Restructuration de l’analyse et du stockage des données de migration cellulaire
La migration cellulaire est un processus fondamental qui intervient dans le développement, la morphogénèse, la fonction immunitaire, la cicatrisation et la métastase cancéreuse. Au cours des dernières années, les progrès dans la recherche sur la migration cellulaire ont permis de généraliser l’utilisation du multiplexage et du post-traitement à paramètres multiples des analyses de migration cellulaire. Puisqu’il s’agit d’un des domaines générant des mégadonnées à analyser et à stocker, un important besoin bio-informatique non satisfait est apparu. «Le projet MULTIMOT a réagi face à cet énorme défi et a élaboré des normes et un référentiel», explique le Dr Lennart Martens, directeur du groupe Computational Omics and Systems Biology à l’Institut flamand pour la biotechnologie, en Belgique, l’organisme coordinateur du projet. Signaler, partager et référencer L’élaboration de normes communautaires a été guidée par la Cell Migration Standardisation Organisation (CMSO). Cela a entraîné des exigences minimales de signalement pour une expérience sur la migration cellulaire, ainsi que des glossaires contrôlés et le format Biotracks pour les données de migration cellulaire. «Tous les progrès peuvent être retrouvés sur les pages GitHub de la CMSO, et vous pouvez aussi vous y inscrire!», explique le Dr Martens. Le référentiel pour les données de migration cellulaire est également disponible en ligne. D’ailleurs, les premiers ensembles de données à grande échelle issus de MULTIMOT seront bientôt disponibles (en attendant l’acceptation des manuscrits correspondants). «De plus, MULTIMOT a également conçu de nouveaux moyens d’examiner les données de migration cellulaire à échelles multiples et ces nouveaux flux de travail pour les analyses ont déjà été mis en œuvre dans deux initiatives de recherche du domaine de la médecine personnalisée», poursuit le Dr Martens. Parmi ces initiatives, l’une comprend un traitement contre le cancer et est fondée sur des cellules tumorales issues de patients, et l’autre offre des diagnostics spécifiques pour chaque patient en fonction de la motilité des leucocytes du sang périphérique. Des difficultés transformées en opportunités «Réunir ce groupe interdisciplinaire d’experts pour élaborer des normes, un logiciel, des procédures opératoires standard et un nouveau logiciel d’analyse était, a priori, un défi important», commente le Dr Martens. Tout au long du projet, il s’est avéré qu’il s’agissait d’un échange rapide et facile d’informations, d’expériences et de données. La notoriété des scientifiques s’est également traduite par l’anticipation des contretemps liés à l’expérience et des difficultés de normalisation du protocole, grâce aux scientifiques chevronnés qui les ont abordés promptement sans interrompre le flux d’informations ni le progrès général du projet. «Comme le veut l’adage», explique le Dr Martens, «une bonne équipe représente la moitié de la victoire!» Prochaines étapes dans l’analyse des données de migration cellulaire «Avec ces développements, la mise en place d’un système d’échange de données ouvertes largement adopté dans ce domaine a vraiment commencé», poursuit le Dr Martens. Le directeur de recherche estime que, grâce à ces bases cruciales désormais solidement en place, l’avenir du partage de données ouvertes et, par conséquent, celui du renforcement de la valeur extraite des données de migration cellulaire s’annoncent prometteurs. Même si le partage de données est disponible de façon libre, cela n’exclut pas le développement de nouvelles initiatives commerciales dont le but est d’apporter les avantages d’un écosystème d’échange de données ouvertes aux utilisateurs finaux. «Il s’agit d’une partie explicite de MULTIMOT depuis sa création, avec son inclusion aux PME, afin de garantir la pertinence des résultats pour les sociétés commerciales et pour de nouvelles opportunités commerciales», remarque le Dr Martens. Par conséquent, dans toutes les sciences de la vie, il existe l’extraordinaire possibilité de dévoiler de nouvelles connaissances par le biais de la réanalyse et de la reconversion des données collectées. Grâce au projet MULTIMOT, le domaine de la migration cellulaire rejoint désormais d’autres, comme la génomique, la protéomique et la métabolomique, dans la mise en place d’un écosystème d’échange de données ouvertes afin d’atteindre le plein potentiel des données.
Mots‑clés
MULTIMOT, données, migration cellulaire, analyse, écosystème d’échange de données, dépôt, Cell Migration Standardisation Organisation
