Transkriptomanalyse bei Krebs
Als Transkriptom bezeichnet man die Menge aller RNA-Moleküle, einschließlich kodierenden und nicht-kodierenden RNA, die in einer einzelnen Zelle oder einer Population von Zellen gebildet werden. Die Entwicklung neuer Instrumente für die Transkriptom-Quantifizierung erleichtert es, den Prozess der onkogenen Transformation zu entziffern. Ein EU-finanziertes Marie-Curie-Projekt CONTROLNETONCTRANS befasste sich mit der Hypothese, dass der molekulare Pfad bei der Transformation, als ein Netz aus bestimmten Wechselwirkungen, quantifiziert werden und dazu dienen kann, ein Bild für die Phänotypbeschreibung zu erstellen. Ziel des Projektes war es, eine onkogene Transformation mittels Transkriptommodifikationen in vitro zu verfolgen und spezifische Wechselwirkungen innerhalb des Pfades als Grundlage für weitere Studien zu identifizieren. Die Forscher erstellten neue Protokolle, sammelten biologischen Materialien und analysierten diese mit NGS. Die Analyse der Daten aus den in-vitro-Untersuchungen der onkogenen Transformation führte zu dem Schluss, dass der Transkriptionsfaktor GATA-3 bei Brustkrebs eine besondere Rolle spielt. In zusätzlichen Experimenten mit diesem Transkriptionsfaktor wurde die Rolle spezifischer Mutationen festgestellt, die für die Progression und klinische Manifestation von Brustkrebs wichtig sind. Die Identifizierung einer einzigartigen Rolle für Mikro-RNA miR-190b bei ER-negativem Brustkrebs-Phänotyp ist ein weiteres neues Verfahren, um die gemeinsame Expression von Mikro-RNA und Genen zu quantifizieren. Diese molekularen Partnerschaften können dazu genutzt werden, Patienten in klinische Phänotypen einzuteilen. Die Forschungen im Rahmen von CONTROLNETONCTRANS haben den Ansatz zum kompletten Transkriptom validiert, um die Mechanismen der Tumorgenese zu untersuchen. Solche Erkenntnisse könnten unser Verständnis der Transformation bei Krebs verbessern und neue Targets für eine therapeutische Intervention schaffen.
Schlüsselbegriffe
Tumorgenese, Transkriptom, RNA, Next-Generation-Sequenzierung, Mikro-RNA miR-190b
