Cultiver des baies résilientes pour l’avenir durable de l’Europe
L’appétit de l’Europe pour les fraises, les myrtilles et les framboises s’accroît, alors que les surfaces cultivées, la production et la valeur commerciale ont augmenté au cours de la dernière décennie. La production de baies devenant de plus en plus stratégique, les sélectionneurs doivent fournir des variétés résistantes et de haute qualité, adaptées au changement climatique et à l’agriculture durable. Selon les données de la base de données statistiques de l’Organisation pour l’alimentation et l’agriculture (FAOSTAT)(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre), la région a produit près de 1,8 million de tonnes de fraises en 2023, tandis que la production de myrtilles a atteint près de 200 000 tonnes. «Ces cultures sont parmi les plus précieuses d’Europe. Le secteur des baies joue un rôle important dans le commerce agroalimentaire européen», explique Bruno Mezzetti, coordinateur du projet BreedingValue(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre), financé par l’UE. Le projet visait à améliorer les outils de sélection et à étendre les ressources génétiques disponibles pour les fraises, les framboises et les myrtilles.
Cartographier la diversité génétique et les innovations en matière de sélection
Les 20 partenaires de BreedingValue et les dix collaborateurs externes ont étudié une diversité sans précédent de matériel génétique. Ils ont caractérisé plus de 1 500 populations de fraises et près de 100 populations de framboises et de myrtilles. Le projet a utilisé un génotypage avancé, qui lit l’ADN d’une plante pour identifier les différences génétiques, et a validé de nouveaux outils de phénotypage, notamment la spectroscopie dans le proche infrarouge et l’imagerie 3D et hyperspectrale, qui mesurent des caractéristiques telles que la qualité des fruits, la structure de la plante et la tolérance au stress. L’analyse génétique a mis en évidence d’importantes différences entre les espèces. «Nous avons constaté une grande diversité pour les fraises, certainement plus grande que celle disponible aux États-Unis», note Bruno Mezzetti. «Cela renforce le potentiel de nos programmes de sélection.» En revanche, l’équipe a identifié des lacunes dans la diversité génétique des framboises et surtout des myrtilles, avec une disponibilité réduite du germoplasme (la collection de ressources génétiques à la disposition des sélectionneurs) et du matériel de sélection. L’Europe est donc «presque totalement dépendante des nouvelles variétés obtenues dans le cadre de programmes de sélection internationaux». BreedingValue a développé une stratégie de sélection innovante combinant des analyses génomiques, métabolomiques (composés chimiques liés à la saveur et à la réponse au stress) et sensorielles afin d’identifier des plantes présentant des caractéristiques intéressantes pour la résilience et la qualité des fruits. Chez les fraises et les framboises, ces travaux ont permis d’identifier de nombreux marqueurs moléculaires, des indicateurs génétiques liés à des caractéristiques telles que la résistance aux agents pathogènes, l’adaptabilité des plantes et la qualité des fruits. Des études d’association à l’échelle du génome ont révélé d’autres gènes de résistance et de qualité, qui pourraient être validés ultérieurement dans le cadre des nouvelles techniques génomiques(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) de l’UE.
Produire des baies résilientes, durables et prêtes à être commercialisées
BreedingValue a également évalué la résistance aux défis liés au climat et à la culture. Il a identifié le germoplasme résistant aux stress biotique et abiotique, et a démontré, grâce à des études d’évaluation du cycle de vie portant sur 26 essais en plein champ de fraises et de framboises, que les cultivars existants et les nouvelles sélections s’adaptent bien à des systèmes de production plus durables. «La disponibilité de ce germoplasme, associée aux nouvelles technologies de génotypage et de phénotypage mises au point, a renforcé la capacité des programmes de sélection de l’UE à produire de nouvelles variétés plus performantes pour nos systèmes de culture, notamment en réponse au changement climatique et aux risques induits par la propagation de nouveaux agents pathogènes et parasites», déclare Bruno Mezzetti. En outre, le projet a réalisé des études sur les consommateurs dans différents pays, plaçant leurs préférences au cœur de l’innovation en matière de baies. Il a mis au point des méthodes sensorielles harmonisées et des vocabulaires multilingues des saveurs et des textures(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) afin d’aligner les nouvelles variétés sur les goûts des consommateurs. Pour garantir l’innovation à long terme, BreedingValue a créé la Germinate Berry Database(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre), une ressource en ligne contenant des méthodologies et des données sur la génétique des fraises, des framboises et des myrtilles à l’intention des sélectionneurs et des chercheurs.
