Allostery in Drug Discovery

Informacje na temat projektu

ALLODD

Identyfikator umowy o grant: 956314

DOI

10.3030/956314

Projekt został zamknięty

Data podpisania przez KE 28 Maja 2021

Data rozpoczęcia 1 Września 2021

Data zakończenia 31 Sierpnia 2025

Finansowanie w ramach

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Koszt całkowity

€ 3 627 680,76

Wkład UE

€ 3 627 680,76

Koordynowany przez

IDRYMA IATROVIOLOGIKON EREUNON AKADEMIAS ATHINON
Greece

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Rezultaty

Other (1)

Supervisory Board and Governing Bodies of ALLODD

Websites, patent fillings, videos etc. (1)

Project Web presence (Website and Social Media)

Web presence Website and Social Media m3

Publikacje

Peer reviewed articles (38)

Computational advances in discovering cryptic pockets for drug discovery

Autorzy: Martijn P. Bemelmans, Zoe Cournia, Kelly L. Damm-Ganamet, Francesco L. Gervasio, Vineet Pande
Opublikowane w: Current Opinion in Structural Biology, Numer 90, 2025, Strona(/y) 102975, ISSN 0959-440X
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.sbi.2024.102975

Towards design of drugs and delivery systems with the Martini coarse-grained model

Autorzy: Lisbeth R. Kjølbye, Gilberto P. Pereira, Alessio Bartocci, Martina Pannuzzo, Simone Albani, Alessandro Marchetto, Brian Jiménez-García, Juliette Martin, Giulia Rossetti, Marco Cecchini, Sangwook Wu, Luca Monticelli, Paulo C. T. Souza
Opublikowane w: QRB Discovery, Numer 3, 2022, Strona(/y) e19, ISSN 2633-2892
Wydawca: Cambridge University Press
DOI: 10.1017/qrd.2022.16

Comparative Study of Allosteric GPCR Binding Sites and Their Ligandability Potential

Autorzy: Sonja Peter, Lydia Siragusa, Morgan Thomas, Tommaso Palomba, Simon Cross, Noel M. O’Boyle, Dávid Bajusz, György G. Ferenczy, György M. Keserű, Giovanni Bottegoni, Brian Bender, Ijen Chen, Chris De Graaf
Opublikowane w: Journal of Chemical Information and Modeling, Numer 64, 2024, Strona(/y) 8176-8192, ISSN 1549-9596
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jcim.4c00819

Functional modulation of PTH1R activation and signalling by RAMP2

Autorzy: Katarina Nemec, Hannes Schihada, Gunnar Kleinau, Ulrike Zabel, Eugene O. Grushevskyi, Patrick Scheerer, Martin J. Lohse, Isabella Maiellaro
Opublikowane w: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, Numer Volume 119; Numer 32, 2022, Strona(/y) e2122037119, ISSN 0027-8424
Wydawca: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2122037119

Syntheses of differentially fluorinated triazole-based 1-deoxysphingosine analogues <i>en route</i> to SphK inhibitors

Autorzy: Adrià Cardona, Varbina Ivanova, Raúl Beltrán-Debón, Xavier Barril, Sergio Castillón, Yolanda Díaz, M. Isabel Matheu
Opublikowane w: Organic &amp; Biomolecular Chemistry, 2024, ISSN 1477-0520
Wydawca: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d4ob01656d

Alchemical Free Energy Calculations on Membrane-Associated Proteins

Autorzy: Michail Papadourakis, Hryhory Sinenka, Pierre Matricon, Jérôme Hénin, Grace Brannigan, Laura Pérez-Benito, Vineet Pande, Herman van Vlijmen, Chris de Graaf, Francesca Deflorian, Gary Tresadern, Marco Cecchini, Zoe Cournia
Opublikowane w: Journal of Chemical Theory and Computation, Numer Volume 19; Numer 21, 2023, Strona(/y) 7437–7458, ISSN 1549-9618
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.3c00365

Mechanisms of thyrotropin receptor–mediated phenotype variability deciphered by gene mutations and M453T-knockin model

