Objetivo
Research objectives and content
The objective of the research plan is to bring deeper understanding in the protein folding using molecular dynamics simulations with a detailed atomic model. These simulations can be done only over few nanoseconds time scale, but the folding reaction, even in small fast-folding proteins, takes of the order of milliseconds. To overcome these difficulties new theoretical tools will be developed and applied to decipher the nature (kinetics and thermodynamics) of the folding reaction at a microscopic level: (1) to represent the unfolded state we will generate a set of relevant unfolded conformations with specifically developed methods and simulate the refolding starting from these conformations; (2) to speed up the folding process simulation and define the folding pathways we will introduce a time-dependent perturbation designed to prevent the exploration of conformations which are not relevant to the folding reaction while introducing minimum disturbance to the system; (3) the free energy profile along a reaction coordinate will be computed along the folding pathways by using standard techniques and will bring an extremely detailed picture of the folding reaction.
We propose to implement and apply this approach to several proteins which have already been studied experimentally, using a variety of kinetic and structural methods. The combined use of simulations and experiments should provide new insights into protein folding.
Training content (objective, benefit and expected impact)
During the development of the project I will learn advanced experimental techniques and I will interpret experimental results using theoretical and computational tools as a guidance. The objective is to export the experimental knowledge to theoretical research groups and improve the exchange between theoreticians and experimentalists in this particular field.
Links with industry / industrial relevance (22)
As a result of this project, we hope to get new insights into the inner workings of the folding mechanism. These insights can be relevant for designing proteins with desired properties. On the other hand, I plan to include the computational tools I will be developing into the CHARMM program, and thus make them available both to academic and industrial research.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
- ciencias naturales ciencias físicas termodinámica
- ciencias naturales ciencias biológicas bioquímica biomoléculas proteínas plegamiento de proteínas
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Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Datos no disponibles
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Coordinador
OX1 3QT OXFORD
Reino Unido
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.