Hübner utiliza los vínculos entre la cohesión y los objetivos de Lisboa para justificar los fondos regionales
La Comisaria de Política Regional de la UE, Danuta Hübner, ha establecido comparaciones entre los objetivos de la estrategia de Lisboa y las prioridades en el gasto destinado a la cohesión. También utilizó estos vínculos para pedir a las instituciones de la UE que alcancen un acuerdo rápido sobre las perspectivas financieras de la UE de tal forma que se proporcionen los fondos adecuados para abordar estos objetivos comunes. Se han reservado en torno a 265.000 millones de euros, para el periodo entre 2000 y 2006, de las inversiones procedentes de los Fondos Estructurales y otros instrumentos para asistir a las regiones más pobres de la UE y a aquellas con dificultades estructurales. Esta cifra representa una tercera parte del presupuesto de la UE. Un reciente informe del instituto tecnológico danés evaluó las similitudes entre la estrategia de Lisboa y las prioridades del gasto en cohesión y, descubrió que, más del 50 por ciento de las inversiones de los Fondos Estructurales, una de las piezas claves de la política de cohesión, se destina hacia iniciativas del "tipo de Lisboa." La adjudicación de la "reserva de eficacia" muestra también el nivel de inversión de los Fondos Estructurales que se destina a la investigación y la innovación e indica cuánto éxito han tenido estas iniciativas. La reserva de eficacia fue aprobaba para el periodo programado entre 2000 y 2006. Constituye el cuatro por ciento de las asignaciones que se adjudican a cada Estado miembro y se mantiene en reserva hasta una fecha límite, en la que es distribuida a los programas que han tenido mayor notoriedad del país. Como declara el tercer informe intermedio sobre la cohesión: "Muchos Estados miembros utilizaron la reserva de eficacia para consolidar su apoyo a la economía basada en el conocimiento a través de la cooperación entre los institutos de investigación y las empresas, el desarrollo de agrupaciones de negocio y centros de investigación, la inversión en el acceso a la banda ancha, el desarrollo de estrategias regionales de innovación y la formación de investigadores, así como para proyectos de investigación aplicada." La reserva de eficacia fue utilizada también en algunos países como apoyo al espíritu empresarial a través de la adjudicación de subvenciones a las empresas de nueva creación y a las pequeñas empresas innovadoras. Este enfoque coincide con la voluntad de los jefes de Estado y Gobierno de la UE, quienes en marzo de 2005 instaron a los actores regionales y locales, entre otros, a que mostraran más pertenencia a la estrategia de Lisboa, y a participar activamente en la consecución del objetivo de Lisboa de convertir a Europa en la economía más competitiva del mundo para 2010. En el Consejo de Primavera de 2005 se destacó también la necesidad de polos y asociaciones de innovación a nivel regional y local, y se reclamó una redistribución de la ayuda estatal a favor de ciertos objetivos horizontales como la investigación, la innovación y una sociedad de la información inclusiva.