Allostery in Drug Discovery

Projektinformationen

ALLODD

ID Finanzhilfevereinbarung: 956314

DOI

10.3030/956314

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 28 Mai 2021

Startdatum 1 September 2021

Enddatum 31 August 2025

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Gesamtkosten

€ 3 627 680,76

EU-Beitrag

€ 3 627 680,76

Koordiniert durch

IDRYMA IATROVIOLOGIKON EREUNON AKADEMIAS ATHINON
Greece

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Leistungen

Other (1)

Supervisory Board and Governing Bodies of ALLODD

Websites, patent fillings, videos etc. (1)

Project Web presence (Website and Social Media)

Web presence Website and Social Media m3

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (38)

Computational advances in discovering cryptic pockets for drug discovery

Autoren: Martijn P. Bemelmans, Zoe Cournia, Kelly L. Damm-Ganamet, Francesco L. Gervasio, Vineet Pande
Veröffentlicht in: Current Opinion in Structural Biology, Ausgabe 90, 2025, Seite(n) 102975, ISSN 0959-440X
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.sbi.2024.102975

Towards design of drugs and delivery systems with the Martini coarse-grained model

Autoren: Lisbeth R. Kjølbye, Gilberto P. Pereira, Alessio Bartocci, Martina Pannuzzo, Simone Albani, Alessandro Marchetto, Brian Jiménez-García, Juliette Martin, Giulia Rossetti, Marco Cecchini, Sangwook Wu, Luca Monticelli, Paulo C. T. Souza
Veröffentlicht in: QRB Discovery, Ausgabe 3, 2022, Seite(n) e19, ISSN 2633-2892
Herausgeber: Cambridge University Press
DOI: 10.1017/qrd.2022.16

Comparative Study of Allosteric GPCR Binding Sites and Their Ligandability Potential

Autoren: Sonja Peter, Lydia Siragusa, Morgan Thomas, Tommaso Palomba, Simon Cross, Noel M. O’Boyle, Dávid Bajusz, György G. Ferenczy, György M. Keserű, Giovanni Bottegoni, Brian Bender, Ijen Chen, Chris De Graaf
Veröffentlicht in: Journal of Chemical Information and Modeling, Ausgabe 64, 2024, Seite(n) 8176-8192, ISSN 1549-9596
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jcim.4c00819

Functional modulation of PTH1R activation and signalling by RAMP2

Autoren: Katarina Nemec, Hannes Schihada, Gunnar Kleinau, Ulrike Zabel, Eugene O. Grushevskyi, Patrick Scheerer, Martin J. Lohse, Isabella Maiellaro
Veröffentlicht in: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, Ausgabe Volume 119; Ausgabe 32, 2022, Seite(n) e2122037119, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2122037119

Syntheses of differentially fluorinated triazole-based 1-deoxysphingosine analogues <i>en route</i> to SphK inhibitors

Autoren: Adrià Cardona, Varbina Ivanova, Raúl Beltrán-Debón, Xavier Barril, Sergio Castillón, Yolanda Díaz, M. Isabel Matheu
Veröffentlicht in: Organic &amp; Biomolecular Chemistry, 2024, ISSN 1477-0520
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d4ob01656d

Alchemical Free Energy Calculations on Membrane-Associated Proteins

Autoren: Michail Papadourakis, Hryhory Sinenka, Pierre Matricon, Jérôme Hénin, Grace Brannigan, Laura Pérez-Benito, Vineet Pande, Herman van Vlijmen, Chris de Graaf, Francesca Deflorian, Gary Tresadern, Marco Cecchini, Zoe Cournia
Veröffentlicht in: Journal of Chemical Theory and Computation, Ausgabe Volume 19; Ausgabe 21, 2023, Seite(n) 7437–7458, ISSN 1549-9618
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.3c00365

Mechanisms of thyrotropin receptor–mediated phenotype variability deciphered by gene mutations and M453T-knockin model

