Wgląd w chromosomy roślin
Fizyczna organizacja genomu w jądrze jest ważna dla przebiegu wielu procesów komórkowych. Zbadanie uporządkowania chromosomów, które łącznie składają się na genom, pomoże naukowcom lepiej zrozumieć procesy zachodzące w komórce. Hi-C jest przełomową metodą analizy upakowania chromosomów w skali całego genomu. Korzysta z sekwencjonowania DNA nowej generacji, aby zwizualizować uporządkowanie chromosomów w jądrze. Uczestnicy finansowanej przez UE inicjatywy CPIP (Chromosome packing in plants) badali przy użyciu techniki Hi-C genom rośliny Arabidopsis thaliana i pokrewnych jej gatunków. Korzystając z technologii Hi-C i modelowania komputerowego udało się w ramach projektu CPIP stworzyć mapę o dużej rozdzielczości i bibliotekę Hi-C genomu Arabidopsis thaliana. Następnie naukowcy porównali ten genom do innych genomów roślinnych i zwierzęcych. W badaniu stwierdzono, że chromatyna (złożony układ DNA i białek) u Arabidopsis thaliana jest upakowana inaczej, niż w przypadku zwierząt. Wykazano ponadto, że oddziaływania w obrębie chromosomu w niektórych regionach genomu roślinnego są silniejsze niż w innych. Zaawansowana wiedza na temat struktury genomu umożliwiła też badaczom skuteczniejsze tworzenie hybryd między Arabidopsis thaliana a innymi roślinami. Wszechstronna analiza Hi-C roślin hybrydowych umożliwiła identyfikację kolejnych regionów i przetasowań genomu roślinnego. Te nowo odkryte techniki zostały już zastosowane podczas wielu wspólnych projektów europejskich i innych badań nad genomem. Projekt CPIP przyczynił się do poszerzenia wiedzy na temat organizacji genomu u roślin i zwierząt.
Słowa kluczowe
Chromosomy, organizacja genetyczna, komórki roślinne, genom, Hi-C, Arabidopsis thaliana
