Obiettivo
Aminoacyl-tRNA synthetases are ubiquitous enzymes which are responsible for the fidelity of the translation of the genetic code. The three-dimensional structures of these proteins are important since they enable us to address a number of questions about their function, and to understand how do they recognise the correct amino acid and how can discriminate between various tRNAs of similar shape and size. A comparison between the structures of evolutionary related synthetases can help to answer questions about the way this family of enzymes and the genetic code have coevolved.
E. coli produces two isoforms of Iysyl-tRNA synthetase, a class II aminoacyl-tRNA synthetase: LysS is the constitutive enzyme, while LysU is the product of an inducible gene. The crystal structure of the thermoinducible LysU with Iysine bound to the active site has been determined to 2.8A resolution and compared to other class II synthetases. More work is needed in order to study the reaction mechanism and to analyse the interactions made by ATP, the Iysyl-adenylate intermediate and the tRNA. The structure of the highly homologous LysS was determined in the absence of any substrates.
The project will involve the structure solution and refinement of LysU and LysS in the presence of various substrates and inhibitors, at the highest possible resolution. The structures will then be analysed and compared to identify conformational changes or differences between isoforms of physiological and biochemical relevance. A comparison with other class II synthetases for which crystallographic models of substrates bound to the active sites are known, will also be carried out, in order to determine differences and similarities that rnight have evolutionary implieations. We will use in vitro transcription to produce the tRNALYs transcript and will sereen for erystallisation eonditions with both LysU and LysS. In collaboration with Prof. Blanquet's laboratory (Paris) we will also carry out crystallisation experiments with the overproduced E. coli tRNALYs. Once crystals suitable for X-ray diffraction are obtained, the structure of the tRNA complex will be solved either by molecular replacement or multiple isomorphous replacement, refined and eompared to the uneomplexed enzyme.
Training content (objective, benefit and expected impact)
The accomplishment of this project will give the applicant a theoretical and practical knowledge of all the stages involvec in macromolecular structure determination by single crystal X-ray diffraction, including crystallisation, data collection anc processing, phasing, model building, structure refinement. Italy is currently investing considerable resources intc structural biology, which until very recently has been limited to a very few laboratories. These expertises will therefore bc invaluable to help the expansion of the italian crystallographic community. Links with industry / industrial relevance (22)
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
- ingegneria e tecnologia ingegneria dei materiali cristalli
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Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Dati non disponibili
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Coordinatore
SW7 2BZ London
Regno Unito
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.