéro 55, 2024, Page(s) 893-906, ISSN 0268-9146
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/age.13476

Intramolecular activity regulation of adhesion GPCRs in light of recent structural and evolutionary information

Auteurs: Gunnar Kleinau, Amal Hassan Ali, Franziska Wiechert, Michal Szczepek, Andrea Schmidt, Christian M.T. Spahn, Ines Liebscher, Torsten Schöneberg, Patrick Scheerer
Publié dans: Pharmacological Research, Numéro Volume 197, 2023, Page(s) 106971, ISSN 1043-6618
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.phrs.2023.106971

Effect of Water Networks On Ligand Binding: Computational Predictions vs Experiments

Auteurs: Tibor Viktor Szalai, Dávid Bajusz, Rita Börzsei, Balázs Zoltán Zsidó, Janez Ilaš, György G. Ferenczy, Csaba Hetényi, György M. Keserű
Publié dans: Journal of Chemical Information and Modeling, Numéro 64, 2024, Page(s) 8980-8998, ISSN 1549-9596
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jcim.4c01291

SH2db, an information system for the SH2 domain

Auteurs: Dávid Bajusz, Gáspár Pándy-Szekeres, Ágnes Takács, Elvin D de Araujo, György M Keserű
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro Volume 51; Numéro W1, 2023, Page(s) W542–W552, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkad420

Evaluation of Pharmacological Rescue of Melanocortin-4 Receptor Nonsense Mutations by Aminoglycoside

Auteurs: Friederike Höpfner, Sarah Paisdzior, Nanina Reininghaus, Iqra Sohail, Patrick Scheerer, Paolo Annibale, Heike Biebermann, Peter Kühnen
Publié dans: Life, Numéro Volume 12; Numéro 11, 2022, Page(s) 1793, ISSN 2075-1729
Éditeur: MDPI
DOI: 10.3390/life12111793

Fucosyl glycosides for DC-SIGN targeting: Fucosylation strategies, synthesis and binding studies of model compounds

Auteurs: Rohit Chavan, Jonathan Lefèbre, Kateřina Jochová, Hana Dvořáková, Christoph Rademacher, Petra Ménová
Publié dans: Bioorganic &amp; Medicinal Chemistry, Numéro 123, 2025, Page(s) 118164, ISSN 0968-0896
Éditeur: Pergamon Press Ltd.
DOI: 10.1016/j.bmc.2025.118164

Structural Basis for Highly Selective Class II Alpha Phosphoinositide-3-Kinase Inhibition

Auteurs: Murat Kücükdisli, Hassen Bel-Abed, Davide Cirillo, Wen-Ting Lo, Nina-Louisa Efrém, André Horatscheck, Liudmila Perepelittchenko, Polina Prokofeva, Theresa A. L. Ehret, Silke Radetzki, Martin Neuenschwander, Edgar Specker, Guillaume Médard, Susanne Müller, Stephanie Wilhelm, Bernhard Kuster, Jens Peter von Kries, Volker Haucke, Marc Nazaré
Publié dans: Journal of Medicinal Chemistry, Numéro Volume 66; Numéro 20, 2023, Page(s) 14278-14302, ISSN 0022-2623
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jmedchem.3c01319

A platform for the early selection of non-competitive antibody-fragments from yeast surface display libraries

Auteurs: Léxane Fournier, Deniz Demir, Desislava Elter, Lukas Pekar, Harald Kolmar, Lars Toleikis, Stefan Becker
Publié dans: Biological Chemistry, 2024, ISSN 1431-6730
Éditeur: Walter de Gruyter GmbH & Co. KG
DOI: 10.1515/hsz-2024-0102

Beyond the known cuts: trypsin specificity in native proteins

Auteurs: Marcelo Gaspar, Bohdana Sokolova, Amir Ata Saei, José C. Marques, Roman A. Zubarev
Publié dans: Chemical Communications, Numéro 61, 2025, Page(s) 12753-12756, ISSN 1359-7345
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d5cc02378e

