Objectif
"Next generation sequencing (NGS) has fundamentally altered genomic research. New developments will bring NGS costs and performance down to an everybody's technology with extreme potential for ultra fast and accurate molecular typing and diagnostic as it provides the ultimate whole genome information. However, technical and bioinformatics constraints, restrict the application of NGS to few highly experienced laboratories.
The goal of this project is the transition of NGS from a basic research tool to a highly efficient technology for pathogen typing and diagnostics on the EU level. This objective will be achieved by establishing a unique European consortium that brings together three SMEs leading in the fields of ""data to knowledge"" and ""NGS genome research"" with leading experts in clinical microbiology of three model pathogens of high European and worldwide importance (methicillin-resistant Staphylococcus aureus, Campylobacter spp., and M. tuberculosis complex.
Particularly we will i) develop bio-informatics pipelines for quality-controlled and easy interpretation of NGS data, ii) optimize sample preparation steps and evaluate newest NGS (Ion Torrent) and Optical Mapping (OM) technologies, and iii) develop new, dedicated NGS-based pathogen diagnostic kits. Ultimate goal is to generate automatically plain language reports and to implement GIS and space-time cluster detections for automatic early-warning systems based on NGS-data. Application programming interfaces and a microbial typing ontology for a “linked web” will be developed. Product-like prototypic software development for automatic analysis of microbial NGS-data will be guided by two leading SMEs.
The development of new and improved tools/technologies in this SME-targeted project will overcome existing obstacles of NGS and open the door for a wide application of NGS for European scientists and clinical microbiologist, thus fostering competitiveness of Europe in NGS research and medical applications."
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: https://op.europa.eu/fr/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
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- sciences naturelles informatique et science de l'information ingénierie de la connaissance ontologie
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
FP7-HEALTH-2011-two-stage
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Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Coordinateur
23845 Borstel
Allemagne
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.