Autoren: Kristiina Makkonen, Meeri Jännäri, Luís Crisóstomo, Matilda Kuusi, Konrad Patyra, Vladyslav Melnyk, Veli Linnossuo, Johanna Ojala, Rowmika Ravi, Christoffer Löf, Juho-Antti Mäkelä, Päivi Miettinen, Saila Laakso, Marja Ojaniemi, Jarmo Jääskeläinen, Markku Laakso, Filip Bossowski, Beata Sawicka, Karolina Stożek, Artur Bossowski, Gunnar Kleinau, Patrick Scheerer, null FinnGen, Mary Pat Re
Veröffentlicht in: JCI Insight, Ausgabe 9, 2024, Seite(n) e167092, ISSN 2379-3708
Herausgeber: American Society for Clinical of Investigation
DOI: 10.1172/jci.insight.167092

Machine learning approaches in predicting allosteric sites

Autoren: Francho Nerín-Fonz, Zoe Cournia
Veröffentlicht in: Current Opinion in Structural Biology, Ausgabe Volume 85, 2024, Seite(n) 102774, ISSN 0959-440X
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.sbi.2024.102774

Mechanistic insights into G-protein coupling with an agonist-bound G-protein-coupled receptor

Autoren: Hossein Batebi, Guillermo Pérez-Hernández, Sabrina N. Rahman, Baoliang Lan, Antje Kamprad, Mingyu Shi, David Speck, Johanna K. S. Tiemann, Ramon Guixà-González, Franziska Reinhardt, Peter F. Stadler, Makaía M. Papasergi-Scott, Georgios Skiniotis, Patrick Scheerer, Brian K. Kobilka, Jesper M. Mathiesen, Xiangyu Liu, Peter W. Hildebrand
Veröffentlicht in: Nature Structural &amp; Molecular Biology, Ausgabe 31, 2024, Seite(n) 1692-1701, ISSN 1545-9993
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-024-01334-2

ChemFlow_py: a flexible toolkit for docking and rescoring

Autoren: Luca Monari, Katia Galentino, Marco Cecchini
Veröffentlicht in: Journal of Computer-Aided Molecular Design, Ausgabe 37, 2023, Seite(n) 565-572, ISSN 0920-654X
Herausgeber: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s10822-023-00527-z

Is the Neuropeptide PEN a Ligand of GPR83?

Autoren: Yvonne Giesecke, Vahid Asimi, Valentina Stulberg, Gunnar Kleinau, Patrick Scheerer, Beate Koksch, Carsten Grötzinger
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, Ausgabe Volume 24; Ausgabe 20, 2023, Seite(n) 15117, ISSN 1422-0067
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms242015117

A millisecond coarse-grained simulation approach to decipher allosteric cannabinoid binding at the glycine receptor α1

Autoren: Alessio Bartocci, Andrea Grazzi, Nour Awad, Pierre-Jean Corringer, Paulo C. T. Souza, Marco Cecchini
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 15, 2024, Seite(n) 9040, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-53098-4

Allosteric antibodies: a novel paradigm in drug discovery

Autoren: Léxane Fournier, Enrico Guarnera, Harald Kolmar, Stefan Becker
Veröffentlicht in: Trends in Pharmacological Sciences, 2024, ISSN 0165-6147
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tips.2024.10.007

The role of G protein‐coupled receptors and their ligands in animal domestication

Autoren: Gunnar Kleinau, Bice Chini, Leif Andersson, Patrick Scheerer
Veröffentlicht in: Animal Genetics, Ausgabe 55, 2024, Seite(n) 893-906, ISSN 0268-9146
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/age.13476

Intramolecular activity regulation of adhesion GPCRs in light of recent structural and evolutionary information

Autoren: Gunnar Kleinau, Amal Hassan Ali, Franziska Wiechert, Michal Szczepek, Andrea Schmidt, Christian M.T. Spahn, Ines Liebscher, Torsten Schöneberg, Patrick Scheerer
Veröffentlicht in: Pharmacological Research, Ausgabe Volume 197, 2023, Seite(n) 106971, ISSN 1043-6618
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.phrs.2023.106971

