Obiettivo
The main objective of this project is to bring to the public domain, using modern internet protocols, BRENDA, the most complete existing collection of experimental data on enzyme physical-chemical and functional properties, and to integrate it with other key available databases containing information on genome and protein sequences, on tissue and cellular location, and organisms. Another important objective of this project is to include in this system additional, not readily available information. This information pertains to the detailed characteristics of the molecular interactions in 3D structures of enzyme-ligand complexes, and of enzyme active sites, and to detailed structural and chemical descriptions of the small molecules (substrates, inhibitors, effectors) that interact with each enzyme.
BRENDA has been developed by partner 1 (Schomburg), first at the German National Centre of Biotechnology in Braunschweig and now at Cologne University. It includes information on all enzymes classified to date(see appendix 2, 2.7 for a typical data set on one enzyme); it is presently held in a pseudo-relational database system in house and is available only in printed form (see references).
In order to make this available via the internet, the present data has to be split into molecule-specific information that is directly connected with enzyme sequence and 3D-structure data. In the present form, the data bank has links to the sequence data banks and PDB but the information is integrated under the umbrella of the EC-number (EnzymeCommission number) with an indirect link to the individual enzyme via literature references. This assignment and verification of the current enzyme data in relation to individual organisms/tissues and establishing procedures for its continued up-dating and relationship to the needs of other international bodies will be performed by partners 1, (Cologne), in cooperation with partners 3 and 4 (Dublin and Cambridge). The integration of BRENDA with other key databases and information will be performed using the internet based 'database integration engine' SRS developed and maintained by partner 3 (EBI).
Whenever structural data about specific enzymes, and enzyme-ligand complexes are available in the protein Data Bank (PDB), detailed characteristics of the inter-molecule interactions in these complexes will be derived from specialized surveys and analyses, by partner 2 (Brussels), and integrated with the experimental and sequence information. For all substrates, products, inhibitors, etc. the chemical and structural descriptions in the form of SMILES strings will be provided by partner 4(Glaxo), and also integrated.
The deliverable of this project will be a highly valuable data resource on enzyme function integrated with a large number of other existing data collections, as well as with structural and chemical data on small molecules and on enzyme-ligand complexes. The integrated resource will be-accessible to the scientific community via the SRS system.
The project complies with the aims described in the Biotechnology objectives description, as described in area 8.1: "Information infrastructures" as: integration of new emerging databases, unique access points to sets of related information sources. It also has close connections to area 1.1: "Biological Components of Cell Factories", where "enzymes mechanisms of activity and control, inhibitors, post-translational events are mentioned. With respect to the planned addition of structure-related information another close link is given to area 6.1: "Structure-function relationship", in particular 6.1.3: "Biomolecules with the desired functions."
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
- scienze naturali informatica e scienze dell'informazione basi di dati
- scienze naturali informatica e scienze dell'informazione internet protocolli internet
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- scienze naturali scienze biologiche biochimica biomolecole proteine enzimi
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Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Dati non disponibili
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Coordinatore
50674 KOELN
Germania
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.