Allostery in Drug Discovery

Información del proyecto

ALLODD

Identificador del acuerdo de subvención: 956314

DOI

10.3030/956314

Proyecto cerrado

Fecha de la firma de la CE 28 Mayo 2021

Fecha de inicio 1 Septiembre 2021

Fecha de finalización 31 Agosto 2025

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Coste total

€ 3 627 680,76

Aportación de la UE

€ 3 627 680,76

Coordinado por

IDRYMA IATROVIOLOGIKON EREUNON AKADEMIAS ATHINON
Greece

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Resultado final

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Publicaciones

Peer reviewed articles (40)

Computational advances in discovering cryptic pockets for drug discovery

Autores: Martijn P. Bemelmans, Zoe Cournia, Kelly L. Damm-Ganamet, Francesco L. Gervasio, Vineet Pande
Publicado en: Current Opinion in Structural Biology, Edición 90, 2025, Página(s) 102975, ISSN 0959-440X
Editor: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.sbi.2024.102975

Towards design of drugs and delivery systems with the Martini coarse-grained model

Autores: Lisbeth R. Kjølbye, Gilberto P. Pereira, Alessio Bartocci, Martina Pannuzzo, Simone Albani, Alessandro Marchetto, Brian Jiménez-García, Juliette Martin, Giulia Rossetti, Marco Cecchini, Sangwook Wu, Luca Monticelli, Paulo C. T. Souza
Publicado en: QRB Discovery, Edición 3, 2022, Página(s) e19, ISSN 2633-2892
Editor: Cambridge University Press
DOI: 10.1017/qrd.2022.16

Comparative Study of Allosteric GPCR Binding Sites and Their Ligandability Potential

Autores: Sonja Peter, Lydia Siragusa, Morgan Thomas, Tommaso Palomba, Simon Cross, Noel M. O’Boyle, Dávid Bajusz, György G. Ferenczy, György M. Keserű, Giovanni Bottegoni, Brian Bender, Ijen Chen, Chris De Graaf
Publicado en: Journal of Chemical Information and Modeling, Edición 64, 2024, Página(s) 8176-8192, ISSN 1549-9596
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jcim.4c00819

Functional modulation of PTH1R activation and signalling by RAMP2

Autores: Katarina Nemec, Hannes Schihada, Gunnar Kleinau, Ulrike Zabel, Eugene O. Grushevskyi, Patrick Scheerer, Martin J. Lohse, Isabella Maiellaro
Publicado en: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, Edición Volume 119; Edición 32, 2022, Página(s) e2122037119, ISSN 0027-8424
Editor: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2122037119

Syntheses of differentially fluorinated triazole-based 1-deoxysphingosine analogues <i>en route</i> to SphK inhibitors

Autores: Adrià Cardona, Varbina Ivanova, Raúl Beltrán-Debón, Xavier Barril, Sergio Castillón, Yolanda Díaz, M. Isabel Matheu
Publicado en: Organic &amp; Biomolecular Chemistry, 2024, ISSN 1477-0520
Editor: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d4ob01656d

Alchemical Free Energy Calculations on Membrane-Associated Proteins

Autores: Michail Papadourakis, Hryhory Sinenka, Pierre Matricon, Jérôme Hénin, Grace Brannigan, Laura Pérez-Benito, Vineet Pande, Herman van Vlijmen, Chris de Graaf, Francesca Deflorian, Gary Tresadern, Marco Cecchini, Zoe Cournia
Publicado en: Journal of Chemical Theory and Computation, Edición Volume 19; Edición 21, 2023, Página(s) 7437–7458, ISSN 1549-9618
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.3c00365

Mechanisms of thyrotropin receptor–mediated phenotype variability deciphered by gene mutations and M453T-knockin model

