Struktura białka w 3D
Finansowany przez UE projekt "Searching protein structure space" (SPSS) wypełnił tę lukę z zastosowaniem metody "filter-and-refine" (filtruj i uściślij) w wielkich zestawach danych. Aby móc szybko pozyskiwać dokładne dane na temat podobieństwa strukturalnego, metody filtrowania muszą być indeksowane. Metody dopasowania strukturalnego były stosowane do identyfikacji najbardziej obiecujących kandydatów do etapu uściślania. Uczestnicy projektu z powodzeniem zaprojektowali i zwalidowali innowacyjne metody filtrowania FragBag, gdzie białka są przedstawione poprzez fragmenty ich szkieletów. Odbiornik korzystający z analizy charakterystycznych krzywych zwalidował metodę FragBag pod względem dokładności. Porównanie z innymi metodami filtrowania, takimi jak SGM, STRUCTAL i PRIDE, wykazało przewagę metody FragBag pod względem szybkości i dokładności. Ponadto ta metoda umożliwia przewidywanie struktury, jako że struktura jest odwzorowana jako zestaw substruktur. Wektory o stałej wielkości umożliwiają przestrzenne odwzorowania struktury 3D. Naukowcy z projektu SPSS ujawnili wcześniej nieopisane, fundamentalne właściwości poprzez mapowania białek w celu badania dystrybucji przestrzennej oraz różnorodności struktury i funkcji. Kluczowym odkryciem było zróżnicowanie różnorodności czynnościowej w przestrzeni strukturalnej. _Uczestnicy projektu SPSS dostarczyli innowacyjne narzędzie do badania i opisywania struktury białek w wymiarach przestrzennych. W przyszłości naukowcy korzystający z tego innowacyjnego i wyjątkowego narzędzia będą mogli badać ewolucję białek i zależności między strukturą, a funkcją.
