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Inhalt archiviert am 2024-04-30

Sequencing of the Bacillus subtilis genome

Ziel



Bacillus subtilis is a model organism for Gram-positive bacteria including pathogens, e.g. Staphylococcus, Streptococcus, Corynebacterium, Clostridium and Listeria. It is also an important industrial organism. The determination of the sequence of its genome is therefore an important objective. An international agreement has been reached allowing the allocation of regions of the chromosome among the groups of the European and Japanese Bacillus subtilis genome sequencing networks, also including two biotechnology companies (Genencor International and Novo Nordisk). The European Bacillus subtilis genome sequencing project has been supported in the framework of the current Biotechnology contracts BIO2-CT93-0272 and BIO2-CT942011 which will end in December 1996. A relational database containing more than 2000 kbp of non-redundant Bacillus subtilis DNA sequence (1050 kbp has been contributed by the European network), representing about 60 % of the total genome, has been constructed at the Institut Pasteur. During the last two years the results of this European project have been presented at 13 international meetings, and have been published in several international journals, in particular in a special issue of the journal Microbiology (1995, 141: 249-350). A major difficulty encountered during the project stems from the unavailability of a simple cloning strategy for the construction of gene banks representative of the entire Bacillus subtilis chromosome.
This is, at least in part, due to the generally high level of expression of Bacillus subtilis genes observed in Escherichia coli, leading to toxic effects in this commonly used cloning host. However, participating groups have employed a variety of strategies to overcome this limitation, including cloning into a range of plasmid, lambda and YAC vectors, genome walking experiments and in-vitro amplification using long-range PCR and inverse PCR techniques. Bacillus subtilis is also a major source of industrial enzymes. The world market (estimated at 400 million dollars in 1993) is dominated by the two companies mentioned above (Novo Nordisk and Genencor). An industrial platform has been set up to facilitate contacts between project participants and European biotechnology companies. The following companies have agreed in principle to this mode of cooperation: Novo Nordisk (Denmark, USA), Genencor (Finland, USA) and its subsidiary Gist-brocades (The Netherlands), F. Hoffmann La Roche AG (Switzerland), Eniricerche (Italy), Puratos (Belgium). Thirteen laboratories and five companies, which have a solid experience in large-scale sequencing, agreed to participate in the present proposal. Its objective is the determination of the remaining sequence (estimated at 1800 kbp), leading to the completion of the entire Bacillus subtilis genome sequence within one year.

Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)

CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.

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Programm/Programme

Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.

Thema/Themen

Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.

Aufforderung zur Vorschlagseinreichung

Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.

Daten nicht verfügbar

Finanzierungsplan

Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.

CSC - Cost-sharing contracts

Koordinator

INSTITUT PASTEUR
EU-Beitrag
Keine Daten
Adresse
25,Rue du Docteur Roux 28
75724 PARIS
Frankreich

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Gesamtkosten

Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.

Keine Daten

Beteiligte (14)

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