L'UE et la Chine s'associent pour étudier les microbes du plancher marin Des scientifiques de Chine et de l'UE se sont associés pour élargir la compréhension du rôle des ciliés marins benthiques dans leur environnement naturel. Changement climatique et Environnement © Thinkstock Le projet BENTHIC CILIATES («The biodiversity, systematics and guide to the identification of marine benthic ciliates») a étudié la diversité des espèces de ciliés. Les ciliés sont des organismes unicellulaires dotés de structures ressemblant à des poils (les cils). Ils peuvent servir d'indicateurs de la qualité d'un environnement. Mais on sait bien peu de choses sur les ciliés marins benthiques, qui vivent sur le plancher marin. Le projet avait planifié trois tâches principales. Il s'agissait d'étudier la diversité des espèces de ciliés marins benthiques, d'effectuer le séquençage moléculaire de certains taxons, et de réaliser un guide d'identification des ciliés, accessible par le Web. Les chercheurs ont collecté des échantillons de divers types de sédiments le long des côtes sud et nord-est de la Chine, et les ont cultivés en laboratoire. Ils ont alors observé et photographié les ciliés vivants. Ils ont imprégné à l'argent les spécimens, pour révéler leur structure détaillée et rendre permanentes les préparations. Les chercheurs ont utilisé les données morphologiques et statistiques des spécimens vivants et préservés pour identifier 45 espèces de ciliés marins benthiques. Ils ont ensuite étudié la croissance et la différenciation (la morphogenèse) de quatre espèces. Le projet BENTHIC CILIATES a extrait l'ADN et conduit des amplifications en chaîne par polymérase pour 30 espèces, obtenant des données de séquence pour 15 espèces. Il a aussi conduit des analyses phylogénétiques, révélant les relations évolutives entre les groupes d'organismes, pour 10 espèces. Par ailleurs, le projet a étudié la littérature et compilé les données pour créer un guide des ciliés benthiques, accessible librement par le Web. La structure du guide est basée sur un Scratchpad . Le projet a appliqué les trois principaux critères sur lesquels se base la taxonomie moderne des ciliés: la morphologie, la morphogenèse et les molécules. Ceci a conduit à la découverte de 3 nouveaux genres, 11 nouvelles sous-espèces et 19 nouveaux enregistrements pour la Chine. Les données de séquençage moléculaire ont positionné plusieurs espèces avec bien plus de fiabilité que précédemment. Elles ont aussi contribué à démontrer les relations génétiques entre des lieux distants. Ceci permettra de savoir si de tels taxons sont largement répartis ou plutôt localisés. Les travaux du projet BENTHIC CILIATES amélioreront la compréhension de l'importance des ciliés benthiques dans l'écologie microbienne marine, ainsi que leur contribution à la diversité des espèces. Mots‑clés Microbes du plancher marin, ciliés marins benthiques, ciliés, qualité de l'environnement, séquençage moléculaire, morphogenèse, analyses phylogénétiques, relations évolutives, Scratchpad, taxonomie des ciliés, écologie microbienne marine, diversité des es
