Des vaccins personnalisés contre le cancer
Le cancer émerge tel un ensemble dynamique à l’origine d’une hétérogénéité génétique massive. Cela entraîne souvent une résistance au traitement et pose un problème majeur pour la conception d’un vaccin contre le cancer. Pour renforcer l’efficacité des vaccins personnalisés contre le cancer, il est donc essentiel de caractériser avec précision l’hétérogénéité intra-tumorale. Les vaccins contre le cancer sont conçus pour cibler des mutations propres à la tumeur d'un patient spécifique. Pour ce faire, il est essentiel d’identifier les variations mononucléotidiques (VMN) de la tumeur en question. Dès que ces VMN sont identifiées avec précision, les chercheurs peuvent sélectionner les épitopes les plus immunogènes et les utiliser dans les vaccins thérapeutiques. Pour renforcer l’efficacité des vaccins anti-cancer, le projet SCA4PCV financé par l’UE a mis au point des méthodes expérimentales et de calcul permettant d'étudier et de mesurer l’hétérogénéité intra-tumorale. Le groupe du projet SCA4PCV a mis au point un logiciel de pointe pour les applications cliniques destiné à la détection des VMN et à l’analyse de l’hétérogénéité intra-tumorale. Le logiciel exploite une nouvelle catégorie d’algorithmes statistiques permettant une analyse exceptionnellement précise de l’exome de la tumeur. Les résultats de la détection des VMN ont pu être reproduits d'un patient à l’autre quelle que soit la pureté de l'échantillon ou la complexité du génome de la tumeur. Cette approche a été validée dans de nombreux échantillons et s’est avérée efficace pour les applications cliniques automatisées à haut débit. Dans une autre partie du projet, les chercheurs ont mis au point une technique d'imagerie de cellule isolée pour estimer la précision du tri des cellules isolées par cytométrie de flux. Cette méthode est nécessaire pour une identification précise des sous-populations de cancer. Par ailleurs, grâce à la micro-dissection laser, l’équipe a pu récupérer le matériel génétique de cellules isolées et de populations cellulaires à partir de sections tumorales en vue de valider l’analyse de l'hétérogénéité intra-tumorale. Dans l’ensemble, les outils SCA4PCV favorisent une étude de l’hétérogénéité intra-tumorale rentable et rapide. La mise en œuvre de ces outils devrait améliorer le diagnostic du patient, leur classement et l’efficacité des vaccins personnalisés contre le cancer.
Mots‑clés
Vaccin contre le cancer, immunothérapie, variation mononucléotidique, hétérogénéité intra-tumorale, SCA4PCV, logiciel