Effect of Water Networks On Ligand Binding: Computational Predictions vs Experiments

Autoren: Tibor Viktor Szalai, Dávid Bajusz, Rita Börzsei, Balázs Zoltán Zsidó, Janez Ilaš, György G. Ferenczy, Csaba Hetényi, György M. Keserű
Veröffentlicht in: Journal of Chemical Information and Modeling, Ausgabe 64, 2024, Seite(n) 8980-8998, ISSN 1549-9596
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jcim.4c01291

SH2db, an information system for the SH2 domain

Autoren: Dávid Bajusz, Gáspár Pándy-Szekeres, Ágnes Takács, Elvin D de Araujo, György M Keserű
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe Volume 51; Ausgabe W1, 2023, Seite(n) W542–W552, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkad420

Evaluation of Pharmacological Rescue of Melanocortin-4 Receptor Nonsense Mutations by Aminoglycoside

Autoren: Friederike Höpfner, Sarah Paisdzior, Nanina Reininghaus, Iqra Sohail, Patrick Scheerer, Paolo Annibale, Heike Biebermann, Peter Kühnen
Veröffentlicht in: Life, Ausgabe Volume 12; Ausgabe 11, 2022, Seite(n) 1793, ISSN 2075-1729
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/life12111793

Fucosyl glycosides for DC-SIGN targeting: Fucosylation strategies, synthesis and binding studies of model compounds

Autoren: Rohit Chavan, Jonathan Lefèbre, Kateřina Jochová, Hana Dvořáková, Christoph Rademacher, Petra Ménová
Veröffentlicht in: Bioorganic &amp; Medicinal Chemistry, Ausgabe 123, 2025, Seite(n) 118164, ISSN 0968-0896
Herausgeber: Pergamon Press Ltd.
DOI: 10.1016/j.bmc.2025.118164

Structural Basis for Highly Selective Class II Alpha Phosphoinositide-3-Kinase Inhibition

Autoren: Murat Kücükdisli, Hassen Bel-Abed, Davide Cirillo, Wen-Ting Lo, Nina-Louisa Efrém, André Horatscheck, Liudmila Perepelittchenko, Polina Prokofeva, Theresa A. L. Ehret, Silke Radetzki, Martin Neuenschwander, Edgar Specker, Guillaume Médard, Susanne Müller, Stephanie Wilhelm, Bernhard Kuster, Jens Peter von Kries, Volker Haucke, Marc Nazaré
Veröffentlicht in: Journal of Medicinal Chemistry, Ausgabe Volume 66; Ausgabe 20, 2023, Seite(n) 14278-14302, ISSN 0022-2623
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jmedchem.3c01319

A platform for the early selection of non-competitive antibody-fragments from yeast surface display libraries

Autoren: Léxane Fournier, Deniz Demir, Desislava Elter, Lukas Pekar, Harald Kolmar, Lars Toleikis, Stefan Becker
Veröffentlicht in: Biological Chemistry, 2024, ISSN 1431-6730
Herausgeber: Walter de Gruyter GmbH & Co. KG
DOI: 10.1515/hsz-2024-0102

Mapping protein binding sites by photoreactive fragment pharmacophores

Autoren: Péter Ábrányi-Balogh, Dávid Bajusz, Zoltán Orgován, Aaron B. Keeley, László Petri, Nikolett Péczka, Tibor Viktor Szalai, Gyula Pálfy, Márton Gadanecz, Emma K. Grant, Tímea Imre, Tamás Takács, Ivan Ranđelović, Marcell Baranyi, András Marton, Gitta Schlosser, Qirat F. Ashraf, Elvin D. de Araujo, Tamás Karancsi, László Buday, József Tóvári, András Perczel, Jacob T. Bush, Györ
Veröffentlicht in: Communications Chemistry, Ausgabe 7, 2024, Seite(n) 168, ISSN 2399-3669
Herausgeber: Macmillan Publishers Ltd part of Springer Nature
DOI: 10.1038/s42004-024-01252-w