Autores: Kristiina Makkonen, Meeri Jännäri, Luís Crisóstomo, Matilda Kuusi, Konrad Patyra, Vladyslav Melnyk, Veli Linnossuo, Johanna Ojala, Rowmika Ravi, Christoffer Löf, Juho-Antti Mäkelä, Päivi Miettinen, Saila Laakso, Marja Ojaniemi, Jarmo Jääskeläinen, Markku Laakso, Filip Bossowski, Beata Sawicka, Karolina Stożek, Artur Bossowski, Gunnar Kleinau, Patrick Scheerer, null FinnGen, Mary Pat Re
Publicado en: JCI Insight, Edición 9, 2024, Página(s) e167092, ISSN 2379-3708
Editor: American Society for Clinical of Investigation
DOI: 10.1172/jci.insight.167092

Machine learning approaches in predicting allosteric sites

Autores: Francho Nerín-Fonz, Zoe Cournia
Publicado en: Current Opinion in Structural Biology, Edición Volume 85, 2024, Página(s) 102774, ISSN 0959-440X
Editor: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.sbi.2024.102774

Mechanistic insights into G-protein coupling with an agonist-bound G-protein-coupled receptor

Autores: Hossein Batebi, Guillermo Pérez-Hernández, Sabrina N. Rahman, Baoliang Lan, Antje Kamprad, Mingyu Shi, David Speck, Johanna K. S. Tiemann, Ramon Guixà-González, Franziska Reinhardt, Peter F. Stadler, Makaía M. Papasergi-Scott, Georgios Skiniotis, Patrick Scheerer, Brian K. Kobilka, Jesper M. Mathiesen, Xiangyu Liu, Peter W. Hildebrand
Publicado en: Nature Structural &amp; Molecular Biology, Edición 31, 2024, Página(s) 1692-1701, ISSN 1545-9993
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-024-01334-2

ChemFlow_py: a flexible toolkit for docking and rescoring

Autores: Luca Monari, Katia Galentino, Marco Cecchini
Publicado en: Journal of Computer-Aided Molecular Design, Edición 37, 2023, Página(s) 565-572, ISSN 0920-654X
Editor: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s10822-023-00527-z

Is the Neuropeptide PEN a Ligand of GPR83?

Autores: Yvonne Giesecke, Vahid Asimi, Valentina Stulberg, Gunnar Kleinau, Patrick Scheerer, Beate Koksch, Carsten Grötzinger
Publicado en: International Journal of Molecular Sciences, Edición Volume 24; Edición 20, 2023, Página(s) 15117, ISSN 1422-0067
Editor: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms242015117

A millisecond coarse-grained simulation approach to decipher allosteric cannabinoid binding at the glycine receptor α1

Autores: Alessio Bartocci, Andrea Grazzi, Nour Awad, Pierre-Jean Corringer, Paulo C. T. Souza, Marco Cecchini
Publicado en: Nature Communications, Edición 15, 2024, Página(s) 9040, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-53098-4

Allosteric antibodies: a novel paradigm in drug discovery

Autores: Léxane Fournier, Enrico Guarnera, Harald Kolmar, Stefan Becker
Publicado en: Trends in Pharmacological Sciences, 2024, ISSN 0165-6147
Editor: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tips.2024.10.007

The role of G protein‐coupled receptors and their ligands in animal domestication

Autores: Gunnar Kleinau, Bice Chini, Leif Andersson, Patrick Scheerer
Publicado en: Animal Genetics, Edición 55, 2024, Página(s) 893-906, ISSN 0268-9146
Editor: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/age.13476

Intramolecular activity regulation of adhesion GPCRs in light of recent structural and evolutionary information

Autores: Gunnar Kleinau, Amal Hassan Ali, Franziska Wiechert, Michal Szczepek, Andrea Schmidt, Christian M.T. Spahn, Ines Liebscher, Torsten Schöneberg, Patrick Scheerer
Publicado en: Pharmacological Research, Edición Volume 197, 2023, Página(s) 106971, ISSN 1043-6618
Editor: Academic Press
DOI: 10.1016/j.phrs.2023.106971

Effect of Water Networks On Ligand Binding: Computational Predictions vs Experiments

Autores: Tibor Viktor Szalai, Dávid Bajusz, Rita Börzsei, Balázs Zoltán Zsidó, Janez Ilaš, György G. Ferenczy, Csaba Hetényi, György M. Keserű
Publicado en: Journal of Chemical Information and Modeling, Edición 64, 2024, Página(s) 8980-8998, ISSN 1549-9596
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jcim.4c01291

