Analiza transkryptomiczna nowotworów złośliwych
Transkryptom to pełny zestaw cząsteczek RNA, kodujących i niekodujących, które powstają w pojedynczej komórce lub w populacji komórek. Tworzenie nowych narzędzi do oznaczeń ilościowych transkryptomu pomaga odtwarzać przebieg transformacji nowotworowej. W ramach programu Marie Curie zainicjowano korzystający z środków finansowych UE projekt CONTROLNETONCTRANS w którym testowano hipotezę, że szlak transformacji molekularnej, jako sieć zdefiniowanych oddziaływań, da się badać ilościowo i wykorzystywać wyniki do tworzenia obrazu fenotypu. Celem projektu było śledzenie transformacji nowotworowej in vitro z użyciem modyfikacji transkryptomu oraz identyfikacja swoistych oddziaływań w obrębie tego szlaku jako podstawy do dalszych badań. Naukowcy ustanowili nowe protokoły, pobrali materiał biologiczny i prowadzili analizę metodą sekwencjonowania nowej generacji. Analiza danych z badań in vitro nad transformacją nowotworową pozwoliła dojść do wniosku, że czynnik transkrypcyjny GATA-3 ma szczególne znaczenie w raku sutka. Dalsze eksperymenty z tym czynnikiem transkrypcyjnym umożliwiły określenie znaczenia swoistych mutacji, krytycznych dla progresji raka sutka i powstania jego objawów klinicznych. Poznanie wyjątkowej roli mikro RNA miR-190b w powstawaniu fenotypu ER ujemnego raka sutka poszerzyło zakres metod oznaczania ilościowego łącznej ekspresji mikro RNA i genów. Te zależności molekularne mogą pomóc w podziale pacjentów według fenotypów klinicznych. Badania projektu CONTROLNETONCTRANS potwierdziły zasadność podejścia opartego na analizie pełnego transkryptomu w badaniu mechanizmów tumorogenezy. Wyniki projektu pogłębią naszą wiedzę na temat transformacji nowotworowej i mogą przyczynić się do stworzenia nowych, celowanych interwencji terapeutycznych.
Słowa kluczowe
Tumorogeneza, transkryptom, RNA, sekwencjonowanie nowej generacji, mikro RNA, miR-190b
