Vaccini anticancro personalizzati
Il cancro si sta rivelando un’entità dinamica che produce una vasta eterogeneità genetica. Tale carattere porta spesso all’elusione del trattamento e pone una notevole sfida alla progettazione di vaccini anticancro. Per potenziare i vaccini anticancro terapeutici personalizzati, è quindi auspicabile caratterizzare con precisione l’eterogeneità intratumorale. I vaccini anticancro sono adattati per prendere di mira mutazioni specifiche di un dato tumore, proprie di un determinato paziente. Un passaggio fondamentale della progettazione di vaccini anticancro personalizzato comporta l’identificazione delle variazioni a singolo nucleotide (SNV) nel tumore del paziente. Dopo aver identificato con precisione le SNV, gli scienziati possono selezionare gli epitopi più immunogenici e servirsene in vaccini terapeutici. Per aumentare l’efficacia dei vaccini anticancro, il progetto SCA4PCV, finanziato dall’UE, ha sviluppato metodi sperimentali e computazionali per studiare e misurare l’eterogeneità tumorale. Il consorzio SCA4PCV ha sviluppato un avanzatissimo software per applicazioni cliniche, finalizzato alla rilevazione di SNV e all’analisi dell’eterogeneità intratumorale. Il software utilizza una nuova classe di algoritmi statistici che forniscono un’analisi straordinariamente precisa dell’esoma del tumore. È stato dimostrato che l’esecuzione della rilevazione delle SNV è riproducibile da paziente a paziente, indipendentemente dalla purezza del campione tumorale o dalla complessità del genoma tumorale. Questo approccio è stato ampiamente confermato in molti campioni e si è dimostrato idoneo ad applicazioni cliniche automatiche massive ad alta intensità di elaborazione. In un’altra parte del progetto, gli scienziati hanno sviluppato una tecnica di acquisizione di immagini a singola cellula, per stimare la precisione della separazione di singole cellule tramite citometria a flusso. Tale metodo è indispensabile per identificare in modo accurato le sottopopolazioni oncologiche. Inoltre, mediante la microdissezione laser, il team è riuscito a ottenere materiale genomico da singole cellule e popolazioni di cellule ricavate da sezioni di tumore, come prova di concetto per la successiva analisi di eterogeneità intratumorale. Nel loro insieme, gli strumenti SCA4PCV supportano le indagini sull’eterogeneità intratumorale in modo efficiente in termini di costi e ad alta intensità di elaborazione. Si prevede che l’introduzione di tali strumenti migliorerà la diagnosi di cancro, la stratificazione dei pazienti e l’efficacia di vaccini anticancro personalizzati.
Parole chiave
Vaccino anticancro, immunoterapia, variazione a singolo nucleotide, eterogeneità intratumorale, SCA4PCV, software