Bioinformatica personalizzata per il cancro
Diverse iniziative globali quali il Cancer Genome Atlas e l’International Cancer Genome Consortium hanno caratterizzato con successo i genomi di migliaia di casi dei tipi di cancro più comuni. Questa analisi ha fornito un panorama mutazionale del cancro umano, offrendo importanti intuizioni biologiche e cliniche. È importante sottolineare che le conoscenze generate hanno un impatto traslazionale immediato nella diagnosi, nel monitoraggio e nel trattamento del cancro. Il progetto PanCanRisk, finanziato dall’UE, ha mirato a utilizzare gli estesi dati genomici sul cancro disponibili al giorno d’oggi per migliorare la ricerca di nuovi geni di suscettibilità. Come spiega la borsista del progetto, la dott.ssa Ceres Fernandez-Rozadilla, «PanCanRisk è incentrato sull’idea del cancro come una malattia che ha caratteristiche molecolari molto specifiche, indipendentemente dalla sua ubicazione. Pertanto, è plausibile ipotizzare che la suscettibilità genetica sia comune tra diversi tipi di cancro». Analisi del Pan-Cancro Il consorzio PanCanRisk ha combinato le competenze in bioinformatica con quelle delle scienze statistiche, sperimentali e cliniche. I partner hanno sviluppato strumenti di bioinformatica in grado di sfruttare i set di dati sul cancro su larga scala disponibili per scoprire nuove varianti genetiche e geni implicati nella suscettibilità al cancro. Questi sono stati ampiamente convalidati in due ulteriori coorti indipendenti e, a seguito di solide analisi funzionali, sembrano essere implicati nello sviluppo della malattia. Uno dei punti salienti del progetto è la pipeline eDiVa che incorpora un database di conoscenze sulla malattia con diversi nuovi strumenti di previsione e controllo qualità. In un’era in cui le informazioni genomiche sono diventate pratiche quotidiane per i medici, eDiVa può essere utilizzato per supportarli nella diagnosi, nel processo decisionale e nella scelta del trattamento, aiutandoli a interpretare le informazioni genomiche in modo più efficiente. eDiVa è distribuito secondo una licenza open source per la valutazione del rischio di cancro basata sul genoma in ambito clinico. L’impatto traslazionale immediato di PanCanRisk Uno degli obiettivi principali del progetto è stato dedicato alla creazione di strumenti diagnostici superiori in vista di programmi di screening e approcci di medicina personalizzata migliori. «Abbiamo avuto successo nell’identificare e convalidare funzionalmente due geni che modulano il rischio di sviluppare tumori a livello di seno e di colon-retto. Abbiamo anche progettato un pannello di biomarcatori circolatori che può aiutare a rilevare e quindi diagnosticare alcuni tipi di tumore in modo precoce», continua la dott.ssa Fernandez-Rozadilla. Questi risultati sono di estrema importanza per la previsione del rischio, in quanto i portatori di varianti patogene in tali geni avranno un rischio considerevole di sviluppare tumori al seno e/o colon-retto. Per quanto riguarda i biomarcatori circolatori, questi potrebbero essere forse utilizzati per integrare le attuali strategie di screening allo scopo di aumentare la nostra capacità di individuare i casi di cancro precoce, che hanno una prognosi migliore. Il progetto PanCanRisk ha fornito conoscenze senza precedenti sul rischio di cancro. La piattaforma generata sfrutta il potere diagnostico del sequenziamento del genoma nella pratica clinica quotidiana, con immediati benefici nella classificazione dei pazienti, nel monitoraggio e negli interventi terapeutici. Le strategie di PanCanRisk potrebbero essere estese alla valutazione della sensibilità ai farmaci e alla farmacogenomica, che miglioreranno indubbiamente la gestione clinica dei pazienti. Nella sua visione del futuro, la dott.ssa Fernandez-Rozadilla ritiene che «la componente dal laboratorio al letto del malato di PanCanRisk insieme al suo approccio computazionale hanno il potere di cambiare il modo in cui il rischio di cancro viene valutato nella clinica».
Parole chiave
PanCanRisk, cancro, rischio, genomica, bioinformatica, biomarcatore
