Obiettivo
Alpha-amylases are starch degrading enzymes with important biotechnical applications. So far a structural model is available for a mammalian alpha-amylases and 2 microbial alpha-amylases. Dependent on the enzyme, different products are obtained. It is therefore relevant to determine a structure for a cereal alpha-amylase which characteristically produces larger oligodextrins. A multidisciplinary strategy was thus applied to improve the insight at a molecular level into structure/function relationship and structure/stability relationship of the dominant barley malt alpha-amylase 2 and its interaction with the endogenous inhibitor barley amylase/subtilisin inhibitor (BASI).
In order to explore the sugar protein interactions at the molecular level a number of nonhydrolysable substrate analogues specifically adapted to the alpha-amylase substrate structural requirement were prepared in the form of thioglucosides. Thus 4-thioglucoside, 4'-thiomaltose, 1-thio-delta-D-glucose and 1-thio-alpha-maltose were prepared and have subsequently been used for the synthesis of photolabile derivatives. Two maltotriose analogues were also synthesised. The synthesis of the 4,4'-dithio-alpha-maltotrioside 1 was based on our previously reported in situ selective S-deacetylation and activation procedure of pentaacetylated alpha-D-1-thioglucose. A strategy was applied to obtain spacer modified disaccharide which can mimic the trisaccharide 1 involving an alpha-D-1-thioglycopyranoside that carries a substituted butyl aglycon which can allow coupling to the reducing moiety. 14 analogues have been synthesised, 2 having diazirine spacers effective in irreversible inactivation of porcine pancreatic alpha-amylase on irradiation with long wave ultraviolet (UV) light at 350 nm. Higher homologues of the analogue shown in the illustration will be prepared for investigation of binding to barley alpha-amylase. Kinetic measurements using the pancreatic enzyme indicated that reactive groups can be ope rating at either end of the maltodextrin or within its chain, thus giving the means to selectively modified different parts of the extended substrate binding site. After preparing a great number of different reactive oligosaccharide derivatives, all mimicking more or less extended maltodextrins and measuring their affinities for pancreatic alpha-amylase, selected compounds were tested for the chemical modification of the enzyme binding area. The labelling turned out to be very efficient. Considering the different structures of reactive ligands and also taking in account the different yields of radiolabelling, depending on which substrate is used, we are confident that specific subsite labelling has been achieved.
The structure of the first alpha-amylase from a higher plant, the barley malt high pI isozyme form alpha-2-2 has been determined and a model constructed at 3 angstroms resolution. Techniques have been developed to synthesize nonhydrolyzable oligosaccharide analogues suitable for photoaffinity labelling of endo-alpha-glucanases. A complementary deoxyribonucleic acid yeast expression system for production of high yields of higher plant proteins has also been developed. It was discovered that carboxy terminal processing of the amylase took place in the aleurone cells catalyzed by 1 or more carboxypeptidases from malt and resulting in several forms of the protein.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
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- scienze naturali scienze biologiche genetica DNA
- scienze naturali scienze biologiche biochimica biomolecole carboidrati
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Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
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Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Dati non disponibili
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Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Dati non disponibili
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Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Coordinatore
79100 Freiburg
Germania
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.