Polieuploidia i bioróżnorodność
Rozmiar genomu jest istotny z punktu widzenia ekologii, która z kolei kształtuje bioróżnorodność. Badanie przyczyn, dla których niektóre genomy mają szczególnie duże DNA, może więc pomóc scharakteryzować bioróżnorodność i jej konsekwencje. Uczestnicy finansowanego przez UE projektu GENOME OBESITY (Causes and consequences of mechanisms underlying genome size obesity) użyli sekwencjonowania nowej generacji, aby zbadać pewną roślinę — szachownicę — z ogromnym genomem, 15 razy większym niż ludzki i 60 razy większy niż genom ryżu! Uczestnicy projektu zwrócili uwagę na wirusa, a właściwie powtórzenie pararetrowirusowe (FriEPRV), które ulega insercji w centromerze większości chromosomów szachownicy. Już sam fakt, że FriEPRV znajduje się w centromerze, wskazuje na insercję celowaną. Powtarzalna insercja może być regulowana poprzez metylację DNA, która generalnie jest metodą kontroli epigenetycznej u roślin okrytonasiennych. Badanie umożliwiło odkrycie licznych metylacji w obrębie miejsc insercji, co sugeruje, że amplifikacja genomu nie jest wynikiem załamania kontroli epigenetycznej. Naukowcy z projektu GENOME OBESITY zwrócili uwagę na elementy genetyczne szlaku metylacji i odkryli, że wszystkie geny były obecne. Dla porównania, rośliny nagonasienne, mające równie duże genomy jak rośliny okrytonasienne, nie posiadają pewnych elementów szlaku kontrolnego. Generalnie, wyniki wskazują, że duży genom, w przeciwieństwie do nieprawidłowego, wyposażony jest w nader skuteczny szlak kontroli metylacyjnej. Ta hipoteza jest badana w ramach projektu następczego we współpracy z Królewskimi Ogrodami Botanicznymi Kew w Londynie. Wyniki projektu GENOME OBESITY zwiększą kompetencje europejskich badaczy w dziedzinie charakteryzowania zmienności oraz znajomości czynników kształtujących różnorodność roślin. Może to wpłynąć na tworzenie polityki ochrony zasobów genetycznych. Platforma informacyjna zwiększy również wiedzę o możliwościach genomiki w polepszaniu plonów, na czym zyskają przedsiębiorstwa rolnicze.
