L'analisi del trascrittoma nel cancro
Il trascrittoma è l'insieme di tutte le molecole di RNA, inclusi RNA codificanti e non codificanti, prodotte nella singola cellula o in una popolazione di cellule. Lo sviluppo di nuovi strumenti nella quantificazione del trascrittoma aiuta a decifrare il processo della trasformazione oncogena. Un progetto Marie Curie finanziato dall'UE, CONTROLNETONCTRANS, ha testato l'ipotesi per cui la via molecolare in trasformazione, come rete di interazioni definite, può essere quantificata e utilizzata per costruire un quadro per la descrizione del fenotipo. L'obiettivo del progetto era seguire una trasformazione oncogena in vitro utilizzando le modificazioni del trascrittoma, e identificare specifiche interazioni all'interno del pathway come base per ulteriori studi. I ricercatori hanno creato nuovi protocolli, e hanno raccolto materiali biologici analizzandoli poi tramite NGS. L'analisi dei dati da studi sulle trasformazioni oncogene in vitro ha portato alla conclusione che il fattore di trascrizione GATA-3 sia di particolare importanza nel carcinoma mammario. Esperimenti aggiuntivi con questo fattore di trascrizione hanno identificato il ruolo di mutazioni specifiche che sono fondamentali per la progressione e la manifestazione clinica del carcinoma mammario. L'identificazione di un ruolo unico del microRNA miR-190b nel fenotipo del carcinoma mammario ER-negativo si è aggiunta alle nuove metodologie per quantificare l'espressione congiunta di microRNA e geni. Queste associazioni molecolari possono essere utilizzate per stratificare i pazienti in fenotipi clinici. La ricerca di CONTROLNETONCTRANS ha convalidato l'approccio che considera l'intero trascrittoma per studiare i meccanismi della tumorigenesi. Tali scoperte potrebbero migliorare la nostra comprensione della trasformazione nel cancro, e produrre nuovi target per l'intervento terapeutico.
Parole chiave
Tumorigenesi, trascrittoma, RNA, sequenziamento di nuova generazione, microRNA, miR-190b
