Il rinnovo dell’analisi e dell’archiviazione dei dati di migrazione cellulare
La migrazione cellulare è un processo fondamentale implicato nello sviluppo e nella morfogenesi, nella funzione immunitaria, nella guarigione delle ferite e nelle metastasi tumorali. Nel corso degli ultimi anni, i progressi nella ricerca sulla migrazione cellulare hanno consentito l’uso diffuso della multiplazione e della post-elaborazione multiparametrica delle analisi di migrazione cellulare. Essendo questa una di quelle aree che generano megadati per l’analisi e l’archiviazione, è emersa un’esigenza bioinformatica largamente insoddisfatta. «Il progetto MULTIMOT ha colto questa enorme sfida e ha sviluppato diversi standard e un archivio», riassume il dott. Lennart Martens, leader del gruppo Computational Omics and Systems Biology nel Flanders Institute for Biotechnology, in Belgio, l’istituto di coordinamento. Segnala, condividi e archivia La creazione di standard a livello comunitario è stata guidata dalla Cell Migration Standardisation Organisation (CMSO). Ciò ha portato a requisiti di rendicontazione minimi per un esperimento di migrazione cellulare, nonché vocabolari controllati e il formato in biotracce per i dati di migrazione cellulare. «Tutti gli sviluppi possono essere trovati (e compartecipati!) sulle pagine GitHub CMSO», osserva il dott. Martens. Anche l’archivio per i dati di migrazione cellulare è disponibile online. Significativamente, i primi set di dati su larga scala derivati da MULTIMOT sono oggi messi a disposizione (in attesa di accettazione dei manoscritti corrispondenti). «Inoltre, MULTIMOT ha anche escogitato nuovi modi per esaminare i dati di migrazione cellulare su più livelli e questi nuovi flussi di lavoro di analisi sono già stati applicati in due iniziative di ricerca per la medicina personalizzata», sottolinea il dott. Martens. Una che riguarda il trattamento del cancro si basa su cellule tumorali derivate dai pazienti e l’altra sta fornendo diagnosi specifiche per i pazienti basate sulla motilità dei leucociti del sangue periferico. Le sfide si rivelano opportunità «Unire un tale gruppo interdisciplinare di esperti per creare standard, software, procedure operative standard e un nuovo software di analisi è stata una sfida significativa a prima vista», commenta il dott. Martens. Durante l’intero progetto, tutto questo si è invece rivelato uno scambio facile e veloce di informazioni, esperienze e dati. L’alto livello degli scienziati ha anche significato che i problemi di natura sperimentale e le difficoltà di standardizzazione del protocollo sono stati fortunatamente anticipati dagli scienziati esperti e affrontati rapidamente senza interrompere il flusso di informazioni o il progresso generale del progetto. «Come dice il detto», afferma il dott. Martens, «con una buona squadra si è davvero a metà del traguardo!» Prossime mosse nell’analisi dei dati di migrazione cellulare «Il lavoro di creazione di un ecosistema di scambio di dati aperto ampiamente adottato sul campo è stato appena avviato effettivamente con questi sviluppi», sottolinea il dott. Martens. Il leader della ricerca è dell’opinione che con queste cruciali fondamenta ora saldamente in vigore, il futuro per la condivisione aperta dei dati e quindi l’estrazione di valore migliorata dai dati di migrazione cellulare sembra davvero molto roseo. Anche se la condivisione dei dati è liberamente disponibile, ciò non preclude lo sviluppo di nuovi sforzi commerciali incentrati sull’apportare i benefici di un ecosistema di scambio di dati aperto agli utenti finali. «Questa è stata una parte esplicita di MULTIMOT sin dal suo avvio, con l’inclusione delle PMI, per garantire la pertinenza della sua produzione per le aziende commerciali e per nuove opportunità commerciali», evidenzia il dott. Martens. In tutte le scienze della vita, è quindi presente un’enorme opportunità di scoprire nuove conoscenze attraverso la rianalisi e il riutilizzo dei dati raccolti. Con il progetto MULTIMOT, il campo della migrazione cellulare si è ora unito ad altri campi quali la genomica, la proteomica e la metabolomica nella creazione di un ecosistema di scambio di dati aperto per realizzare il pieno potenziale degli stessi.
Parole chiave
MULTIMOT, dati, migrazione cellulare, analisi, ecosistema di scambio dati, archivio, Cell Migration Standardisation Organisation