Autorzy: Kristiina Makkonen, Meeri Jännäri, Luís Crisóstomo, Matilda Kuusi, Konrad Patyra, Vladyslav Melnyk, Veli Linnossuo, Johanna Ojala, Rowmika Ravi, Christoffer Löf, Juho-Antti Mäkelä, Päivi Miettinen, Saila Laakso, Marja Ojaniemi, Jarmo Jääskeläinen, Markku Laakso, Filip Bossowski, Beata Sawicka, Karolina Stożek, Artur Bossowski, Gunnar Kleinau, Patrick Scheerer, null FinnGen, Mary Pat Re
Opublikowane w: JCI Insight, Numer 9, 2024, Strona(/y) e167092, ISSN 2379-3708
Wydawca: American Society for Clinical of Investigation
DOI: 10.1172/jci.insight.167092

Machine learning approaches in predicting allosteric sites

Autorzy: Francho Nerín-Fonz, Zoe Cournia
Opublikowane w: Current Opinion in Structural Biology, Numer Volume 85, 2024, Strona(/y) 102774, ISSN 0959-440X
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.sbi.2024.102774

Mechanistic insights into G-protein coupling with an agonist-bound G-protein-coupled receptor

Autorzy: Hossein Batebi, Guillermo Pérez-Hernández, Sabrina N. Rahman, Baoliang Lan, Antje Kamprad, Mingyu Shi, David Speck, Johanna K. S. Tiemann, Ramon Guixà-González, Franziska Reinhardt, Peter F. Stadler, Makaía M. Papasergi-Scott, Georgios Skiniotis, Patrick Scheerer, Brian K. Kobilka, Jesper M. Mathiesen, Xiangyu Liu, Peter W. Hildebrand
Opublikowane w: Nature Structural &amp; Molecular Biology, Numer 31, 2024, Strona(/y) 1692-1701, ISSN 1545-9993
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-024-01334-2

ChemFlow_py: a flexible toolkit for docking and rescoring

Autorzy: Luca Monari, Katia Galentino, Marco Cecchini
Opublikowane w: Journal of Computer-Aided Molecular Design, Numer 37, 2023, Strona(/y) 565-572, ISSN 0920-654X
Wydawca: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s10822-023-00527-z

Is the Neuropeptide PEN a Ligand of GPR83?

Autorzy: Yvonne Giesecke, Vahid Asimi, Valentina Stulberg, Gunnar Kleinau, Patrick Scheerer, Beate Koksch, Carsten Grötzinger
Opublikowane w: International Journal of Molecular Sciences, Numer Volume 24; Numer 20, 2023, Strona(/y) 15117, ISSN 1422-0067
Wydawca: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms242015117

A millisecond coarse-grained simulation approach to decipher allosteric cannabinoid binding at the glycine receptor α1

Autorzy: Alessio Bartocci, Andrea Grazzi, Nour Awad, Pierre-Jean Corringer, Paulo C. T. Souza, Marco Cecchini
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 15, 2024, Strona(/y) 9040, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-53098-4

Allosteric antibodies: a novel paradigm in drug discovery

Autorzy: Léxane Fournier, Enrico Guarnera, Harald Kolmar, Stefan Becker
Opublikowane w: Trends in Pharmacological Sciences, 2024, ISSN 0165-6147
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tips.2024.10.007

The role of G protein‐coupled receptors and their ligands in animal domestication

Autorzy: Gunnar Kleinau, Bice Chini, Leif Andersson, Patrick Scheerer
Opublikowane w: Animal Genetics, Numer 55, 2024, Strona(/y) 893-906, ISSN 0268-9146
Wydawca: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/age.13476

Intramolecular activity regulation of adhesion GPCRs in light of recent structural and evolutionary information

Autorzy: Gunnar Kleinau, Amal Hassan Ali, Franziska Wiechert, Michal Szczepek, Andrea Schmidt, Christian M.T. Spahn, Ines Liebscher, Torsten Schöneberg, Patrick Scheerer
Opublikowane w: Pharmacological Research, Numer Volume 197, 2023, Strona(/y) 106971, ISSN 1043-6618
Wydawca: Academic Press
DOI: 10.1016/j.phrs.2023.106971

