Cel
The main objective of this project is to bring to the public domain, using modern internet protocols, BRENDA, the most complete existing collection of experimental data on enzyme physical-chemical and functional properties, and to integrate it with other key available databases containing information on genome and protein sequences, on tissue and cellular location, and organisms. Another important objective of this project is to include in this system additional, not readily available information. This information pertains to the detailed characteristics of the molecular interactions in 3D structures of enzyme-ligand complexes, and of enzyme active sites, and to detailed structural and chemical descriptions of the small molecules (substrates, inhibitors, effectors) that interact with each enzyme.
BRENDA has been developed by partner 1 (Schomburg), first at the German National Centre of Biotechnology in Braunschweig and now at Cologne University. It includes information on all enzymes classified to date(see appendix 2, 2.7 for a typical data set on one enzyme); it is presently held in a pseudo-relational database system in house and is available only in printed form (see references).
In order to make this available via the internet, the present data has to be split into molecule-specific information that is directly connected with enzyme sequence and 3D-structure data. In the present form, the data bank has links to the sequence data banks and PDB but the information is integrated under the umbrella of the EC-number (EnzymeCommission number) with an indirect link to the individual enzyme via literature references. This assignment and verification of the current enzyme data in relation to individual organisms/tissues and establishing procedures for its continued up-dating and relationship to the needs of other international bodies will be performed by partners 1, (Cologne), in cooperation with partners 3 and 4 (Dublin and Cambridge). The integration of BRENDA with other key databases and information will be performed using the internet based 'database integration engine' SRS developed and maintained by partner 3 (EBI).
Whenever structural data about specific enzymes, and enzyme-ligand complexes are available in the protein Data Bank (PDB), detailed characteristics of the inter-molecule interactions in these complexes will be derived from specialized surveys and analyses, by partner 2 (Brussels), and integrated with the experimental and sequence information. For all substrates, products, inhibitors, etc. the chemical and structural descriptions in the form of SMILES strings will be provided by partner 4(Glaxo), and also integrated.
The deliverable of this project will be a highly valuable data resource on enzyme function integrated with a large number of other existing data collections, as well as with structural and chemical data on small molecules and on enzyme-ligand complexes. The integrated resource will be-accessible to the scientific community via the SRS system.
The project complies with the aims described in the Biotechnology objectives description, as described in area 8.1: "Information infrastructures" as: integration of new emerging databases, unique access points to sets of related information sources. It also has close connections to area 1.1: "Biological Components of Cell Factories", where "enzymes mechanisms of activity and control, inhibitors, post-translational events are mentioned. With respect to the planned addition of structure-related information another close link is given to area 6.1: "Structure-function relationship", in particular 6.1.3: "Biomolecules with the desired functions."
Dziedzina nauki (EuroSciVoc)
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego. Więcej informacji: Europejski Słownik Naukowy.
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego. Więcej informacji: Europejski Słownik Naukowy.
- nauki przyrodnicze informatyka bazy danych
- nauki przyrodnicze informatyka internet protokół internetowy
- nauki przyrodnicze nauki biologiczne genetyka genom
- nauki przyrodnicze nauki biologiczne biochemia biocząsteczki białka enzymy
Aby użyć tej funkcji, musisz się zalogować lub zarejestrować
Program(-y)
Wieloletnie programy finansowania, które określają priorytety Unii Europejskiej w obszarach badań naukowych i innowacji.
Wieloletnie programy finansowania, które określają priorytety Unii Europejskiej w obszarach badań naukowych i innowacji.
Temat(-y)
Zaproszenia do składania wniosków dzielą się na tematy. Każdy temat określa wybrany obszar lub wybrane zagadnienie, których powinny dotyczyć wnioski składane przez wnioskodawców. Opis tematu obejmuje jego szczegółowy zakres i oczekiwane oddziaływanie finansowanego projektu.
Zaproszenia do składania wniosków dzielą się na tematy. Każdy temat określa wybrany obszar lub wybrane zagadnienie, których powinny dotyczyć wnioski składane przez wnioskodawców. Opis tematu obejmuje jego szczegółowy zakres i oczekiwane oddziaływanie finansowanego projektu.
Zaproszenie do składania wniosków
Procedura zapraszania wnioskodawców do składania wniosków projektowych w celu uzyskania finansowania ze środków Unii Europejskiej.
Brak dostępnych danych
Procedura zapraszania wnioskodawców do składania wniosków projektowych w celu uzyskania finansowania ze środków Unii Europejskiej.
System finansowania
Program finansowania (lub „rodzaj działania”) realizowany w ramach programu o wspólnych cechach. Określa zakres finansowania, stawkę zwrotu kosztów, szczegółowe kryteria oceny kwalifikowalności kosztów w celu ich finansowania oraz stosowanie uproszczonych form rozliczania kosztów, takich jak rozliczanie ryczałtowe.
Program finansowania (lub „rodzaj działania”) realizowany w ramach programu o wspólnych cechach. Określa zakres finansowania, stawkę zwrotu kosztów, szczegółowe kryteria oceny kwalifikowalności kosztów w celu ich finansowania oraz stosowanie uproszczonych form rozliczania kosztów, takich jak rozliczanie ryczałtowe.
Koordynator
50674 KOELN
Niemcy
Ogół kosztów poniesionych przez organizację w związku z uczestnictwem w projekcie. Obejmuje koszty bezpośrednie i pośrednie. Kwota stanowi część całkowitego budżetu projektu.