Mapping protein binding sites by photoreactive fragment pharmacophores

Auteurs: Péter Ábrányi-Balogh, Dávid Bajusz, Zoltán Orgován, Aaron B. Keeley, László Petri, Nikolett Péczka, Tibor Viktor Szalai, Gyula Pálfy, Márton Gadanecz, Emma K. Grant, Tímea Imre, Tamás Takács, Ivan Ranđelović, Marcell Baranyi, András Marton, Gitta Schlosser, Qirat F. Ashraf, Elvin D. de Araujo, Tamás Karancsi, László Buday, József Tóvári, András Perczel, Jacob T. Bush, Györ
Publié dans: Communications Chemistry, Numéro 7, 2024, Page(s) 168, ISSN 2399-3669
Éditeur: Macmillan Publishers Ltd part of Springer Nature
DOI: 10.1038/s42004-024-01252-w

Structure of the actively translating plant 80S ribosome at 2.2 Å resolution

Auteurs: Julia Smirnova, Justus Loerke, Gunnar Kleinau, Andrea Schmidt, Jörg Bürger, Etienne H. Meyer, Thorsten Mielke, Patrick Scheerer, Ralph Bock, Christian M. T. Spahn, Reimo Zoschke
Publié dans: Nature Plants, Numéro Volume 9, 2023, Page(s) 987–1000, ISSN 2055-0278
Éditeur: Nature Portfolio
DOI: 10.1038/s41477-023-01407-y

Molecular Effects of Auto-Antibodies on Angiotensin II Type 1 Receptor Signaling and Cell Proliferation

Auteurs: Aurélie Philippe, Gunnar Kleinau, Jason Jannis Gruner, Sumin Wu, Daniel Postpieszala, David Speck, Harald Heidecke, Simon J. Dowell, Gabriela Riemekasten, Peter W. Hildebrand, Julian Kamhieh-Milz, Rusan Catar, Michal Szczepek, Duska Dragun, Patrick Scheerer
Publié dans: International Journal of Molecular Sciences, Numéro Volume 23; Numéro 7, 2022, Page(s) 3984, ISSN 1422-0067
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms23073984

Discovery of potent allosteric antibodies inhibiting EGFR

Auteurs: Léxane Fournier, Lukas Pekar, Birgitta Leuthner, Harald Kolmar, Lars Toleikis, Stefan Becker
Publié dans: mAbs, Numéro 16, 2024, Page(s) 2406548, ISSN 1942-0870
Éditeur: Landes Bioscience
DOI: 10.1080/19420862.2024.2406548

The Nicotinic Acetylcholine Receptor and Its Pentameric Homologs: Toward an Allosteric Mechanism of Signal Transduction at the Atomic Level

Auteurs: Marco Cecchini, Pierre-Jean Corringer, Jean-Pierre Changeux
Publié dans: Annual Review of Biochemistry, Numéro 93, 2024, Page(s) 339-366, ISSN 0066-4154
Éditeur: Annual Reviews, Inc.
DOI: 10.1146/annurev-biochem-030122-033116

Electrophilic MiniFrags Revealed Unprecedented Binding Sites for Covalent HDAC8 Inhibitors

Auteurs: Aaron B. Keeley, Aleksandra Kopranovic, Vincenzo Di Lorenzo, Péter Ábrányi-Balogh, Niklas Jänsch, Linh N. Lai, László Petri, Zoltán Orgován, Daniel Pölöske, Anna Orlova, András György Németh, Charlotte Desczyk, Tímea Imre, Dávid Bajusz, Richard Moriggl, Franz-Josef Meyer-Almes, György M. Keserü
Publié dans: Journal of Medicinal Chemistry, Numéro 67, 2024, Page(s) 572-585, ISSN 0022-2623
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jmedchem.3c01779

Evolutionary analyses reveal immune cell receptor GPR84 as a conserved receptor for bacteria-derived molecules

Auteurs: Amadeus Samuel Schulze, Gunnar Kleinau, Rosanna Krakowsky, David Rochmann, Ranajit Das, Catherine L. Worth, Petra Krumbholz, Patrick Scheerer, Claudia Stäubert
Publié dans: iScience, Numéro Volume 25; Numéro 10, 2022, Page(s) 105087, ISSN 2589-0042
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.isci.2022.105087

Aryl fucosides: synthesis and evaluation of their binding affinity towards the DC-SIGN receptor

Auteurs: Rohit Chavan, Maurice Besch, Jonathan Lefèbre, Christoph Rademacher, Petra Ménová
Publié dans: Organic &amp; Biomolecular Chemistry, 2025, ISSN 1477-0520
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d5ob00472a

