Mettre en image les chromosomes végétaux
L'organisation physique du génome au sein du noyau est importante pour de nombreux processus cellulaires. Comprendre l'arrangement des chromosomes qui constituent le génome aidera les scientifiques à mieux comprendre les processus au sein de la cellule. Hi-C est une méthode de pointe utilisée pour analyser comment les chromosomes sont arrangées dans l'ensemble du génome. Elle utilise le séquençage d'ADN de prochaine génération pour visualiser l'arrangement des chromosomes au sein du noyau. Financée par l'UE, l'initiative CPIP (Chromosome packing in plants) a étudié le génome de la plante Arabidopsis thaliana et des espèces apparentées en utilisant la technique Hi-C. En utilisant la méthode Hi-C ainsi que des modèles informatiques, CPIP a créé une carte à haute résolution et une bibliothèque de Hi-C du génome d'Arabidopsis thaliana. Les scientifiques ont ensuite comparé ce génome à celui d'autres plantes et animaux. L'étude a découvert que la chromatine d'Arabidopsis thaliana (les amas complexes de protéines et d'ADN) est emballée différemment par rapport à la chromatine des animaux. Les chercheurs ont aussi démontré que les interactions intra-chromosomiques sont plus élevées dans certaines régions du génome que dans d'autres. Ces découvertes ont permis de comprendre la structure du génome et ont permis aux scientifiques de créer de meilleurs hybrides de la plante Arabidopsis thaliana avec d'autres espèces. Une analyse complète de Hi-C des plantes hybrides ont aidé les scientifiques à identifier de nouvelles régions et des ré-arrangements dans le génome de la plante. Ces nouvelles techniques ont déjà été utilisées dans plusieurs collaborations européennes et dans d'autres études génomiques. CPIP a contribué à mieux comprendre l'organisation génomique des plantes et des animaux.
Mots‑clés
Chromosomes, organisation génétique, cellules végétales, génome, Hi-C, Arabidopsis thaliana