SH2db, an information system for the SH2 domain

Autores: Dávid Bajusz, Gáspár Pándy-Szekeres, Ágnes Takács, Elvin D de Araujo, György M Keserű
Publicado en: Nucleic Acids Research, Edición Volume 51; Edición W1, 2023, Página(s) W542–W552, ISSN 0305-1048
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkad420

Evaluation of Pharmacological Rescue of Melanocortin-4 Receptor Nonsense Mutations by Aminoglycoside

Autores: Friederike Höpfner, Sarah Paisdzior, Nanina Reininghaus, Iqra Sohail, Patrick Scheerer, Paolo Annibale, Heike Biebermann, Peter Kühnen
Publicado en: Life, Edición Volume 12; Edición 11, 2022, Página(s) 1793, ISSN 2075-1729
Editor: MDPI
DOI: 10.3390/life12111793

Fucosyl glycosides for DC-SIGN targeting: Fucosylation strategies, synthesis and binding studies of model compounds

Autores: Rohit Chavan, Jonathan Lefèbre, Kateřina Jochová, Hana Dvořáková, Christoph Rademacher, Petra Ménová
Publicado en: Bioorganic &amp; Medicinal Chemistry, Edición 123, 2025, Página(s) 118164, ISSN 0968-0896
Editor: Pergamon Press Ltd.
DOI: 10.1016/j.bmc.2025.118164

Structural Basis for Highly Selective Class II Alpha Phosphoinositide-3-Kinase Inhibition

Autores: Murat Kücükdisli, Hassen Bel-Abed, Davide Cirillo, Wen-Ting Lo, Nina-Louisa Efrém, André Horatscheck, Liudmila Perepelittchenko, Polina Prokofeva, Theresa A. L. Ehret, Silke Radetzki, Martin Neuenschwander, Edgar Specker, Guillaume Médard, Susanne Müller, Stephanie Wilhelm, Bernhard Kuster, Jens Peter von Kries, Volker Haucke, Marc Nazaré
Publicado en: Journal of Medicinal Chemistry, Edición Volume 66; Edición 20, 2023, Página(s) 14278-14302, ISSN 0022-2623
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jmedchem.3c01319

A platform for the early selection of non-competitive antibody-fragments from yeast surface display libraries

Autores: Léxane Fournier, Deniz Demir, Desislava Elter, Lukas Pekar, Harald Kolmar, Lars Toleikis, Stefan Becker
Publicado en: Biological Chemistry, 2024, ISSN 1431-6730
Editor: Walter de Gruyter GmbH & Co. KG
DOI: 10.1515/hsz-2024-0102

Beyond the known cuts: trypsin specificity in native proteins

Autores: Marcelo Gaspar, Bohdana Sokolova, Amir Ata Saei, José C. Marques, Roman A. Zubarev
Publicado en: Chemical Communications, Edición 61, 2025, Página(s) 12753-12756, ISSN 1359-7345
Editor: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d5cc02378e

Mapping protein binding sites by photoreactive fragment pharmacophores

Autores: Péter Ábrányi-Balogh, Dávid Bajusz, Zoltán Orgován, Aaron B. Keeley, László Petri, Nikolett Péczka, Tibor Viktor Szalai, Gyula Pálfy, Márton Gadanecz, Emma K. Grant, Tímea Imre, Tamás Takács, Ivan Ranđelović, Marcell Baranyi, András Marton, Gitta Schlosser, Qirat F. Ashraf, Elvin D. de Araujo, Tamás Karancsi, László Buday, József Tóvári, András Perczel, Jacob T. Bush, Györ
Publicado en: Communications Chemistry, Edición 7, 2024, Página(s) 168, ISSN 2399-3669
Editor: Macmillan Publishers Ltd part of Springer Nature
DOI: 10.1038/s42004-024-01252-w