Glycomimetics for the inhibition and modulation of lectins

Auteurs: Steffen Leusmann, Petra Ménová, Elena Shanin, Alexander Titz, Christoph Rademacher
Publié dans: Chemical Society Reviews, Numéro Volume 52, 2023, Page(s) 3663-3740, ISSN 0306-0012
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d2cs00954d

AI-based identification of therapeutic agents targeting GPCRs: introducing ligand type classifiers and systems biology

Auteurs: Jonas Goßen, Rui Pedro Ribeiro, Dirk Bier, Bernd Neumaier, Paolo Carloni, Alejandro Giorgetti, Giulia Rossetti
Publié dans: Chemical Science, Numéro Volume 14, 2023, Page(s) 8651-8661, ISSN 2041-6520
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d3sc02352d

Exploring Chemical Spaces in the Billion Range: Is Docking a Computational Alternative to DNA-Encoded Libraries?

Auteurs: Levente M. Mihalovits, Tibor V. Szalai, Dávid Bajusz, György M. Keserű
Publié dans: Journal of Chemical Information and Modeling, Numéro 64, 2024, Page(s) 8963-8979, ISSN 1549-9596
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jcim.4c00803

Secondary sites of the C-type lectin-like fold

Auteurs: Jonathan Lefèbre, Torben Falk, Yunzhan Ning, Christoph Rademacher
Publié dans: Chemistry: A European Journal, Numéro Volume 30; Numéro 30, 2024, Page(s) e202400660, ISSN 0947-6539
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/chem.202400660

A Setmelanotide-like Effect at MC4R Is Achieved by MC4R Dimer Separation

Auteurs: Nanina Reininghaus, Sarah Paisdzior, Friederike Höpfner, Sabine Jyrch, Cigdem Cetindag, Patrick Scheerer, Peter Kühnen, Heike Biebermann
Publié dans: Biomolecules, Numéro Volume 12; Numéro 8, 2022, Page(s) 1119, ISSN 2218-273X
Éditeur: MDPI
DOI: 10.3390/biom12081119

Identification of the Allosteric Binding Site for Thiazolopyrimidine on the C-Type Lectin Langerin

Auteurs: Hengxi Zhang, Carlos Modenutti, Yelha Phani Kumar Nekkanti, Maxime Denis, Iris A. Bermejo, Jonathan Lefèbre, Kateryna Che, Dongyoon Kim, Marten Kagelmacher, Dennis Kurzbach, Marc Nazaré, Christoph Rademacher
Publié dans: ACS Chemical Biology, Numéro Volume 17; Numéro 10, 2022, Page(s) 2728–2733, ISSN 1554-8929
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acschembio.2c00626

The orchestrated signaling by PI3Kα and PTEN at the membrane interface

Auteurs: Danai Maria Kotzampasi, Kyriaki Premeti, Alexandra Papafotika, Vasiliki Syropoulou, Savvas Christoforidis, Zoe Cournia, George Leondaritis
Publié dans: Computational and Structural Biotechnology Journal, Numéro Volume 20, 2022, Page(s) 5607-5621, ISSN 2001-0370
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.csbj.2022.10.007

ChemFlow─From 2D Chemical Libraries to Protein–Ligand Binding Free Energies

Auteurs: Diego E. Barreto Gomes, Katia Galentino, Marion Sisquellas, Luca Monari, Cédric Bouysset, Marco Cecchini
Publié dans: Journal of Chemical Information and Modeling, Numéro Volume 63; Numéro 2, 2023, Page(s) 407–411, ISSN 1549-9596
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jcim.2c00919

Angiotensin and Endothelin Receptor Structures With Implications for Signaling Regulation and Pharmacological Targeting

Auteurs: David Speck, Gunnar Kleinau, Michal Szczepek, Dennis Kwiatkowski, Rusan Catar, Aurélie Philippe, Patrick Scheerer
Publié dans: Frontiers in Endocrinology, Numéro Volume 13, 2022, Page(s) 880002, ISSN 1664-2392
Éditeur: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fendo.2022.880002

Enhancing NK cell-mediated tumor killing of B7-H6+ cells with bispecific antibodies targeting allosteric sites of NKp30

Auteurs: Léxane Fournier, Paul Arras, Lukas Pekar, Harald Kolmar, Stefan Zielonka, Lars Toleikis, Stefan Becker
Publié dans: Molecular Therapy: Oncology, Numéro 33, 2024, Page(s) 200917, ISSN 2950-3299
Éditeur: Elsevier Inc.
DOI: 10.1016/j.omton.2024.200917