Structure of the actively translating plant 80S ribosome at 2.2 Å resolution

Autoren: Julia Smirnova, Justus Loerke, Gunnar Kleinau, Andrea Schmidt, Jörg Bürger, Etienne H. Meyer, Thorsten Mielke, Patrick Scheerer, Ralph Bock, Christian M. T. Spahn, Reimo Zoschke
Veröffentlicht in: Nature Plants, Ausgabe Volume 9, 2023, Seite(n) 987–1000, ISSN 2055-0278
Herausgeber: Nature Portfolio
DOI: 10.1038/s41477-023-01407-y

Molecular Effects of Auto-Antibodies on Angiotensin II Type 1 Receptor Signaling and Cell Proliferation

Autoren: Aurélie Philippe, Gunnar Kleinau, Jason Jannis Gruner, Sumin Wu, Daniel Postpieszala, David Speck, Harald Heidecke, Simon J. Dowell, Gabriela Riemekasten, Peter W. Hildebrand, Julian Kamhieh-Milz, Rusan Catar, Michal Szczepek, Duska Dragun, Patrick Scheerer
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, Ausgabe Volume 23; Ausgabe 7, 2022, Seite(n) 3984, ISSN 1422-0067
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms23073984

Discovery of potent allosteric antibodies inhibiting EGFR

Autoren: Léxane Fournier, Lukas Pekar, Birgitta Leuthner, Harald Kolmar, Lars Toleikis, Stefan Becker
Veröffentlicht in: mAbs, Ausgabe 16, 2024, Seite(n) 2406548, ISSN 1942-0870
Herausgeber: Landes Bioscience
DOI: 10.1080/19420862.2024.2406548

Electrophilic MiniFrags Revealed Unprecedented Binding Sites for Covalent HDAC8 Inhibitors

Autoren: Aaron B. Keeley, Aleksandra Kopranovic, Vincenzo Di Lorenzo, Péter Ábrányi-Balogh, Niklas Jänsch, Linh N. Lai, László Petri, Zoltán Orgován, Daniel Pölöske, Anna Orlova, András György Németh, Charlotte Desczyk, Tímea Imre, Dávid Bajusz, Richard Moriggl, Franz-Josef Meyer-Almes, György M. Keserü
Veröffentlicht in: Journal of Medicinal Chemistry, Ausgabe 67, 2024, Seite(n) 572-585, ISSN 0022-2623
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jmedchem.3c01779

Evolutionary analyses reveal immune cell receptor GPR84 as a conserved receptor for bacteria-derived molecules

Autoren: Amadeus Samuel Schulze, Gunnar Kleinau, Rosanna Krakowsky, David Rochmann, Ranajit Das, Catherine L. Worth, Petra Krumbholz, Patrick Scheerer, Claudia Stäubert
Veröffentlicht in: iScience, Ausgabe Volume 25; Ausgabe 10, 2022, Seite(n) 105087, ISSN 2589-0042
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.isci.2022.105087

Aryl fucosides: synthesis and evaluation of their binding affinity towards the DC-SIGN receptor

Autoren: Rohit Chavan, Maurice Besch, Jonathan Lefèbre, Christoph Rademacher, Petra Ménová
Veröffentlicht in: Organic &amp; Biomolecular Chemistry, 2025, ISSN 1477-0520
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d5ob00472a

Glycomimetics for the inhibition and modulation of lectins

Autoren: Steffen Leusmann, Petra Ménová, Elena Shanin, Alexander Titz, Christoph Rademacher
Veröffentlicht in: Chemical Society Reviews, Ausgabe Volume 52, 2023, Seite(n) 3663-3740, ISSN 0306-0012
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d2cs00954d

AI-based identification of therapeutic agents targeting GPCRs: introducing ligand type classifiers and systems biology

Autoren: Jonas Goßen, Rui Pedro Ribeiro, Dirk Bier, Bernd Neumaier, Paolo Carloni, Alejandro Giorgetti, Giulia Rossetti
Veröffentlicht in: Chemical Science, Ausgabe Volume 14, 2023, Seite(n) 8651-8661, ISSN 2041-6520
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d3sc02352d

Exploring Chemical Spaces in the Billion Range: Is Docking a Computational Alternative to DNA-Encoded Libraries?

