Le séquençage génétique pour détecter des pathogènes
Le SPG a considérablement modifié la recherche génomique grâce à une typologie moléculaire ultra-rapide et précise. Il fournit, beaucoup plus rapidement que les méthodes standard, des informations sur le génome complet. Les nouveaux développements dans ce domaine promettent également de réduire les coûts des méthodes de SPG et d'assurer ainsi la généralisation de leur utilisation en diagnostic. L'objectif du projet PATHONGEN-TRACE («Next generation genome based high resolution tracing of pathogens») est d'appliquer la technologie SPG au génotypage à haute résolution de pathogènes microbiens. Les partenaires du consortium ont sélectionné des pathogènes représentant une menace médicale globale, comme le Mycobacterium tuberculosis, le Staphylococcus aureus résistant à la méticilline (SARM) et les espèces de Campylobacter pathogènes pour l'homme. La technologie proposée permettra de surmonter les problèmes associés au typage et au diagnostic traditionnel, et de transformer le génotypage de pathogènes en diagnostic standard. L'étude espère, de plus, valider le SPG pour la détection épidémiologique de ces pathogènes. En plus de la préparation d'échantillons, les membres du projet ont travaillé sur la sélection d'une plateforme de séquençage adéquate et le développement d'un instrument de bioinformatique complètement intégré pour l'extraction de données. Cet outil comprend également un complément d'interprétation utile au diagnostic général. Le SPG est utilisé actuellement pour l'analyse du génome complet de plus de 86 différentes souches de M. tuberculosis impliquées dans les éruptions de maladie ces dix dernières années. Une analyse d'éruption de SARM rétrospective permettra, de plus, de vérifier si les informations générées détiennent une valeur épidémiologique. Pour Campylobacter, les données provenant de 561 isolats étudiés jusqu'à présent indiquent des taux très élevés de précision et d'efficacité. Pris dans leur ensemble, les produits livrables de PATHONGEN-TRACE devraient promouvoir une importante transition technologique vers le SPG pour la recherche médicale et le diagnostic. La précision et la sensibilité du typage de pathogène par SPG ouvrira, particulièrement en microbiologie médicale, la voie d'une nouvelle ère dans le domaine du diagnostic de pathogènes.
Mots‑clés
Séquençage de prochaine génération, pathogène, tuberculose, Staphylococcus aureus résistant à la méticilline, Campylobacter, génotypage, bioinformatique