L’énigmatique poulet: de nouvelles perspectives sur les débuts de la domestication
Le monde compte 25 milliards de poulets, soit environ trois pour chaque être humain vivant. Sa viande est une source importante de protéines et l’oiseau est une sorte d’icône culturelle. «Il subsiste de nombreuses incertitudes concernant la date à laquelle les poulets ont été domestiqués pour la première fois, sur la façon dont ils se sont répandus dans le monde et sur la manière dont ils se sont adaptés à divers environnements naturels et culturels», explique Ophélie Lebrasseur, zooarchéologue au Centre d’anthropobiologie et de génomique de Toulouse(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) (CAGT), en France. Ophélie Lebrasseur, chercheuse principale du projet ARAUCANA(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre), coordonné par le CAGT et l’institut argentin Instituto Nacional de Antropología y Pensamiento Latinoamericano(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre), se propose de concentrer ses recherches sur les poulets d’Amérique latine. Mais lorsque la pandémie a mis un frein à ses projets de travail sur des échantillons anciens de la région, elle a décidé de se concentrer sur l’élaboration d’un contexte global pour l’évolution des poulets.
La riziculture a favorisé la domestication des poulets
En collaboration avec des collègues, dont Joris Peters(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) (site web en allemand), et avec le soutien du programme Actions Marie Skłodowska-Curie(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre), elle a jeté un regard critique sur les données relatives aux poulets provenant de 600 sites archéologiques répartis dans 89 pays. Du fait de leur forme et de leur taille, les os de poulet peuvent facilement se déplacer à travers les couches stratigraphiques, ce qui signifie que des os plus récents peuvent se retrouver dans des contextes archéologiques plus anciens. Faute de datation directe au radiocarbone, l’âge des ossements pourrait être mal interprété. «Nous avons réévalué la fiabilité de la datation des ossements et de l’identification des espèces et avons constaté que les premiers ossements de poulets domestiques ont été découverts dans le centre de la Thaïlande, datant d’il y a environ 3 500 ans. C’est bien plus tardif que ce que l’on pensait», explique Ophélie Lebrasseur. Cette découverte a remis en question les théories établies et a apporté une nouvelle pièce importante au puzzle de l’histoire des poulets. La domestication a eu lieu en même temps que l’avènement de l’agriculture du riz pluvial(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) dans la région, ce qui, selon Ophélie Lebrasseur, n’est pas une coïncidence. «Cela a modifié l’environnement des établissements humains et l’a rendu propice aux poulets, jouant peut-être le rôle de catalyseur de la domestication», fait-elle remarquer. «Une fois que nous avons su que la domestication se pratiquait il y a 3 500 ans, nous avons pu retracer la dispersion à travers l’Asie et l’Océanie, puis l’Afrique et le long de la Méditerranée jusqu’en Europe.»
Séquençage du génome des poulets d’Amérique latine
Ophélie Lebrasseur s’est ensuite tournée vers l’Amérique latine, où l’on connaît peu de choses sur l’évolution et l’adaptation des poulets depuis leur introduction il y a 500 ans. Elle a déployé un réseau zooarchéologique en Argentine, au Brésil, au Mexique et au Pérou, optimisé un protocole, développé au CAGT, pour récupérer l’ADN ancien à partir des os délicats des oiseaux et a entrepris de combiner l’analyse zooarchéologique et l’analyse du génome entier. En 2020, le Brésil est devenu le premier exportateur mondial de poulets, mais on en savait encore très peu sur les adaptations évolutives à l’origine de la diversité des populations en Amérique du Sud. L’équipe d’Ophélie Lebrasseur a procédé au séquençage du génome entier de 12 échantillons de poulets anciens. Une fois le traitement terminé, les données seront intégrées dans la base de données génomiques du Chicken Genomic Diversity Consortium(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre), qui devrait être publiée sous forme de données libres dans un proche avenir.
Les croisements pourraient nuire à la diversité génétique des poulets
La caractérisation de la diversité locale des poulets est importante pour la sécurité alimentaire et son accès pour tous. «Si nous ignorons la diversité génétique qui sous-tend les caractéristiques liées à l’adaptation, nous risquons de la perdre dans le cadre des programmes de croisement. Les poulets commerciaux ne sont pas génétiquement diversifiés. Sans biodiversité, les troupeaux risquent de ne pas survivre à un agent pathogène mortel», souligne Ophélie Lebrasseur. Les progrès de la paléogénomique, une méthode plus fiable d’identification des espèces et un ensemble d’échantillons couvrant toute l’Amérique du Sud devraient permettre à Ophélie Lebrasseur de répondre à une question qui laisse les scientifiques perplexes depuis des années. Qui a introduit le premier les poulets en Amérique latine? Les Européens de l’est ou les Polynésiens de l’ouest?