Structure of the actively translating plant 80S ribosome at 2.2 Å resolution

Autores: Julia Smirnova, Justus Loerke, Gunnar Kleinau, Andrea Schmidt, Jörg Bürger, Etienne H. Meyer, Thorsten Mielke, Patrick Scheerer, Ralph Bock, Christian M. T. Spahn, Reimo Zoschke
Publicado en: Nature Plants, Edición Volume 9, 2023, Página(s) 987–1000, ISSN 2055-0278
Editor: Nature Portfolio
DOI: 10.1038/s41477-023-01407-y

Molecular Effects of Auto-Antibodies on Angiotensin II Type 1 Receptor Signaling and Cell Proliferation

Autores: Aurélie Philippe, Gunnar Kleinau, Jason Jannis Gruner, Sumin Wu, Daniel Postpieszala, David Speck, Harald Heidecke, Simon J. Dowell, Gabriela Riemekasten, Peter W. Hildebrand, Julian Kamhieh-Milz, Rusan Catar, Michal Szczepek, Duska Dragun, Patrick Scheerer
Publicado en: International Journal of Molecular Sciences, Edición Volume 23; Edición 7, 2022, Página(s) 3984, ISSN 1422-0067
Editor: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms23073984

Discovery of potent allosteric antibodies inhibiting EGFR

Autores: Léxane Fournier, Lukas Pekar, Birgitta Leuthner, Harald Kolmar, Lars Toleikis, Stefan Becker
Publicado en: mAbs, Edición 16, 2024, Página(s) 2406548, ISSN 1942-0870
Editor: Landes Bioscience
DOI: 10.1080/19420862.2024.2406548

The Nicotinic Acetylcholine Receptor and Its Pentameric Homologs: Toward an Allosteric Mechanism of Signal Transduction at the Atomic Level

Autores: Marco Cecchini, Pierre-Jean Corringer, Jean-Pierre Changeux
Publicado en: Annual Review of Biochemistry, Edición 93, 2024, Página(s) 339-366, ISSN 0066-4154
Editor: Annual Reviews, Inc.
DOI: 10.1146/annurev-biochem-030122-033116

Electrophilic MiniFrags Revealed Unprecedented Binding Sites for Covalent HDAC8 Inhibitors

Autores: Aaron B. Keeley, Aleksandra Kopranovic, Vincenzo Di Lorenzo, Péter Ábrányi-Balogh, Niklas Jänsch, Linh N. Lai, László Petri, Zoltán Orgován, Daniel Pölöske, Anna Orlova, András György Németh, Charlotte Desczyk, Tímea Imre, Dávid Bajusz, Richard Moriggl, Franz-Josef Meyer-Almes, György M. Keserü
Publicado en: Journal of Medicinal Chemistry, Edición 67, 2024, Página(s) 572-585, ISSN 0022-2623
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jmedchem.3c01779

Evolutionary analyses reveal immune cell receptor GPR84 as a conserved receptor for bacteria-derived molecules

Autores: Amadeus Samuel Schulze, Gunnar Kleinau, Rosanna Krakowsky, David Rochmann, Ranajit Das, Catherine L. Worth, Petra Krumbholz, Patrick Scheerer, Claudia Stäubert
Publicado en: iScience, Edición Volume 25; Edición 10, 2022, Página(s) 105087, ISSN 2589-0042
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.isci.2022.105087

Aryl fucosides: synthesis and evaluation of their binding affinity towards the DC-SIGN receptor

Autores: Rohit Chavan, Maurice Besch, Jonathan Lefèbre, Christoph Rademacher, Petra Ménová
Publicado en: Organic &amp; Biomolecular Chemistry, 2025, ISSN 1477-0520
Editor: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d5ob00472a

Glycomimetics for the inhibition and modulation of lectins

Autores: Steffen Leusmann, Petra Ménová, Elena Shanin, Alexander Titz, Christoph Rademacher
Publicado en: Chemical Society Reviews, Edición Volume 52, 2023, Página(s) 3663-3740, ISSN 0306-0012
Editor: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d2cs00954d

AI-based identification of therapeutic agents targeting GPCRs: introducing ligand type classifiers and systems biology

Autores: Jonas Goßen, Rui Pedro Ribeiro, Dirk Bier, Bernd Neumaier, Paolo Carloni, Alejandro Giorgetti, Giulia Rossetti
Publicado en: Chemical Science, Edición Volume 14, 2023, Página(s) 8651-8661, ISSN 2041-6520
Editor: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d3sc02352d

Exploring Chemical Spaces in the Billion Range: Is Docking a Computational Alternative to DNA-Encoded Libraries?

