Ziel
Research objectives and content
The objective of the research plan is to bring deeper understanding in the protein folding using molecular dynamics simulations with a detailed atomic model. These simulations can be done only over few nanoseconds time scale, but the folding reaction, even in small fast-folding proteins, takes of the order of milliseconds. To overcome these difficulties new theoretical tools will be developed and applied to decipher the nature (kinetics and thermodynamics) of the folding reaction at a microscopic level: (1) to represent the unfolded state we will generate a set of relevant unfolded conformations with specifically developed methods and simulate the refolding starting from these conformations; (2) to speed up the folding process simulation and define the folding pathways we will introduce a time-dependent perturbation designed to prevent the exploration of conformations which are not relevant to the folding reaction while introducing minimum disturbance to the system; (3) the free energy profile along a reaction coordinate will be computed along the folding pathways by using standard techniques and will bring an extremely detailed picture of the folding reaction.
We propose to implement and apply this approach to several proteins which have already been studied experimentally, using a variety of kinetic and structural methods. The combined use of simulations and experiments should provide new insights into protein folding.
Training content (objective, benefit and expected impact)
During the development of the project I will learn advanced experimental techniques and I will interpret experimental results using theoretical and computational tools as a guidance. The objective is to export the experimental knowledge to theoretical research groups and improve the exchange between theoreticians and experimentalists in this particular field.
Links with industry / industrial relevance (22)
As a result of this project, we hope to get new insights into the inner workings of the folding mechanism. These insights can be relevant for designing proteins with desired properties. On the other hand, I plan to include the computational tools I will be developing into the CHARMM program, and thus make them available both to academic and industrial research.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
- Naturwissenschaften Naturwissenschaften Thermodynamik
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Biochemie Biomoleküle Proteine Proteinfaltung
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Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
Daten nicht verfügbar
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Koordinator
OX1 3QT OXFORD
Vereinigtes Königreich
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.