L'obésité génomique et la biodiversité
La taille du génome a une signification écologique qui peut elle-même, façonner la biodiversité d'une niche écologique. Les recherches portant sur les raisons qui ont mené certains génomes à devenir obèses pourraient par conséquent nous donner un aperçu sur les caractéristiques de la biodiversité et ses conséquences. Le projet GENOME OBESITY (Causes and consequences of mechanisms underlying genome size obesity), financé par l'UE, a ainsi exploité les dernières techniques de séquençage pour étudier une plante - Fritillaria - qui présente un génome immense, quinze fois plus grand que celui de l'homme et soixante fois plus que celui du riz. Les chercheurs ont observé un virus qui se présente sous forme d'une répétition de séquence pararétrovirale (FriEPRV) insérée au niveau du centromère de la plupart des chromosomes de la plante. Le fait même que cette séquence soit la plupart du temps au niveau du centromère suggère une insertion parfaitement ciblée. La régulation de l'insertion de ces répétitions de séquences est obtenue par méthylation de l'ADN, un contrôle épigénétique commun des plantes à fleurs. Les recherches ont montré une méthylation très abondante autour des sites d'insertion du pararétrovirus, suggérant ainsi que l'amplification génomique ne résulte pas d'une défaillance du contrôle épigénétique. Les chercheurs du projet ont ensuite recherché les composants génétiques de la voie de méthylation et montré que tous les gènes impliqués dans ce processus étaient présents. À titre de comparaison, les conifères, qui possèdent également un très grand génome tout comme les plantes à fleurs, ont une voie de contrôle épigénétique dont certains éléments sont absents. Au total, ces résultats suggèrent que l'obésité génomique pourrait être attribuée à un processus de contrôle de la méthylation trop efficace plutôt qu'à un processus déficient. Cette hypothèse est actuellement testée dans le cadre d'un projet de suivi en collaboration avec les Jardins Botaniques Royaux de Kew à Londres. Ces travaux permettront d'améliorer l'excellence européenne dans le domaine de la caractérisation des variations génétiques et la reconnaissance des facteurs qui façonnent leur diversité. Ce qui devrait avoir un impact sur les politiques de conservation de nos ressources génétiques. La plateforme d'information améliorera également notre compréhension des processus génomiques exploitables pour l'amélioration des cultures, un avantage dont les compagnies du secteur agronomique sauront profiter.
