La struttura delle proteine nello spazio 3D
Il progetto SPSS ("Searching protein structure space"), finanziato dall'UE, ha risposto a questa esigenza utilizzando un paradigma innovativo di "filtra e perfeziona" su ampi dataset. Per un recupero rapido e accurato dei dati sulla base della somiglianza strutturale, i metodi di filtraggio devono essere indicizzabili. Sono stati utilizzati algoritmi euristici per identificare i candidati più promettenti nella fase di raffinamento della ricerca. I membri del progetto hanno progettato e convalidato con successo il nuovo metodo di filtro FragBag, in cui le proteine sono rappresentate in termini di frammenti dei loro scheletri. Un ricevitore che eseguiva l'analisi delle curve caratteristiche ha convalidato il metodo FragBag per l'accuratezza. I confronti con altri metodi di filtraggio come SGM, STRUCTAL e PRIDE hanno dimostrato la superiorità di FragBag in termini di velocità e accuratezza. Questo metodo copre inoltre la previsione della struttura, dal momento che una struttura è rappresentata come una raccolta di sotto-strutture. Vettori di dimensione fissa permettono la rappresentazione spaziale in 3D della struttura. Gli scienziati di SPSS hanno rivelato proprietà fondamentali mai descritte prima mappando le proteine per studiarne la distribuzione spaziale e la diversità strutturale e funzionale. Una scoperta chiave è stata che la diversità funzionale varia considerevolmente in tutto lo spazio della struttura. I membri di SPSS hanno fornito uno strumento innovativo per studiare e descrivere le strutture delle proteine in dimensioni spaziali. In futuro i ricercatori possono studiare l'evoluzione delle proteine e la relazione tra struttura e funzione utilizzando questo strumento nuovo e unico.
Parole chiave
Proteina, data bank, sistema di ricerca, ricerca strutturale, indicizzabile, filtro FragBag, previsione della struttura, vettore, rappresentazione spaziale, mappatura, relazione struttura-funzione
