Les médicaments candidats présélectionnés sur la base des charges spécifiques aux protéines
Plusieurs maladies sont dues à une protéine anormale et la modulation de l'activité protéique avec de petites molécules thérapeutiques pourrait s'avérer efficace. L'efficacité optimale d'un médicament candidat dépend souvent de sa capacité à s'ancrer sur la molécule cible. L'optimisation principale règle les propriétés d'un médicament potentiel afin d'accroître son lien et sa puissance. Les récents progrès en matière de logiciel de théorie de la fonctionnelle de la densité à l'échelle linéaire (DFT) ont permis une simulation mécanique quantique de biomolécules constituées de milliers d'atomes et même de grandes protéines. Financé par l'UE, le projet PSCDD (Protein-specific charges for drug discovery) a utilisé le logiciel de théorie de la fonctionnelle de la densité à l'échelle linéaire (DFT) pour en déduire les paramètres d'une protéine cible entière directement à partir d'une simulation mécanique quantique simple. Prendre en compte la polarisation de l'état natif de la protéine dans la détermination de la procédure du champ de force améliorera le processus de découverte de médicaments en concevant les composés les plus prometteurs. Les chercheurs du PSCDD se sont concentrés sur l'inhibition de la protéine transcriptase VIH-1 inverse et ont utilisé deux modules logiciels complémentaires afin d'étudier les facteurs affectant la liaison protéine-ligand. Ils ont également mis en place une procédure améliorée d'échantillonnage, incluse dans la dernière version du logiciel, pour apporter une meilleure efficacité. Une bibliothèque de paramètres liants cohérents avec ceux du champ de force non-lié dérivé a été mise au point. La validation de ces paramètres se poursuit par rapport aux inhibiteurs de kinase p38 mesurés de manière expérimentale. Ces travaux seront publiés. La diffusion des informations repose sur 11 autres documents, une présentation donnée lors de 14 séminaires et deux conférences: American Chemical Society et Psi-K electronic structure. . La synergie entre le calcul et l'expérience a été confirmée et les méthodes développées par le projet pourraient être adoptées à grande échelle par le secteur pharmaceutique.
Mots‑clés
Médicaments candidats, charges protéiques spécifiques, molécule cible, optimisation principale, PSCDD
