Des outils pour le profilage de la microflore
Les preuves suggèrent qu'une perturbation de la microflore intestinale est associée à une maladie intestinale et à d'autres conditions telles que le syndrome métabolique, la stéatose hépatique non alcoolique et le diabète. L'identification de la diversité de la flore intestinale s'appuie traditionnellement sur une stratégie qui détecte l'ADN ribosomique 16S. Ce gène est présent de manière universelle et a été utilisé pour faire la distinction entre les taxa. Toutefois, cette approche n'a pas encore été testée cliniquement ou n'a pas encore été utilisée pour faire la distinction entre les levures et les parasites. La portée du projet GUT18S (Comprehensive molecular analysis and differentiation of the eukaryotic microbiota in faecal samples from human cohorts to establish the role of intestinal eukaryotes in health and disease), financé par l'UE, était de développer des outils basés sur l'ADN pour la détection complète et la différentiation des organismes procaryotiques et eucaryotiques dans des échantillons humains. Pour atteindre cet objectif, les chercheurs ont mis au point un outil de diagnostic hautement standardisé d'une sensibilité et d'une résolution sans précédent avec une grande applicabilité. Cet outil s'appuie sur l'identification de l'ADN ribosomique 18S initialement par réaction en chaîne de polymérase suivie d'un séquençage de la nouvelle génération. Cette approche permet d'éviter l'amplification de l'ADN humain, mais peut détecter l'ADN eucaryote des parasites capables de coloniser les intestins de l'homme pendant des années sans provoquer de symptômes. Les analyses de données ont été réalisées par un outil bioinformatique sophistiqué, le logiciel BION. Grâce à ces outils, les scientifiques ont montré que les parasites intestinaux unicellulaires, tels que la blastocystis et le dientamoeba, sont courants dans une population avec un contexte de fond sain. Même si son importance pour la santé n'est pas claire, la colonisation avec le blastocyste s'est avérée chronique surtout chez les individus sains par rapport aux patients souffrant de maladies inflammatoires des intestins ou du côlon irritable. Ils ont en outre découvert que le blastocyste était associé à certaines communautés microbiennes. L'approche GUT18S a été mise en œuvre dans les laboratoires de microbiologie clinique comme un nouveau service de diagnostic, facilitant la détection complète et la différenciation des bactéries, des champignons et des parasites chez les échantillons de patients. Les partenaires attendent que ce service gagne rapidement de l'ampleur, devenant un outil indispensable dans le profilage de la microflore intestinale.
Mots‑clés
Microflore, parasites, GUT18S, ADN ribosomique 18S, blastocyste
