Analiza transkryptomiczna nowotworów złośliwych Wiedza na temat rozwoju guza jest niezbędna do projektowania racjonalnych terapii przeciwnowotworowych. Nowoczesna biologia molekularna umożliwia badaczom spojrzenie na cały proces zmiany, która zachodzi podczas nowotworzenia, dzięki przeprowadzeniu sekwencjonowania nowej generacji. Zdrowie © Thinkstock Transkryptom to pełny zestaw cząsteczek RNA, kodujących i niekodujących, które powstają w pojedynczej komórce lub w populacji komórek. Tworzenie nowych narzędzi do oznaczeń ilościowych transkryptomu pomaga odtwarzać przebieg transformacji nowotworowej. W ramach programu Marie Curie zainicjowano korzystający z środków finansowych UE projekt CONTROLNETONCTRANS w którym testowano hipotezę, że szlak transformacji molekularnej, jako sieć zdefiniowanych oddziaływań, da się badać ilościowo i wykorzystywać wyniki do tworzenia obrazu fenotypu. Celem projektu było śledzenie transformacji nowotworowej in vitro z użyciem modyfikacji transkryptomu oraz identyfikacja swoistych oddziaływań w obrębie tego szlaku jako podstawy do dalszych badań. Naukowcy ustanowili nowe protokoły, pobrali materiał biologiczny i prowadzili analizę metodą sekwencjonowania nowej generacji. Analiza danych z badań in vitro nad transformacją nowotworową pozwoliła dojść do wniosku, że czynnik transkrypcyjny GATA-3 ma szczególne znaczenie w raku sutka. Dalsze eksperymenty z tym czynnikiem transkrypcyjnym umożliwiły określenie znaczenia swoistych mutacji, krytycznych dla progresji raka sutka i powstania jego objawów klinicznych. Poznanie wyjątkowej roli mikro RNA miR-190b w powstawaniu fenotypu ER ujemnego raka sutka poszerzyło zakres metod oznaczania ilościowego łącznej ekspresji mikro RNA i genów. Te zależności molekularne mogą pomóc w podziale pacjentów według fenotypów klinicznych. Badania projektu CONTROLNETONCTRANS potwierdziły zasadność podejścia opartego na analizie pełnego transkryptomu w badaniu mechanizmów tumorogenezy. Wyniki projektu pogłębią naszą wiedzę na temat transformacji nowotworowej i mogą przyczynić się do stworzenia nowych, celowanych interwencji terapeutycznych. Słowa kluczowe Tumorogeneza, transkryptom, RNA, sekwencjonowanie nowej generacji, mikro RNA, miR-190b