Determinar la estructura de los cromosomas vegetales
La organización física del genoma dentro del núcleo de la célula es vital para una gran variedad de procesos celulares. Por tanto, comprender la organización de los cromosomas que configuran el genoma ayudará a la comunidad científica a tener una idea más completa de los procesos que tienen lugar dentro de la célula. La Hi-C es una técnica puntera empleada para analizar cómo están organizados los cromosomas a escala del genoma completo. Esta emplea la secuenciación de ADN de nueva generación para visualizar la organización de los cromosomas dentro del núcleo. El proyecto financiado por la Unión Europea CPIP (Chromosome packing in plants) estudió el genoma de la especie vegetal Arabidopsis thaliana y de sus parientes más cercanos empleando la técnica Hi-C. Los socios de CPIP desarrollaron un mapa de alta resolución y una biblioteca Hi-C del genoma de Arabidopsis thaliana empleando la técnica Hi-C y modelos informáticos. Posteriormente, estos compararon este genoma con el genoma de otras plantas y animales. El estudio permitió descubrir que la cromatina (un conjunto de filamentos de ADN y proteínas) en Arabidopsis thaliana presenta un patrón de empaquetamiento diferente al observado en animales. Los investigadores también descubrieron que las interacciones intracromosómicas son más frecuentes en algunas regiones del genoma de la planta que en otras. Esta mejor comprensión de la estructura del genoma también permitió a los investigadores desarrollar híbridos más eficaces entre Arabidopsis thaliana y otras especies vegetales. Además, un análisis Hi-C detallado del genoma de estas plantas híbridas les ayudó a identificar nuevas regiones y reorganizaciones en el genoma vegetal. Estas nuevas técnicas desarrolladas ya han sido empleadas en varias colaboraciones europeas y en otros estudios del genoma. Además, el proyecto CPIP ha contribuido a mejorar la comprensión de la organización del genoma en plantas y animales.
Palabras clave
Cromosomas, organización genética, células vegetales, genoma, Hi-C, Arabidopsis thaliana