Effect of Water Networks On Ligand Binding: Computational Predictions vs Experiments

Autorzy: Tibor Viktor Szalai, Dávid Bajusz, Rita Börzsei, Balázs Zoltán Zsidó, Janez Ilaš, György G. Ferenczy, Csaba Hetényi, György M. Keserű
Opublikowane w: Journal of Chemical Information and Modeling, Numer 64, 2024, Strona(/y) 8980-8998, ISSN 1549-9596
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jcim.4c01291

SH2db, an information system for the SH2 domain

Autorzy: Dávid Bajusz, Gáspár Pándy-Szekeres, Ágnes Takács, Elvin D de Araujo, György M Keserű
Opublikowane w: Nucleic Acids Research, Numer Volume 51; Numer W1, 2023, Strona(/y) W542–W552, ISSN 0305-1048
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkad420

Evaluation of Pharmacological Rescue of Melanocortin-4 Receptor Nonsense Mutations by Aminoglycoside

Autorzy: Friederike Höpfner, Sarah Paisdzior, Nanina Reininghaus, Iqra Sohail, Patrick Scheerer, Paolo Annibale, Heike Biebermann, Peter Kühnen
Opublikowane w: Life, Numer Volume 12; Numer 11, 2022, Strona(/y) 1793, ISSN 2075-1729
Wydawca: MDPI
DOI: 10.3390/life12111793

Fucosyl glycosides for DC-SIGN targeting: Fucosylation strategies, synthesis and binding studies of model compounds

Autorzy: Rohit Chavan, Jonathan Lefèbre, Kateřina Jochová, Hana Dvořáková, Christoph Rademacher, Petra Ménová
Opublikowane w: Bioorganic &amp; Medicinal Chemistry, Numer 123, 2025, Strona(/y) 118164, ISSN 0968-0896
Wydawca: Pergamon Press Ltd.
DOI: 10.1016/j.bmc.2025.118164

Structural Basis for Highly Selective Class II Alpha Phosphoinositide-3-Kinase Inhibition

Autorzy: Murat Kücükdisli, Hassen Bel-Abed, Davide Cirillo, Wen-Ting Lo, Nina-Louisa Efrém, André Horatscheck, Liudmila Perepelittchenko, Polina Prokofeva, Theresa A. L. Ehret, Silke Radetzki, Martin Neuenschwander, Edgar Specker, Guillaume Médard, Susanne Müller, Stephanie Wilhelm, Bernhard Kuster, Jens Peter von Kries, Volker Haucke, Marc Nazaré
Opublikowane w: Journal of Medicinal Chemistry, Numer Volume 66; Numer 20, 2023, Strona(/y) 14278-14302, ISSN 0022-2623
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jmedchem.3c01319

A platform for the early selection of non-competitive antibody-fragments from yeast surface display libraries

Autorzy: Léxane Fournier, Deniz Demir, Desislava Elter, Lukas Pekar, Harald Kolmar, Lars Toleikis, Stefan Becker
Opublikowane w: Biological Chemistry, 2024, ISSN 1431-6730
Wydawca: Walter de Gruyter GmbH & Co. KG
DOI: 10.1515/hsz-2024-0102

Mapping protein binding sites by photoreactive fragment pharmacophores

Autorzy: Péter Ábrányi-Balogh, Dávid Bajusz, Zoltán Orgován, Aaron B. Keeley, László Petri, Nikolett Péczka, Tibor Viktor Szalai, Gyula Pálfy, Márton Gadanecz, Emma K. Grant, Tímea Imre, Tamás Takács, Ivan Ranđelović, Marcell Baranyi, András Marton, Gitta Schlosser, Qirat F. Ashraf, Elvin D. de Araujo, Tamás Karancsi, László Buday, József Tóvári, András Perczel, Jacob T. Bush, Györ
Opublikowane w: Communications Chemistry, Numer 7, 2024, Strona(/y) 168, ISSN 2399-3669
Wydawca: Macmillan Publishers Ltd part of Springer Nature
DOI: 10.1038/s42004-024-01252-w

