Objectif
The development of Next Generation Sequencing (NGS) methods has enabled a precise identification of the enteric flora in humans and animals, partly owing to a 16S (bacterial small subunit ribosomal DNA) strategy. However, our insight into eukaryotic endobiotic organisms remains relatively limited. Molecular biological studies of genomic DNA extracted from faecal samples have given us an idea of the diversity among parasites and yeasts present in the human intestinal tract. This knowledge is necessary in order to expand on our understanding of the evolution, ecology and, perhaps most importantly, clinical significance of intestinal eukaryotic organisms, many of which may colonise the host for months or even years, and to evaluate our ability to detect them using current state-of-the-art methods. This insight is, however, still reached primarily by PCR and dideoxy-/Sanger sequencing despite the many limitations of this technology.
To date, there have been no studies employing NGS methods for the investigation of the diversity of endobiotic eukaryotes. This is probably partly due to the fact that a broad 18S strategy – similar to the 16S strategy – involves unwanted amplification of human DNA. However, at the Laboratory of Parasitology, Statens Serum Institut, we have developed an 18S PCR method, which avoids amplification of human DNA. This means that PCR products can be analysed using NGS technology and bioinformatics tools without spending resources on data which have no or little interest. We now wish to validate and use this method to investigate the diversity of the human, eukaryotic enteric flora from different cohorts, including patients with inflammatory bowel disease (IBD), irritable bowel syndrome (IBS), non-IBD/non-IBS diarrhoea and healthy individuals. The results are expected to have a vast impact on the clinical and diagnostic management of intestinal endosymbionts, and to assist in further clarifying the role of these organisms in health and disease.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences naturelles sciences biologiques génétique ADN
- sciences médicales et de la santé sciences de la santé parasitologie
- sciences médicales et de la santé médecine clinique gastroentérologie maladie inflammatoire chronique de l’intestin
- sciences naturelles sciences biologiques écologie
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
FP7-PEOPLE-2012-CIG
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Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
MC-CIG - Support for training and career development of researcher (CIG)
Coordinateur
2300 Kobenhavn S
Danemark
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.