Cel
Research objectives and content
The objective of the research plan is to bring deeper understanding in the protein folding using molecular dynamics simulations with a detailed atomic model. These simulations can be done only over few nanoseconds time scale, but the folding reaction, even in small fast-folding proteins, takes of the order of milliseconds. To overcome these difficulties new theoretical tools will be developed and applied to decipher the nature (kinetics and thermodynamics) of the folding reaction at a microscopic level: (1) to represent the unfolded state we will generate a set of relevant unfolded conformations with specifically developed methods and simulate the refolding starting from these conformations; (2) to speed up the folding process simulation and define the folding pathways we will introduce a time-dependent perturbation designed to prevent the exploration of conformations which are not relevant to the folding reaction while introducing minimum disturbance to the system; (3) the free energy profile along a reaction coordinate will be computed along the folding pathways by using standard techniques and will bring an extremely detailed picture of the folding reaction.
We propose to implement and apply this approach to several proteins which have already been studied experimentally, using a variety of kinetic and structural methods. The combined use of simulations and experiments should provide new insights into protein folding.
Training content (objective, benefit and expected impact)
During the development of the project I will learn advanced experimental techniques and I will interpret experimental results using theoretical and computational tools as a guidance. The objective is to export the experimental knowledge to theoretical research groups and improve the exchange between theoreticians and experimentalists in this particular field.
Links with industry / industrial relevance (22)
As a result of this project, we hope to get new insights into the inner workings of the folding mechanism. These insights can be relevant for designing proteins with desired properties. On the other hand, I plan to include the computational tools I will be developing into the CHARMM program, and thus make them available both to academic and industrial research.
Dziedzina nauki (EuroSciVoc)
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego. Więcej informacji: Europejski Słownik Naukowy.
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego. Więcej informacji: Europejski Słownik Naukowy.
- nauki przyrodnicze nauki fizyczne termodynamika
- nauki przyrodnicze nauki biologiczne biochemia biocząsteczki białka fałdowanie białek
Aby użyć tej funkcji, musisz się zalogować lub zarejestrować
Program(-y)
Wieloletnie programy finansowania, które określają priorytety Unii Europejskiej w obszarach badań naukowych i innowacji.
Wieloletnie programy finansowania, które określają priorytety Unii Europejskiej w obszarach badań naukowych i innowacji.
Temat(-y)
Zaproszenia do składania wniosków dzielą się na tematy. Każdy temat określa wybrany obszar lub wybrane zagadnienie, których powinny dotyczyć wnioski składane przez wnioskodawców. Opis tematu obejmuje jego szczegółowy zakres i oczekiwane oddziaływanie finansowanego projektu.
Zaproszenia do składania wniosków dzielą się na tematy. Każdy temat określa wybrany obszar lub wybrane zagadnienie, których powinny dotyczyć wnioski składane przez wnioskodawców. Opis tematu obejmuje jego szczegółowy zakres i oczekiwane oddziaływanie finansowanego projektu.
Zaproszenie do składania wniosków
Procedura zapraszania wnioskodawców do składania wniosków projektowych w celu uzyskania finansowania ze środków Unii Europejskiej.
Brak dostępnych danych
Procedura zapraszania wnioskodawców do składania wniosków projektowych w celu uzyskania finansowania ze środków Unii Europejskiej.
System finansowania
Program finansowania (lub „rodzaj działania”) realizowany w ramach programu o wspólnych cechach. Określa zakres finansowania, stawkę zwrotu kosztów, szczegółowe kryteria oceny kwalifikowalności kosztów w celu ich finansowania oraz stosowanie uproszczonych form rozliczania kosztów, takich jak rozliczanie ryczałtowe.
Program finansowania (lub „rodzaj działania”) realizowany w ramach programu o wspólnych cechach. Określa zakres finansowania, stawkę zwrotu kosztów, szczegółowe kryteria oceny kwalifikowalności kosztów w celu ich finansowania oraz stosowanie uproszczonych form rozliczania kosztów, takich jak rozliczanie ryczałtowe.
Koordynator
OX1 3QT OXFORD
Zjednoczone Królestwo
Ogół kosztów poniesionych przez organizację w związku z uczestnictwem w projekcie. Obejmuje koszty bezpośrednie i pośrednie. Kwota stanowi część całkowitego budżetu projektu.