Structure of the actively translating plant 80S ribosome at 2.2 Å resolution

Autorzy: Julia Smirnova, Justus Loerke, Gunnar Kleinau, Andrea Schmidt, Jörg Bürger, Etienne H. Meyer, Thorsten Mielke, Patrick Scheerer, Ralph Bock, Christian M. T. Spahn, Reimo Zoschke
Opublikowane w: Nature Plants, Numer Volume 9, 2023, Strona(/y) 987–1000, ISSN 2055-0278
Wydawca: Nature Portfolio
DOI: 10.1038/s41477-023-01407-y

Molecular Effects of Auto-Antibodies on Angiotensin II Type 1 Receptor Signaling and Cell Proliferation

Autorzy: Aurélie Philippe, Gunnar Kleinau, Jason Jannis Gruner, Sumin Wu, Daniel Postpieszala, David Speck, Harald Heidecke, Simon J. Dowell, Gabriela Riemekasten, Peter W. Hildebrand, Julian Kamhieh-Milz, Rusan Catar, Michal Szczepek, Duska Dragun, Patrick Scheerer
Opublikowane w: International Journal of Molecular Sciences, Numer Volume 23; Numer 7, 2022, Strona(/y) 3984, ISSN 1422-0067
Wydawca: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms23073984

Discovery of potent allosteric antibodies inhibiting EGFR

Autorzy: Léxane Fournier, Lukas Pekar, Birgitta Leuthner, Harald Kolmar, Lars Toleikis, Stefan Becker
Opublikowane w: mAbs, Numer 16, 2024, Strona(/y) 2406548, ISSN 1942-0870
Wydawca: Landes Bioscience
DOI: 10.1080/19420862.2024.2406548

Electrophilic MiniFrags Revealed Unprecedented Binding Sites for Covalent HDAC8 Inhibitors

Autorzy: Aaron B. Keeley, Aleksandra Kopranovic, Vincenzo Di Lorenzo, Péter Ábrányi-Balogh, Niklas Jänsch, Linh N. Lai, László Petri, Zoltán Orgován, Daniel Pölöske, Anna Orlova, András György Németh, Charlotte Desczyk, Tímea Imre, Dávid Bajusz, Richard Moriggl, Franz-Josef Meyer-Almes, György M. Keserü
Opublikowane w: Journal of Medicinal Chemistry, Numer 67, 2024, Strona(/y) 572-585, ISSN 0022-2623
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jmedchem.3c01779

Evolutionary analyses reveal immune cell receptor GPR84 as a conserved receptor for bacteria-derived molecules

Autorzy: Amadeus Samuel Schulze, Gunnar Kleinau, Rosanna Krakowsky, David Rochmann, Ranajit Das, Catherine L. Worth, Petra Krumbholz, Patrick Scheerer, Claudia Stäubert
Opublikowane w: iScience, Numer Volume 25; Numer 10, 2022, Strona(/y) 105087, ISSN 2589-0042
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.isci.2022.105087

Aryl fucosides: synthesis and evaluation of their binding affinity towards the DC-SIGN receptor

Autorzy: Rohit Chavan, Maurice Besch, Jonathan Lefèbre, Christoph Rademacher, Petra Ménová
Opublikowane w: Organic &amp; Biomolecular Chemistry, 2025, ISSN 1477-0520
Wydawca: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d5ob00472a

Glycomimetics for the inhibition and modulation of lectins

Autorzy: Steffen Leusmann, Petra Ménová, Elena Shanin, Alexander Titz, Christoph Rademacher
Opublikowane w: Chemical Society Reviews, Numer Volume 52, 2023, Strona(/y) 3663-3740, ISSN 0306-0012
Wydawca: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d2cs00954d

AI-based identification of therapeutic agents targeting GPCRs: introducing ligand type classifiers and systems biology

Autorzy: Jonas Goßen, Rui Pedro Ribeiro, Dirk Bier, Bernd Neumaier, Paolo Carloni, Alejandro Giorgetti, Giulia Rossetti
Opublikowane w: Chemical Science, Numer Volume 14, 2023, Strona(/y) 8651-8661, ISSN 2041-6520
Wydawca: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d3sc02352d

Exploring Chemical Spaces in the Billion Range: Is Docking a Computational Alternative to DNA-Encoded Libraries?

