Objectif
Research objectives and content
HMG-D is one the Drosophila counterparts of the mammalian HMG- 1 and 2 chromosomal proteins. These proteins are abundant but their functions are not well understood. HMG-D comprises a single HMG domain, which is the primary DNA binding motif, followed by a basic region and a C-terminal acidic tail. This acidic tail confers selectivity for the recognition of deformed DNA structures, such as bulged DNA and four-way junctions, and thereby modulates the binding of the protein to DNA. On the basis of footprinting studies it is proposed that HMG-D recognises a widened minor groove in such deformed structures and that a major determinant of this selective recognition is the loop connecting helices I and II. I plan to test this hypothesis by biochemical studies on the complex of HMG-D with bulged DNA and by designing and testing model peptides for bulged DNA recognition. The major goal of this project is to determine the solution structure of the complex of HMG-D with bulged DNA by NMR spectroscopy and in addition to determine whether the structure of the HMG domain is modulated by the acidic tail.
Training content (objective, benefit and expected impact)
Although the proposed project is in the same general area as my PhD work, in practice it will involve a substantial extension to my skills. The HMG system is significantly more demanding technically than AlcR (the subject of my PhD project), both because optimum conditions for the NMR experiments are much harder to establish, and because 13C labelling and triple resonance experiments will be required for me to complete the structure determination. It will be of great value for me to develop the necessary skills for this project in the context of a world-leading NMR group.
Links with industry / industrial relevance (22)
no link with industry
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences naturelles sciences biologiques génétique ADN
- sciences naturelles sciences biologiques biochimie biomolécule protéines
- sciences naturelles sciences physiques optique spectroscopie spectrométrie d’absorption
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Données non disponibles
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Coordinateur
CB2 2QH Cambridge
Royaume-Uni
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.