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High throughput sequencing to reveal the causes and consequences of Mycobacterium tuberculosis genomic variation

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L'évolution de la tuberculose

Le bacille de la tuberculose a deux visages: celui d'une maladie grave et celui d'une maladie chronique. En exploitant les technologies les plus avancées du séquençage, des chercheurs européens ont pu attribuer cette particularité à sa diversité génomique.

La tuberculose demeure l'une des principales causes de mortalité dans le monde avec près de deux millions de morts chaque année. Malgré de nombreuses recherches, le vaccin du BCG reste le seul moyen de diminuer le risque de maladie bien que sa protection soit limitée dans le temps. La diversité génomique de M. tuberculosis est très élevée et les différentes souches bactériennes sont associées à diverses manifestations cliniques et épidémiologiques de la maladie. La compréhension des facteurs déterminants de l'évolution bactérienne et de leur diversité génomique pourrait avoir des répercussions importantes pour la conception de nouvelles actions thérapeutiques. Le projet MTB VARIATION financé par l'UE a été mis en place afin d'étudier l'évolution de M. tuberculosis et ses caractéristiques. Dans ce cadre, les chercheurs ont séquencé le génome de près de 260 isolats bactériens génétiquement différents récoltés dans diverses parties du monde. L'analyse génomique comparative a permis d'identifier plus de trente mille polymorphismes de nucléotide simple présentant un potentiel thérapeutique. L'analyse évolutionnaire des différentes lignées bactériennes a quant à elle, montré une parfaite corrélation entre les migrations de population humaine et la dynamique évolutive de la bactérie. La réussite de l'espèce humaine au néolithique aurait ainsi permis la propagation concomitante de la bactérie et sa propagation sur toute la planète. De manière intéressante, les chercheurs ont également découvert que M. tuberculosis a réussi à survivre au sein des petits groupes de chasseurs-cueilleurs, probablement sous la forme de souches moins virulentes. Lorsqu'au contraire, le nombre d'hôtes ne représentait plus le facteur limitant, la bactérie s'est probablement transformée pour donner naissance à des souches plus virulentes. L'identification des facteurs génétiques de cette transition pourrait par conséquent fournir une solution thérapeutique et à terme éradiquer la maladie. Ces travaux nous donnent un aperçu sans précédent sur la diversité génomique et l'évolution de M. tuberculosis. De prochaines études axées sur la pression sélective et non sélective de l'environnement pourraient ainsi nous permettre de mieux comprendre la virulence et l'épidémiologie de ce dangereux pathogène.

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