Autorzy: Levente M. Mihalovits, Tibor V. Szalai, Dávid Bajusz, György M. Keserű
Opublikowane w: Journal of Chemical Information and Modeling, Numer 64, 2024, Strona(/y) 8963-8979, ISSN 1549-9596
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jcim.4c00803

Secondary sites of the C-type lectin-like fold

Autorzy: Jonathan Lefèbre, Torben Falk, Yunzhan Ning, Christoph Rademacher
Opublikowane w: Chemistry: A European Journal, Numer Volume 30; Numer 30, 2024, Strona(/y) e202400660, ISSN 0947-6539
Wydawca: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/chem.202400660

A Setmelanotide-like Effect at MC4R Is Achieved by MC4R Dimer Separation

Autorzy: Nanina Reininghaus, Sarah Paisdzior, Friederike Höpfner, Sabine Jyrch, Cigdem Cetindag, Patrick Scheerer, Peter Kühnen, Heike Biebermann
Opublikowane w: Biomolecules, Numer Volume 12; Numer 8, 2022, Strona(/y) 1119, ISSN 2218-273X
Wydawca: MDPI
DOI: 10.3390/biom12081119

Identification of the Allosteric Binding Site for Thiazolopyrimidine on the C-Type Lectin Langerin

Autorzy: Hengxi Zhang, Carlos Modenutti, Yelha Phani Kumar Nekkanti, Maxime Denis, Iris A. Bermejo, Jonathan Lefèbre, Kateryna Che, Dongyoon Kim, Marten Kagelmacher, Dennis Kurzbach, Marc Nazaré, Christoph Rademacher
Opublikowane w: ACS Chemical Biology, Numer Volume 17; Numer 10, 2022, Strona(/y) 2728–2733, ISSN 1554-8929
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acschembio.2c00626

The orchestrated signaling by PI3Kα and PTEN at the membrane interface

Autorzy: Danai Maria Kotzampasi, Kyriaki Premeti, Alexandra Papafotika, Vasiliki Syropoulou, Savvas Christoforidis, Zoe Cournia, George Leondaritis
Opublikowane w: Computational and Structural Biotechnology Journal, Numer Volume 20, 2022, Strona(/y) 5607-5621, ISSN 2001-0370
Wydawca: Elsevier
DOI: 10.1016/j.csbj.2022.10.007

ChemFlow─From 2D Chemical Libraries to Protein–Ligand Binding Free Energies

Autorzy: Diego E. Barreto Gomes, Katia Galentino, Marion Sisquellas, Luca Monari, Cédric Bouysset, Marco Cecchini
Opublikowane w: Journal of Chemical Information and Modeling, Numer Volume 63; Numer 2, 2023, Strona(/y) 407–411, ISSN 1549-9596
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jcim.2c00919

Angiotensin and Endothelin Receptor Structures With Implications for Signaling Regulation and Pharmacological Targeting

Autorzy: David Speck, Gunnar Kleinau, Michal Szczepek, Dennis Kwiatkowski, Rusan Catar, Aurélie Philippe, Patrick Scheerer
Opublikowane w: Frontiers in Endocrinology, Numer Volume 13, 2022, Strona(/y) 880002, ISSN 1664-2392
Wydawca: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fendo.2022.880002

Enhancing NK cell-mediated tumor killing of B7-H6+ cells with bispecific antibodies targeting allosteric sites of NKp30

Autorzy: Léxane Fournier, Paul Arras, Lukas Pekar, Harald Kolmar, Stefan Zielonka, Lars Toleikis, Stefan Becker
Opublikowane w: Molecular Therapy: Oncology, Numer 33, 2024, Strona(/y) 200917, ISSN 2950-3299
Wydawca: Elsevier Inc.
DOI: 10.1016/j.omton.2024.200917