Strumenti per la profilazione del microbiota
Evidenze crescenti indicano che le perturbazioni del microbiota sono associate a malattie intestinali e ad altre condizioni, come la sindrome metabolica, la steatosi epatica non alcolica e il diabete. L’identificazione della diversità della microflora intestinale si basa tradizionalmente su una strategia che rileva il DNA ribosomale 16S. Questo gene è universalmente presente ed è stato impiegato per distinguere tra le varie taxa. Questo approccio, tuttavia, non è stato testato clinicamente né per ottenere una distinzione tra lieviti e parassiti. Il progetto GUT18S (Comprehensive molecular analysis and differentiation of the eukaryotic microbiota in faecal samples from human cohorts to establish the role of intestinal eukaryotes in health and disease), finanziato dall’UE, si è proposto di sviluppare strumenti basati sul DNA per rilevare e differenziare in modo esaustivo gli organismi procarioti ed eucarioti nei campioni umani. A questo scopo, i ricercatori hanno sviluppato uno strumento diagnostico altamente standardizzato di sensibilità e risoluzione senza precedenti, con un’elevata applicabilità. Questo strumento si basa sull’identificazione del DNA ribosomale 18S, inizialmente tramite la reazione della catena polimerasi e in seguito mediante il sequenziamento di nuova generazione. Questo approccio evita l’amplificazione del DNA umano ma riesce a rilevare il DNA eucariota dei parassiti che possono colonizzare l’intestino umano anche per anni senza provocare alcun sintomo. Le analisi dei dati sono state eseguite grazie a un sofisticato strumento di bioinformatica, il software BION. Grazie a questi strumenti, gli scienziati hanno mostrato che i parassiti intestinali monocellulari, come il Blastocystis e la Dientamoeba, sono comuni nella popolazione sana. Benché il suo significato per la salute non sia ancora chiaro, la colonizzazione del Blastocystis si è rivelata cronica soprattutto negli individui sani, rispetto ai pazienti affetti da malattie infiammatorie intestinali e dalla sindrome dell’intestino irritabile. Il team, inoltre, ha scoperto che il Blastocystis è associato ad alcune comunità microbiche. L’approccio GUT18S è stato implementato nei laboratori di microbiologia clinica come nuovo servizio diagnostico, facilitando la rilevazione completa e la differenziazione di batteri, funghi e parassiti nei campioni dei pazienti. I partner prevedono che questo servizio otterrà grande successo e ritengono che sia destinato a diventare uno strumento indispensabile per la profilazione del microbiota intestinale.
Parole chiave
Microbiota, parassiti, GUT18S, DNA ribosomale 18S, Blastocystis
