Descrivere i cromosomi delle piante
L’organizzazione fisica del genoma all’interno del nucleo è importante per molti processi cellulari. Per comprendere meglio i processi all’interno della cellula, per gli scienziati sarebbe utile comprendere la disposizione dei cromosomi che formano il genoma. Hi-C è un metodo d’avanguardia utilizzato per analizzare come i cromosomi siano impaccati a livello di intero genoma. Si serve di un sequenziamento del DNA di ultimissima generazione, per visualizzare la disposizione dei cromosomi all’interno del nucleo. L’iniziativa CPIP (Chromosome packing in plants), finanziato dall’UE, ha studiato il genoma delle piante di Arabidopsis thaliana e i loro affini, avvalendosi della tecnica Hi-C. Per mezzo di Hi-C e della modellizzazione al computer, CPIP ha creato una mappa ad alta risoluzione e una libreria Hi-C del genoma dell’Arabidopsis thaliana. Gli scienziati hanno quindi confrontato tale genoma a quello di altre piante e animali. Lo studio ha scoperto che la cromatina dell’Arabidopsis thaliana (fasci complessi di proteina e DNA) è impaccata in schemi diversi rispetto a quelli osservati negli animali. Ha anche dimostrato che le interazioni tra cromosomi sono superiori in alcune regioni del genoma della pianta rispetto ad altre. Questo approfondimento delle conoscenze riguardo alla struttura del genoma ha anche consentito ai ricercatori di creare ibridi vegetali più riusciti tra Arabidopsis thaliana e altre piante. Un’analisi completa con Hi-C delle piante ibride ha aiutato gli scienziati a identificare nuove regioni e ridisposizioni nel genoma della pianta. Queste tecniche appena sviluppate sono già state utilizzate in varie collaborazioni europee e altri studi sul genoma. CPIP ha contribuito a comprendere più a fondo l’organizzazione del genoma nelle piante e negli animali.
Parole chiave
Cromosomi, organizzazione genetica, cellule vegetali, genoma, Hi-C, Arabidopsis thaliana
