Un réseau de formation pour lutter contre les agents pathogènes des poissons d'élevage
L'aquaculture est devenue une industrie particulièrement importante en raison de la surexploitation des stocks de poisson sauvage. Malheureusement, des agents pathogènes communs comme Saprolegnia parasitica et Saproleginia diclinia ont proliféré depuis l'interdiction du vert de malachite en 2002. S. parasitica et S. diclinia sont deux oomycètes, autrement dit des micro-organismes eucaryotes appartenant à la famille des pseudo-champignons filamenteux, qui infectent les poissons et leurs œufs. L'objectif général du projet SAPRO (Sustainable approaches to reduce oomycete (Saprolegnia) infections in aquaculture), financé par l'UE, était de créer un réseau de formation pour les futurs chercheurs désireux de développer des méthodes durables de traitement de Saprolegnia. Ce réseau de formation a étudié les facteurs écologiques, moléculaires, immunologiques et biochimiques sous-tendant les interactions hôte-pathogène et formé dix chercheurs en début de carrière et trois chercheurs expérimentés. Les partenaires du projet ont identifié plusieurs cibles enzymatiques susceptibles de permettre le contrôle des agents pathogènes et analysé la composition de la paroi cellulaire de plusieurs oomycètes pathogènes en s'appuyant sur la protéomique quantitative. Sur les 1655 protéines identifiées de la membrane plasmatique, plusieurs ont été sélectionnées pour des études de lutte contre l'agent pathogène. Dans ces études, les chercheurs ont identifié des molécules touchant la croissance de S. parasitica et examiné celles qui affectaient spécifiquement les protéines cibles préalablement sélectionnées. De nouveaux marqueurs morphologiques ont également été développés pour identifier les différentes espèces et populations de micro-organismes. Une nouvelle espèce pathogène des œufs de salmonidés (S. australis) a ainsi été découverte et les chercheurs ont déterminé son taux de résistance au bronopol. Des marqueurs moléculaires ont par ailleurs été analysés dans deux études de cas en Espagne et dans les pays baltes. Les partenaires du projet ont également généré une collection unique de Saprolegnia contenant près de 1000 spécimens et une banque ADN de plus de 3 000 échantillons représentant la plus grande partie de ce groupe. Cette collection a permis de réaliser la première taxonomie moléculaire de cette famille, s'appuyant sur des unités taxonomiques moléculaires opérationnelles (MOTU), qui permettra une identification plus rapide et plus précise des espèces les plus importantes d'un point de vue économique de Saprolegnia. Les partenaires du projet ont également étudié la pathologie et l'infectiosité des espèces de Saprolegnia dans les diverses espèces de poissons et leurs œufs. Cette étude apporte des informations essentielles quant aux possibles modes de résistance à Saprolegnia, un préalable essentiel pour une meilleure sélection de résistance des poissons. Les chercheurs ont de plus étudié le lien existant entre le statut immunitaire de l'hôte (saumon de l'atlantique et truite arc-en-ciel) et la capacité de l'agent pathogène à établir l'infection. Ils ont également abordé la gestion des maladies, à la recherche de micro-organismes bénéfiques dans les cultures d'œufs de saumon qui pourrait entrer en compétition avec la croissance de Saprolegnia. Ces espèces bénéfiques comprennent par exemple des actinobactéries, du genre Frondihabitans (microbacteries), inhibant la fixation de Saprolegnia sur les œufs de saumon. Ces résultats apportent de nouveaux moyens pour combattre la saprolégniose et probablement d'autres pathologies du même type. Une vidéo du projet est disponible en ligne.
Mots‑clés
Saprolegnia parasitica, Saprolegnia diclinia, aquaculture, SAPRO, oomycète, Saprolegnia australis, unités taxonomiques moléculaires opérationnelles, actinobactéries
