Descripción del proyecto
Una plataforma para la elaboración de perfiles de fármacos epigenéticos
Casi el 90 % de las sustancias químicas de interés médico no obtienen la aprobación reglamentaria debido a una toxicidad inesperada en el ser humano. Teniendo en cuenta que estas sustancias han sido objeto de exhaustivos ensayos con animales antes de pasar a los ensayos clínicos de fase I, esto pone claramente de relieve la importancia de mejorar los ensayos basados en células humanas. Las modificaciones epigenéticas son efectos secundarios de los fármacos cada vez más reconocidos. El objetivo del proyecto hmqChIP, financiado con fondos europeos, consiste en desarrollar una tecnología de secuenciación por inmunoprecipitación de cromatina (hmqChIP, por sus siglas en inglés), cuantitativa y altamente multiplexada, para identificar los efectos epigenéticos, tanto específicos como inespecíficos, de los fármacos. Este método se comercializará con el objetivo de aportar una plataforma para el cribado de alto rendimiento de fármacos contra varios marcadores epigenéticos. El proyecto proporcionará información relevante sobre los efectos poco estudiados de los fármacos en el epigenoma humano.
Objetivo
Here, we develop a highly multiplexed, quantitative, ChIP-Seq technology (hmqChIP-Seq) for commercial exploitation in high-throughput profiling of epigenetic drug on- and off-target effects. Screening efficacy and toxicology of drug candidates in early stages of development has been recognized to be an essential part of drug screening. 90% of all Phase I drug candidates do not reach FDA approval and it is estimated that a quarter of failures relates to unexpected toxicity in humans. This is stunning given that all Phase I drugs have undergone animal-heavy battery of toxicologic tests and showcases the importance of expanding the screening capabilities for drug efficacy and toxicology in human cell-based assays, be it standard culture, organoids or engineered tissues. We believe that the interaction of drugs with the epigenome is an understudied/undervalued area of pre-clinical testing and epigenetic drug profiling will be key in predicting long term outcome in humans. With hmqChIP-Seq, 96 or more drug conditions can be screened against 24 or more epigenomic markers, such as histone or DNA post-translational modifications using specific antibodies and next-generation sequencing read-out. The method development aims to reduce the necessary input material to 1000 cells per condition, allowing it to be placed downstream of typical high-throughput cell-based drug screening assay in a variety of relevant human cell models, such as induced pluripotent stem cells, engineered tissues, organoids. The technology provides a framework for high-throughput, low cost, elucidation of short and long term action and toxicology of epigenetic drugs, or any drug candidate that could affect epigenetic markers.
Ámbito científico
- medical and health sciencesbasic medicinepharmacology and pharmacydrug discovery
- natural sciencesbiological sciencesgeneticsDNA
- medical and health sciencesmedical biotechnologycells technologiesstem cells
- medical and health sciencesbasic medicinetoxicology
- natural sciencesbiological sciencesgeneticsepigenetics
Programa(s)
Régimen de financiación
ERC-POC - Proof of Concept GrantInstitución de acogida
17177 Stockholm
Suecia