Autoren: Levente M. Mihalovits, Tibor V. Szalai, Dávid Bajusz, György M. Keserű
Veröffentlicht in: Journal of Chemical Information and Modeling, Ausgabe 64, 2024, Seite(n) 8963-8979, ISSN 1549-9596
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jcim.4c00803

Secondary sites of the C-type lectin-like fold

Autoren: Jonathan Lefèbre, Torben Falk, Yunzhan Ning, Christoph Rademacher
Veröffentlicht in: Chemistry: A European Journal, Ausgabe Volume 30; Ausgabe 30, 2024, Seite(n) e202400660, ISSN 0947-6539
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/chem.202400660

A Setmelanotide-like Effect at MC4R Is Achieved by MC4R Dimer Separation

Autoren: Nanina Reininghaus, Sarah Paisdzior, Friederike Höpfner, Sabine Jyrch, Cigdem Cetindag, Patrick Scheerer, Peter Kühnen, Heike Biebermann
Veröffentlicht in: Biomolecules, Ausgabe Volume 12; Ausgabe 8, 2022, Seite(n) 1119, ISSN 2218-273X
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/biom12081119

Identification of the Allosteric Binding Site for Thiazolopyrimidine on the C-Type Lectin Langerin

Autoren: Hengxi Zhang, Carlos Modenutti, Yelha Phani Kumar Nekkanti, Maxime Denis, Iris A. Bermejo, Jonathan Lefèbre, Kateryna Che, Dongyoon Kim, Marten Kagelmacher, Dennis Kurzbach, Marc Nazaré, Christoph Rademacher
Veröffentlicht in: ACS Chemical Biology, Ausgabe Volume 17; Ausgabe 10, 2022, Seite(n) 2728–2733, ISSN 1554-8929
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acschembio.2c00626

The orchestrated signaling by PI3Kα and PTEN at the membrane interface

Autoren: Danai Maria Kotzampasi, Kyriaki Premeti, Alexandra Papafotika, Vasiliki Syropoulou, Savvas Christoforidis, Zoe Cournia, George Leondaritis
Veröffentlicht in: Computational and Structural Biotechnology Journal, Ausgabe Volume 20, 2022, Seite(n) 5607-5621, ISSN 2001-0370
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.csbj.2022.10.007

ChemFlow─From 2D Chemical Libraries to Protein–Ligand Binding Free Energies

Autoren: Diego E. Barreto Gomes, Katia Galentino, Marion Sisquellas, Luca Monari, Cédric Bouysset, Marco Cecchini
Veröffentlicht in: Journal of Chemical Information and Modeling, Ausgabe Volume 63; Ausgabe 2, 2023, Seite(n) 407–411, ISSN 1549-9596
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jcim.2c00919

Angiotensin and Endothelin Receptor Structures With Implications for Signaling Regulation and Pharmacological Targeting

Autoren: David Speck, Gunnar Kleinau, Michal Szczepek, Dennis Kwiatkowski, Rusan Catar, Aurélie Philippe, Patrick Scheerer
Veröffentlicht in: Frontiers in Endocrinology, Ausgabe Volume 13, 2022, Seite(n) 880002, ISSN 1664-2392
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fendo.2022.880002

Enhancing NK cell-mediated tumor killing of B7-H6+ cells with bispecific antibodies targeting allosteric sites of NKp30

Autoren: Léxane Fournier, Paul Arras, Lukas Pekar, Harald Kolmar, Stefan Zielonka, Lars Toleikis, Stefan Becker
Veröffentlicht in: Molecular Therapy: Oncology, Ausgabe 33, 2024, Seite(n) 200917, ISSN 2950-3299
Herausgeber: Elsevier Inc.
DOI: 10.1016/j.omton.2024.200917