Autores: Levente M. Mihalovits, Tibor V. Szalai, Dávid Bajusz, György M. Keserű
Publicado en: Journal of Chemical Information and Modeling, Edición 64, 2024, Página(s) 8963-8979, ISSN 1549-9596
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jcim.4c00803

Secondary sites of the C-type lectin-like fold

Autores: Jonathan Lefèbre, Torben Falk, Yunzhan Ning, Christoph Rademacher
Publicado en: Chemistry: A European Journal, Edición Volume 30; Edición 30, 2024, Página(s) e202400660, ISSN 0947-6539
Editor: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/chem.202400660

A Setmelanotide-like Effect at MC4R Is Achieved by MC4R Dimer Separation

Autores: Nanina Reininghaus, Sarah Paisdzior, Friederike Höpfner, Sabine Jyrch, Cigdem Cetindag, Patrick Scheerer, Peter Kühnen, Heike Biebermann
Publicado en: Biomolecules, Edición Volume 12; Edición 8, 2022, Página(s) 1119, ISSN 2218-273X
Editor: MDPI
DOI: 10.3390/biom12081119

Identification of the Allosteric Binding Site for Thiazolopyrimidine on the C-Type Lectin Langerin

Autores: Hengxi Zhang, Carlos Modenutti, Yelha Phani Kumar Nekkanti, Maxime Denis, Iris A. Bermejo, Jonathan Lefèbre, Kateryna Che, Dongyoon Kim, Marten Kagelmacher, Dennis Kurzbach, Marc Nazaré, Christoph Rademacher
Publicado en: ACS Chemical Biology, Edición Volume 17; Edición 10, 2022, Página(s) 2728–2733, ISSN 1554-8929
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acschembio.2c00626

The orchestrated signaling by PI3Kα and PTEN at the membrane interface

Autores: Danai Maria Kotzampasi, Kyriaki Premeti, Alexandra Papafotika, Vasiliki Syropoulou, Savvas Christoforidis, Zoe Cournia, George Leondaritis
Publicado en: Computational and Structural Biotechnology Journal, Edición Volume 20, 2022, Página(s) 5607-5621, ISSN 2001-0370
Editor: Elsevier
DOI: 10.1016/j.csbj.2022.10.007

ChemFlow─From 2D Chemical Libraries to Protein–Ligand Binding Free Energies

Autores: Diego E. Barreto Gomes, Katia Galentino, Marion Sisquellas, Luca Monari, Cédric Bouysset, Marco Cecchini
Publicado en: Journal of Chemical Information and Modeling, Edición Volume 63; Edición 2, 2023, Página(s) 407–411, ISSN 1549-9596
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jcim.2c00919

Angiotensin and Endothelin Receptor Structures With Implications for Signaling Regulation and Pharmacological Targeting

Autores: David Speck, Gunnar Kleinau, Michal Szczepek, Dennis Kwiatkowski, Rusan Catar, Aurélie Philippe, Patrick Scheerer
Publicado en: Frontiers in Endocrinology, Edición Volume 13, 2022, Página(s) 880002, ISSN 1664-2392
Editor: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fendo.2022.880002

Enhancing NK cell-mediated tumor killing of B7-H6+ cells with bispecific antibodies targeting allosteric sites of NKp30

Autores: Léxane Fournier, Paul Arras, Lukas Pekar, Harald Kolmar, Stefan Zielonka, Lars Toleikis, Stefan Becker
Publicado en: Molecular Therapy: Oncology, Edición 33, 2024, Página(s) 200917, ISSN 2950-3299
Editor: Elsevier Inc.
DOI: 10.1016/j.omton.2024.200917