Une bio-informatique personnalisée pour le cancer
Plusieurs initiatives mondiales comme l’Atlas du génome du cancer et le Consortium international du génome du cancer ont permis de caractériser avec succès les génomes de milliers de cas des types de cancer les plus courants. Cette analyse a fourni un paysage mutationnel du cancer humain, générant d’importantes informations biologiques et cliniques. Il faut noter que ces connaissances ont un impact immédiat sur le diagnostic, le contrôle et le traitement du cancer. Le projet PanCanRisk, financé par l’UE, visait à exploiter les nombreuses données existantes sur le cancer génomique disponibles aujourd’hui pour renforcer la recherche de nouveaux gènes de susceptibilité. Comme l’explique la Dre Ceres Fernandez-Rozadilla, membre du projet, «PanCanRisk est centré sur l’idée du cancer comme maladie présentant des caractéristiques moléculaires très spécifiques, quel que soit le lieu où il se déclare. Il est donc plausible de supposer que la susceptibilité génétique est commune à différents types de cancer». Des analyses pan-cancer Le consortium PanCanRisk a rassemblé des experts en bio-informatique, en statistique, en science expérimentale et clinique. Les partenaires ont développé des outils bio-informatiques pour exploiter les ensembles de données disponibles sur le cancer à grande échelle afin de découvrir de nouvelles variantes génétiques et les gènes impliqués dans la susceptibilité au cancer. Ces dernières ont été largement validées dans deux autres cohortes indépendantes et, après des analyses fonctionnelles fiables, elles semblent être impliquées dans le développement de la maladie. L’un des clous du projet est le pipeline eDiVa, qui intègre une base de données sur les maladies avec plusieurs nouveaux outils de prévision et de contrôle de la qualité. À une époque où l’information génomique est devenue une pratique quotidienne pour les cliniciens, eDiVa peut être utilisé pour les aider dans le diagnostic, la prise de décision et le choix du traitement en leur permettant d’interpréter plus efficacement l’information génomique. eDiVa est distribué sous licence libre pour une évaluation du risque de cancer basée sur le génome en milieu clinique. L’impact immédiat de PanCanRisk L’un des principaux objectifs du projet consistait à créer de meilleurs outils de diagnostic pour améliorer les programmes de dépistage et personnaliser les approches thérapeutiques. «Nous avons réussi à identifier et valider fonctionnellement deux gènes qui modulent le risque de développer un cancer du sein et un cancer colorectal. Nous avons également conçu un ensemble de biomarqueurs circulatoires qui permettent de détecter et, par conséquent, de diagnostiquer certains types de cancer plus précocement», poursuit la Dre Fernandez-Rozadilla. Ces découvertes sont d’une importance extrême pour la prévision du risque, car les porteurs de variants pathogènes de ces gènes présenteront un risque considérable de développer un cancer du sein et/ou colorectal. Pour les biomarqueurs circulatoires, ces derniers pourraient potentiellement être utilisés pour compléter les stratégies de dépistage actuelles afin d’accroître notre pouvoir de détection des cas de cancer à un stade précoce, dont le pronostic est meilleur. Le projet PanCanRisk a fourni des connaissances sans précédent sur le risque de cancer. La plateforme générée exploite la capacité de diagnostic du séquençage du génome dans la pratique clinique quotidienne avec des avantages immédiats pour la classification des patients, leur suivi et les interventions thérapeutiques. Les stratégies PanCanRisk pourraient être étendues à l’évaluation de la sensibilité aux médicaments et à la pharmacogénomique, ce qui améliorerait sans aucun doute la gestion clinique des patients. Dans cette optique, la Dre Fernandez-Rozadilla estime que «la proximité intrinsèque de PanCanRisk avec le patient, parallèlement à son approche informatique, permet de changer la façon dont le risque de cancer est évalué en clinique».
Mots‑clés
PanCanRisk, cancer, risque, génomique, bio-informatique, biomarqueur
