Obiettivo
Research objectives and content
The objective of the research plan is to bring deeper understanding in the protein folding using molecular dynamics simulations with a detailed atomic model. These simulations can be done only over few nanoseconds time scale, but the folding reaction, even in small fast-folding proteins, takes of the order of milliseconds. To overcome these difficulties new theoretical tools will be developed and applied to decipher the nature (kinetics and thermodynamics) of the folding reaction at a microscopic level: (1) to represent the unfolded state we will generate a set of relevant unfolded conformations with specifically developed methods and simulate the refolding starting from these conformations; (2) to speed up the folding process simulation and define the folding pathways we will introduce a time-dependent perturbation designed to prevent the exploration of conformations which are not relevant to the folding reaction while introducing minimum disturbance to the system; (3) the free energy profile along a reaction coordinate will be computed along the folding pathways by using standard techniques and will bring an extremely detailed picture of the folding reaction.
We propose to implement and apply this approach to several proteins which have already been studied experimentally, using a variety of kinetic and structural methods. The combined use of simulations and experiments should provide new insights into protein folding.
Training content (objective, benefit and expected impact)
During the development of the project I will learn advanced experimental techniques and I will interpret experimental results using theoretical and computational tools as a guidance. The objective is to export the experimental knowledge to theoretical research groups and improve the exchange between theoreticians and experimentalists in this particular field.
Links with industry / industrial relevance (22)
As a result of this project, we hope to get new insights into the inner workings of the folding mechanism. These insights can be relevant for designing proteins with desired properties. On the other hand, I plan to include the computational tools I will be developing into the CHARMM program, and thus make them available both to academic and industrial research.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
- scienze naturali scienze fisiche termodinamica
- scienze naturali scienze biologiche biochimica biomolecole proteine ripiegamento proteico
È necessario effettuare l’accesso o registrarsi per utilizzare questa funzione
Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Dati non disponibili
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Coordinatore
OX1 3QT OXFORD
Regno Unito
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.