Renovación total del análisis y el almacenamiento de datos sobre la migración celular
La migración celular es un proceso fundamental relacionado con el desarrollo y la morfogénesis, la función inmunitaria, la cicatrización de heridas y la metástasis tumoral. En los últimos años, los avances en la investigación sobre la migración celular han permitido el uso generalizado de la multiplexación y el posprocesamiento multiparamétrico en los análisis de migración celular. Este campo de investigación genera datos masivos para su análisis y almacenamiento, por lo que existe una necesidad bioinformática en gran medida insatisfecha. «El proyecto MULTIMOT ha superado este enorme reto y ha desarrollado tanto normas como un repositorio de datos», resume el doctor Lennart Martens, jefe del grupo de Ómica Computacional y Biología de Sistemas del Instituto de Biotecnología de Flandes (Bélgica), centro coordinador del proyecto. Informar, compartir y almacenar El desarrollo de normas impulsado por la comunidad fue coordinado por la Cell Migration Standardisation Organisation (CMSO). Esto ha dado como resultado unos requisitos mínimos de información para los experimentos de migración celular, así como glosarios controlados y el formato de archivo «biotracks» para datos de migración celular. «Todos los avances pueden encontrarse (e incorporarse) en las páginas de GitHub de CMSO», señala el doctor Martens. El repositorio de datos de migración celular también está disponible en línea. Es más, los primeros conjuntos de datos a gran escala derivados de MULTIMOT ya están disponibles (a la espera de la aceptación de los manuscritos correspondientes). «Además, MULTIMOT ha ideado asimismo nuevas formas de analizar datos de migración celular a diferentes escalas y estos nuevos flujos de análisis ya se han empleado en dos iniciativas de investigación de medicina personalizada», destaca el doctor Martens. Una de ellas está relacionada con el tratamiento del cáncer basado en células tumorales derivadas del paciente y la otra está proporcionando diagnósticos específicos del paciente en función de la motilidad de los leucocitos de la sangre periférica. Retos convertidos en oportunidades «Reunir a un grupo interdisciplinario de expertos para crear normas, programas informáticos, procedimientos operativos estándar y nuevos programas informáticos de análisis constituía a primera vista un reto importante», comenta el doctor Martens. A lo largo del proyecto, el intercambio de información, experiencia y datos resultó ser fácil y rápido. El alto nivel del equipo investigador también significó que, afortunadamente, los científicos experimentados previeron problemas relacionados con contratiempos experimentales y dificultades de normalización de los protocolos, lo que permitió resolverlos rápidamente sin interrumpir el flujo de información o el progreso general del proyecto. «Como suele decirse», apunta el doctor Martens, «con un buen equipo ya tienes la mitad del camino andado». Próximos pasos en el análisis de datos de migración celular «El trabajo de creación de un ecosistema de intercambio de datos abierto y de uso generalizado en este campo no ha hecho nada más que empezar con estos avances», enfatiza el doctor Martens. El coordinador de la investigación opina que el futuro del intercambio abierto de datos, y por ende del mejor aprovechamiento del valor de los datos de migración celular, parece muy prometedor gracias a estas bases fundamentales ya firmemente establecidas. Si bien el acceso a la información compartida es libre y gratuito, tal hecho no impide el desarrollo de nuevas iniciativas comerciales centradas en llevar los beneficios de un ecosistema abierto de intercambio de datos a los usuarios finales. «Esto ha sido un componente fundamental de MULTIMOT desde su creación a través de la participación de una pyme para garantizar la pertinencia de sus resultados para empresas comerciales y para nuevas oportunidades comerciales», señala el doctor Martens. En cualquier campo de las ciencias de la vida, existe una enorme oportunidad para desvelar conocimientos novedosos a través del reanálisis y la reutilización de los datos recopilados. Gracias al proyecto MULTIMOT, el campo de la migración celular ha establecido sinergias con otras disciplinas como la genómica, la proteómica y la metabolómica para desarrollar un ecosistema de intercambio de datos abierto que permita aprovechar todo el potencial de los datos.
Palabras clave
MULTIMOT, datos, migración celular, análisis, ecosistema de intercambio de datos, repositorio, Cell Migration Standardisation Organisation
