Narzędzia do tworzenia profili flory bakteryjnej
Zgromadzone dotąd dane wskazują, że zaburzenia mikroflory jelitowej przyczyniają się do występowania chorób jelit oraz innych narządów, w tym zespołu metabolicznego, niealkoholowej stłuszczeniowej choroba wątroby czy cukrzycy. Współczesne badania różnorodności flory bakteryjnej jelit polegają na wykrywaniu 16S rDNA. Ten wszechobecny gen jest wykorzystywany do rozróżniania taksonów. Jednakże takie podejście nie zostało sprawdzone klinicznie i nie nadaje się do wykrywania drożdżaków i pasożytów. Celem finansowanego z funduszy UE projektu GUT18S (Comprehensive molecular analysis and differentiation of the eukaryotic microbiota in faecal samples from human cohorts to establish the role of intestinal eukaryotes in health and disease) było stworzenie opartych na DNA narzędzi umożliwiających skuteczne wykrywanie i różnicowanie organizmów prokariotycznych i eukariotycznych w próbkach materiału ludzkiego. Aby osiągnąć ten cel, badacze opracowali wysoce ustandaryzowane narzędzie diagnostyczne o niespotykanej dotąd czułości i rozdzielczości oraz szerokim spektrum zastosowań. Narzędzie to umożliwia identyfikację 18S rDNA najpierw w drodze reakcji łańcuchowej polimerazy, a następnie sekwencjonowania nowej generacji. Ta metoda pozwala uniknąć amplifikacji ludzkiego DNA i jednocześnie wykrywać DNA eukariotycznych komórek pasożytów, które potrafią przez lata żyć w ludzkich jelitach, nie wywołując żadnych objawów. Do analizy danych zastosowano najnowocześniejsze narzędzia bioinformatyczne i oprogramowanie BION. Korzystając z tych narzędzi, naukowcy udowodnili, że jednokomórkowe pasożyty jelitowe, takie jak pierwotniaki Blastocystis i Dientamoeba, są powszechnie obecne w uznawanych za zdrowe populacjach. Mimo że ich wpływ na zdrowie człowieka nie jest jasny, przewlekła kolonizacja pierwotniakami Blastocystis częściej występuje u osób zdrowych niż u pacjentów cierpiących na nieswoiste zapalenia jelit czy zespół jelita drażliwego. Ponadto naukowcy odkryli, że pierwotniaki Blastocystis są powiązane z określonymi systemami mikrobiologicznymi. Metoda opracowana w ramach badania GUT18S została zastosowana w klinicznych laboratoriach mikrobiologicznych jako nowa usługa diagnostyczna umożliwiająca skuteczne wykrywanie i różnicowanie bakterii, grzybów i pasożytów w próbkach pobranych od pacjentów. Partnerzy projektu uważają, że usługa ta szybko zdobędzie popularność i stanie się niezastąpionym narzędziem do tworzenia profili mikroflory jelitowej.
Słowa kluczowe
Flora bakteryjna, pasożyty, GUT18S, 18S rybosomalne DNA, blastocystoza
